Weitere AWS SDK-Beispiele sind im GitHub Repo [AWS Doc SDK Examples](https://github.com/awsdocs/aws-doc-sdk-examples) verfügbar.
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# HealthOmics Beispiele mit AWS CLI
Die folgenden Codebeispiele zeigen Ihnen, wie Sie mithilfe von AWS Command Line Interface with Aktionen ausführen und allgemeine Szenarien implementieren HealthOmics.
*Aktionen* sind Codeauszüge aus größeren Programmen und müssen im Kontext ausgeführt werden. Während Aktionen Ihnen zeigen, wie Sie einzelne Service-Funktionen aufrufen, können Sie Aktionen im Kontext der zugehörigen Szenarien anzeigen.
Jedes Beispiel enthält einen Link zum vollständigen Quellcode, wo Sie Anweisungen zum Einrichten und Ausführen des Codes im Kodex finden.
**Topics**
+ [Aktionen](#actions)
## Aktionen
### `abort-multipart-read-set-upload`
Das folgende Codebeispiel zeigt, wie Sie`abort-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**So stoppen Sie den Upload eines mehrteiligen Lesesatz-Uploads**
Im folgenden `abort-multipart-read-set-upload` Beispiel wird der Upload eines mehrteiligen Lesesatzes in Ihren HealthOmics Sequenzspeicher gestoppt.
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
Mit diesem Befehl wird keine Ausgabe zurückgegeben.
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `accept-share`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`accept-share`.
**AWS CLI**
**So akzeptieren Sie einen Teil der Analytics-Speicherdaten**
Im folgenden `accept-share` Beispiel wird ein Teil der HealthOmics Analytics-Store-Daten akzeptiert.
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Ausgabe:
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Kontoübergreifendes Teilen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz.*
### `batch-delete-read-set`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`batch-delete-read-set`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie mehrere Lesesätze**
Im folgenden Beispiel für `batch-delete-read-set` werden zwei Lesesätze gelöscht.
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
Wenn beim Löschen eines der angegebenen Lesesätze ein Fehler auftritt, gibt der Service eine Fehlerliste zurück.
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `cancel-annotation-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`cancel-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**So brechen Sie einen Importauftrag für Anmerkungen ab**
Im folgenden Beispiel für `cancel-annotation-import-job` wird ein Importauftrag für Anmerkungen mit der ID `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997` abgebrochen.
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `cancel-run`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`cancel-run`.
**AWS CLI**
**So brechen Sie eine Ausführung ab**
Im folgenden Beispiel für `cancel-run` wird eine Ausführung mit der ID `1234567` abgebrochen.
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Lebenszyklus in einem Workflow ausführen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `cancel-variant-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`cancel-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**So brechen Sie einen Variantenimportjob ab**
Im folgenden Beispiel für `cancel-variant-import-job` wird ein Variantenimportauftrag mit der ID `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e` abgebrochen.
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `complete-multipart-read-set-upload`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`complete-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**So schließen Sie einen mehrteiligen Upload ab, nachdem Sie alle Komponenten hochgeladen haben.**
Im folgenden Beispiel für `complete-multipart-read-set-upload` wird ein mehrteiliger Upload in einen Sequenzspeicher abgebrochen, sobald alle Komponenten hochgeladen wurden.
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
Ausgabe:
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-annotation-store-version`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**So erstellen Sie eine neue Version eines Annotationsspeichers**
Im folgenden Beispiel für `create-annotation-store-version` wird eine neue Version eines Annotationsspeichers erstellt.
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-annotation-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Beispiel 1: So erstellen Sie einen VCF-Annotationsspeicher**
Im folgenden Beispiel für `create-annotation-store` wird ein Annotationsspeicher im VCF-Format erstellt.
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**Beispiel 2: So erstellen Sie einen TSV-Annotationsspeicher**
Im folgenden Beispiel für `create-annotation-store` wird ein Annotationsspeicher im TSV-Format erstellt.
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` konfiguriert die Formatoptionen für Anmerkungen.
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im Entwicklerhandbuch für Amazon Omics.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-multipart-read-set-upload`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**So starten Sie einen mehrteiligen Lesesatz-Upload.**
Im folgenden Beispiel für `create-multipart-read-set-upload` wird ein mehrteiliger Lesesatz-Upload initiiert.
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-reference-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-reference-store`.
**AWS CLI**
**So erstellen Sie einen Referenzspeicher**
Im folgenden Beispiel für `create-reference-store` wird ein Referenzspeicher namens `my-ref-store` erstellt.
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-run-group`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-run-group`.
**AWS CLI**
**So erstellen Sie eine Ausführungsgruppe**
Im folgenden Beispiel für `create-run-group` wird eine Ausführungsgruppe namens `cram-converter` erstellt.
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Erstellen von Ausführungsgruppen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-sequence-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-sequence-store`.
**AWS CLI**
**So erstellen Sie einen Sequenzspeicher**
Im folgenden Beispiel für `create-sequence-store` wird ein Sequenzspeicher erstellt.
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-share`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-share`.
**AWS CLI**
**Um einen Share eines HealthOmics Analytics-Stores zu erstellen**
Das folgende `create-share` Beispiel zeigt, wie Sie einen Share eines HealthOmics Analytics-Stores erstellen, der von einem Abonnenten außerhalb des Kontos akzeptiert werden kann.
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
Ausgabe:
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
*Weitere Informationen finden Sie unter [Accountübergreifendes Teilen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) im AWS HealthOmics Benutzerhandbuch.*
+ *Einzelheiten zur API finden Sie [CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)in AWS CLI der Befehlsreferenz.*
### `create-variant-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-variant-store`.
**AWS CLI**
**So erstellen Sie einen Variantenspeicher**
Im folgenden Beispiel für `create-variant-store` wird ein Variantenspeicher namens `my_var_store` erstellt.
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `create-workflow`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`create-workflow`.
**AWS CLI**
**Um einen Workflow zu erstellen**
Im folgenden Beispiel für `create-workflow` wird ein WDL-Workflow erstellt.
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` ist ein ZIP-Archiv, das eine Workflow-Definition enthält. `workflow-params.json` definiert Laufzeitparameter für den Workflow.
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Private Workflows erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-annotation-store-versions`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie eine Annotationsspeicherversion**
Im folgenden Beispiel für `delete-annotation-store-versions` wird eine Version des Annotationsspeichers gelöscht.
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
Ausgabe:
```
{
"errors": []
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-annotation-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-annotation-store`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie einen Annotationsspeicher**
Im folgenden Beispiel für `delete-annotation-store` wird ein Annotationsspeicher mit dem Namen `my_vcf_store` gelöscht.
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
Ausgabe:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-reference-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-reference-store`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie einen Referenzspeicher**
Im folgenden Beispiel für `delete-reference-store` wird ein Referenzspeicher mit der ID `1234567890` gelöscht.
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-reference`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-reference`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie eine Referenz**
Im folgenden Beispiel für `delete-reference` wird eine Referenz gelöscht.
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-run-group`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-run-group`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie eine Ausführungsgruppe**
Im folgenden Beispiel für `delete-run-group` wird eine Ausführungsgruppe mit der ID `1234567` gelöscht.
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Löschen von Läufen und Ausführungsgruppen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-run`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-run`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie eine Workflow-Ausführung**
Im folgenden Beispiel für `delete-run` wird eine Ausführung mit der ID `1234567` gelöscht.
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Löschen von Läufen und Ausführungsgruppen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-sequence-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-sequence-store`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie einen Sequenzspeicher**
Im folgenden Beispiel für `delete-sequence-store` wird ein Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` gelöscht.
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-share`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-share`.
**AWS CLI**
**Um einen Teil der HealthOmics Analysedaten zu löschen**
Im folgenden Beispiel für `delete-share` wird eine kontoübergreifender Freigabe von Analysedaten gelöscht.
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Ausgabe:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Accountübergreifendes Teilen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz.*
### `delete-variant-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-variant-store`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie einen Variantenspeicher**
Im folgenden Beispiel für `delete-variant-store` wird ein Variantenspeicher namens `my_var_store` gelöscht.
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
Ausgabe:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `delete-workflow`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`delete-workflow`.
**AWS CLI**
**So löschen Sie einen Workflow**
Im folgenden Beispiel für `delete-workflow` wird ein Workflow mit der ID `1234567` gelöscht.
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Löschen eines privaten Workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-annotation-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Importauftrag für Anmerkungen an**
Im folgenden Beispiel für `get-annotation-import-job` werden Details zu einem Importauftrag für Anmerkungen abgerufen.
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-annotation-store-version`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie die Metadaten für eine Annotationsspeicherversion ab**
Im folgenden Beispiel für `get-annotation-store-version` werden die Metadaten für die angeforderte Version des Annotationsspeichers abgerufen.
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Ausgabe:
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-annotation-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-annotation-store`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Annotationsspeicher an**
Im folgenden Beispiel für `get-annotation-store` werden Details zu einem Annotationsspeicher mit dem Namen `my_ann_store` abgerufen.
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-read-set-activation-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Lesesatz-Aktivierungsauftrag an**
Im folgenden Beispiel für `get-read-set-activation-job` werden Details zu einem Lesesatz-Aktivierungsauftrag abgerufen.
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-read-set-export-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Lesesatz-Exportauftrag an**
Im folgenden Beispiel für `get-read-set-export-job` werden Details zu einem Lesesatz-Exportauftrag abgerufen.
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-read-set-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Lesesatz-Importauftrag an**
Im folgenden Beispiel für `get-read-set-import-job` werden Details zu einem Lesesatz-Importauftrag abgerufen.
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-read-set-metadata`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-read-set-metadata`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Lesesatz an**
Im folgenden Beispiel für `get-read-set-metadata` werden Details zu den Dateien eines Lesesatzes abgerufen.
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-read-set`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-read-set`.
**AWS CLI**
**So laden Sie einen Lesesatz herunter**
Im folgenden Beispiel für `get-read-set` wird Teil 3 eines Lesesatzes als`1234567890.3.bam` heruntergeladen.
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-reference-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Referenzimportauftrag an**
Im folgenden Beispiel für `get-reference-import-job` werden Details zu einem Referenzimportauftrag abgerufen.
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-reference-metadata`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-reference-metadata`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie eine Referenz an**
Im folgenden Beispiel für `get-reference-metadata` werden Details zu einer Referenz abgerufen.
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-reference-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-reference-store`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Referenzspeicher an**
Im folgenden Beispiel für `get-reference-store` werden Details zu einem Referenzspeicher abgerufen.
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-reference`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-reference`.
**AWS CLI**
**So laden Sie eine Genomreferenz herunter**
Im folgenden Beispiel für `get-reference` wird Teil 1 eines Genoms als `hg38.1.fa` heruntergeladen.
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-run-group`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-run-group`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie eine Ausführungsgruppe an**
Im folgenden Beispiel für `get-run-group` werden Details zu einer Ausführungsgruppe abgerufen.
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Erstellen von Ausführungsgruppen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-run-task`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-run-task`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie eine Aufgabe an**
Im folgenden Beispiel für `get-run-task` werden Details zu einer Workflow-Aufgabe abgerufen.
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
Ausgabe:
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
Weitere Informationen finden Sie [im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter Aufgabenlebenszyklus in einer HealthOmics Ausführung](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-run`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-run`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie eine Workflow-Ausführung an**
Im folgenden Beispiel für `get-run` werden Details zu einer Workflow-Ausführung abgerufen.
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Lebenszyklus in einem Workflow ausführen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-sequence-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-sequence-store`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Sequenzspeicher an**
Im folgenden Beispiel für `get-sequence-store` werden Details zu einem Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-share`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-share`.
**AWS CLI**
**Um die Metadaten zu einem Teil von HealthOmics Analysedaten abzurufen**
Im folgenden Beispiel für `get-share` werden die Metadaten für eine kontoübergreifender Freigabe von Analysedaten abgerufen.
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Ausgabe:
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Kontoübergreifendes Teilen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz.*
### `get-variant-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Variantenimportauftrag an**
Im folgenden Beispiel für `get-variant-import-job` werden Details zu einem Variantenimportauftrag abgerufen.
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-variant-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-variant-store`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Variantenspeicher an**
Im folgenden Beispiel für `get-variant-store` werden Details zu einem Variantenspeicher abgerufen.
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `get-workflow`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`get-workflow`.
**AWS CLI**
**So zeigen Sie einen Workflow an**
Im folgenden Beispiel für `get-workflow` werden Details zu einem Workflow mit der ID `1234567` abgerufen.
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Private Workflows erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-annotation-import-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-annotation-import-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Annotations-Importaufträgen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-annotation-import-jobs` wird eine Liste von Annotations-Importaufgaben abgerufen.
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
Ausgabe:
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-annotation-store-versions`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**So listen Sie alle Versionen eines Annotationsspeichers auf**
Im folgenden Beispiel für `list-annotation-store-versions` werden alle Versionen aufgelistet, die in einem Annotationsspeicher vorhanden sind.
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
Ausgabe:
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Neue Versionen von Annotationsspeichern erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-annotation-stores`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-annotation-stores`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste der Annotationsspeicher ab**
Im folgenden Beispiel für `list-annotation-stores` wird eine Liste von Annotationsspeichern abgerufen.
```
aws omics list-annotation-stores
```
Ausgabe:
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-multipart-read-set-uploads`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-multipart-read-set-uploads`.
**AWS CLI**
**So listen Sie alle mehrteiligen Lesesatz-Uploads und deren Status auf.**
Im folgenden Beispiel für `list-multipart-read-set-uploads` werden alle mehrteiligen Lesesatz-Uploads und deren Status aufgelistet.
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
Ausgabe:
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-read-set-activation-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-read-set-activation-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste der Lesesatz-Aktivierungsaufträge ab**
Im folgenden Beispiel für `list-read-set-activation-jobs` wird eine Liste von Aktivierungsaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-read-set-export-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-read-set-export-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Lesesatz-Exportaufträgen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-read-set-export-jobs` wird eine Liste von Exportaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-read-set-import-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-read-set-import-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Lesesatz-Importaufträgen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-read-set-import-jobs` wird eine Liste von Importaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-read-set-upload-parts`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-read-set-upload-parts`.
**AWS CLI**
**So listen Sie alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Sequenzspeicher-Upload auf.**
Im folgenden Beispiel für `list-read-set-upload-parts` werden alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Sequenzspeicher-Upload aufgelistet.
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
Ausgabe:
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-read-sets`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-read-sets`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste der Lesesätze ab**
Im folgenden Beispiel für `list-read-sets` wird eine Liste von Lesesätzen für einen Sequenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-reference-import-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-reference-import-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Referenzimportaufträgen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-reference-import-jobs` wird eine Liste von Referenzimportaufträgen für einen Referenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-reference-stores`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-reference-stores`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Referenzspeichern ab**
Im folgenden Beispiel für `list-reference-stores` wird eine Liste von Referenzspeichern abgerufen.
```
aws omics list-reference-stores
```
Ausgabe:
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-references`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-references`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Referenzen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-references` wird eine Liste von Genomreferenzen für einen Referenzspeicher mit der ID `1234567890` abgerufen.
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-run-groups`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-run-groups`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Ausführungsgruppen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-run-groups` wird eine Liste von Ausführungsgruppen abgerufen.
```
aws omics list-run-groups
```
Ausgabe:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Erstellen von Ausführungsgruppen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-run-tasks`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-run-tasks`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Aufgaben ab**
Im folgenden Beispiel für `list-run-tasks` wird eine Liste von Aufgaben für eine Workflow-Ausführung abgerufen.
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
Ausgabe:
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie [im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter Aufgabenlebenszyklus in einer HealthOmics Ausführung](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-runs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-runs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste der Workflow-Ausführungen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-runs` wird eine Liste von Workflow-Ausführungen abgerufen.
```
aws omics list-runs
```
Ausgabe:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Lebenszyklus in einem Workflow ausführen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-sequence-stores`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-sequence-stores`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Sequenzspeichern ab**
Im folgenden Beispiel für `list-sequence-stores` wird eine Liste von Sequenzspeichern abgerufen.
```
aws omics list-sequence-stores
```
Ausgabe:
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-shares`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-shares`.
**AWS CLI**
**Um die verfügbaren Anteile an HealthOmics Analysedaten aufzulisten**
Im folgenden Beispiel für `list-shares` werden alle Freigaben aufgelistet, die für einen Ressourcenbesitzer erstellt wurden.
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
Ausgabe:
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Accountübergreifendes Teilen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz.*
### `list-tags-for-resource`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-tags-for-resource`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Tag-Liste ab**
Im folgenden Beispiel für `list-tags-for-resource` wird eine Liste von Tags für eine Workflow-Ausführung mit der ID `1234567` abgerufen.
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
Ausgabe:
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Markieren von Ressourcen in Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-variant-import-jobs`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-variant-import-jobs`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Variantenimportaufträgen ab**
Im folgenden Beispiel für `list-variant-import-jobs` wird eine Liste von Variantenimportaufgaben abgerufen.
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
Ausgabe:
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-variant-stores`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-variant-stores`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Variantenspeichern ab**
Im folgenden Beispiel für `list-variant-stores` wird eine Liste von Variantenspeichern abgerufen.
```
aws omics list-variant-stores
```
Ausgabe:
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `list-workflows`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`list-workflows`.
**AWS CLI**
**So rufen Sie eine Liste von Workflows ab**
Im folgenden Beispiel für `list-workflows` wird eine Liste von Workflows abgerufen.
```
aws omics list-workflows
```
Ausgabe:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Private Workflows erstellen](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-annotation-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**So importieren Sie Anmerkungen**
Im folgenden Beispiel für `start-annotation-import-job` werden Anmerkungen aus Amazon S3 importiert.
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
Ausgabe:
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-read-set-activation-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**So aktivieren Sie einen archivierten Lesesatz**
Im folgenden Beispiel für `start-read-set-activation-job` werden zwei Lesesätze aktiviert.
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-read-set-export-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**So exportieren Sie einen Lesesatz**
Im folgenden Beispiel für `start-read-set-export-job` werden zwei Lesesätze nach Amazon S3 exportiert.
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-read-set-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**So importieren Sie einen Lesesatz**
Im folgenden Beispiel für `start-read-set-import-job` wird ein Lesesatz importiert.
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-reference-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**So importieren Sie ein Referenzgenom**
Im folgenden Beispiel für `start-reference-import-job` wird ein Referenzgenom aus Amazon S3 importiert.
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `start-run`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-run`.
**AWS CLI**
**Um einen Workflow auszuführen**
Im folgenden Beispiel für `start-run` wird ein Workflow mit der ID `1234567` ausgeführt.
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Einen Lauf starten](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html).
**So laden Sie Quelldateien aus Amazon Omics**
Sie können Quelldateien auch aus dem Amazon Omics-Speicher laden, indem Sie URIs dienstspezifisch verwenden. Die folgende Beispieldatei workflow-inputs.json verwendet Amazon Omics URIs für Lesesatz- und Referenzgenomquellen.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ *Einzelheiten zur API finden Sie unter Befehlsreferenz. [StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)AWS CLI *
### `start-variant-import-job`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`start-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**So importieren Sie eine Variantendatei**
Im folgenden Beispiel für `start-variant-import-job` wird eine Variantendatei im VCF-Format importiert.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
Ausgabe:
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `tag-resource`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`tag-resource`.
**AWS CLI**
**So taggen Sie eine Ressource**
Im folgenden Beispiel für `tag-resource` wird ein `department`-Tag zu einem Workflow mit der ID `1234567` hinzugefügt.
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
Weitere Informationen finden Sie unter [Markieren von Ressourcen in Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `untag-resource`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`untag-resource`.
**AWS CLI**
**So entfernen Sie ein Tag von einer Ressource**
Im folgenden Beispiel für `untag-resource` wird das `department`-Tag aus eine Workflow entfernt.
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `update-annotation-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`update-annotation-store`.
**AWS CLI**
**So aktualisieren Sie einen Annotationsspeicher**
Im folgenden Beispiel für `update-annotation-store` wird die Beschreibung eines Annotationsspeichers namens `my_vcf_store` aktualisiert.
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `update-run-group`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`update-run-group`.
**AWS CLI**
**So aktualisieren Sie eine Ausführungsgruppe**
Im folgenden Beispiel für `update-run-group` werden die Einstellungen einer Ausführungsgruppe mit der ID `1234567` aktualisiert.
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
Ausgabe:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `update-variant-store`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`update-variant-store`.
**AWS CLI**
**So aktualisieren Sie einen Variantenspeicher**
Im folgenden Beispiel für `update-variant-store` wird die Beschreibung eines Variantenspeichers namens `my_var_store` aktualisiert.
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
Ausgabe:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
Weitere Informationen dazu finden Sie unter [Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) im *Entwicklerhandbuch für Amazon Omics*.
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `update-workflow`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`update-workflow`.
**AWS CLI**
**So aktualisieren Sie einen Workflow**
Im folgenden Beispiel für `1234567` wird die Beschreibung eines Workflows mit der ID `update-workflow` aktualisiert.
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Erstellen oder Aktualisieren eines Workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)unter *AWS CLI Befehlsreferenz*.
### `upload-read-set-part`
Das folgende Codebeispiel zeigt die Verwendung`upload-read-set-part`.
**AWS CLI**
**So laden Sie einen Teil des Lesesatzes hoch.**
Im folgenden Beispiel für `upload-read-set-part` wird ein bestimmter Teil eines Lesesatzes hochgeladen.
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
Ausgabe:
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
Weitere Informationen finden Sie im *AWS HealthOmics Benutzerhandbuch* unter [Direktes Hochladen in einen Sequenzspeicher](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html).
+ Einzelheiten zur API finden Sie [UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)in der *AWS CLI Befehlsreferenz*.