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# Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

Das Jobpaket [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) betreibt eine [GROMACS-Simulationspipeline](https://www.gromacs.org/) zur Molekulardynamik von der Rohproteinstruktur bis zur analysierten Trajektorie. In der Pipeline werden Systemvorbereitung, Energieminimierung, NVT/NPT Gleichgewicht, Produktion und Analyse (RMSD, RMSF, Gyrationsradius, Wasserstoffbrücken) durchgeführt. Mehrere unabhängige Repliken werden über den `MaxReplicaIndex` Parameter parallel ausgefächert.

Das Paket erfordert eine Deadline Cloud-Farm mit einer vom Service verwalteten Linux x86\_64-Flotte (mindestens 4 vCPUs) und einer Conda-Warteschlangenumgebung mit von. `gromacs` `conda-forge` Es ist kein Host-Konfigurationsskript oder ein benutzerdefiniertes Conda-Rezept erforderlich.

Das Paket enthält Beispieldaten für Hühnereiweiß-Lysozym (PDB: 1AKI) und MDP-Parameterdateien unter. `sample_inputs/mdp/`

Reichen Sie den Job aus dem Verzeichnis ein: `job_bundles`

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

So führen Sie 10 unabhängige Replikate parallel aus:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```