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# Abfragen für HealthOmics Variantenspeicher ausführen
<a name="analytics-run-queries"></a>

**Wichtig**  
AWS HealthOmics Variantenspeicher und Annotationsspeicher stehen neuen Kunden nicht mehr zur Verfügung. Vorhandene Kunden können den Service weiterhin wie gewohnt verwenden. Weitere Informationen finden Sie unter [AWS HealthOmics Änderung der Verfügbarkeit von Variantenspeicher und Annotationsspeicher](variant-store-availability-change.md).

Sie können mit Amazon Athena Abfragen in Ihrem Variantenshop durchführen. Beachten Sie, dass genomische Koordinaten in Varianten- und Annotationsspeichern als auf Null basierende, halbgeschlossene, halboffene Intervalle dargestellt werden.

## Führen Sie eine einfache Abfrage mit der Athena-Konsole aus
<a name="run-queries-athena-simple"></a>

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine einfache Abfrage ausgeführt wird.

1. Öffnen Sie den Athena Query Editor: [Athena](https://console.aws.amazon.com//athena) Query editor

1. Wählen Sie unter **Arbeitsgruppe** die Arbeitsgruppe aus, die Sie während der Installation erstellt haben.

1. Stellen Sie sicher, dass die **Datenquelle **AwsDataCatalog****

1. Wählen Sie für **Datenbank** den Datenbankressourcen-Link aus, den Sie während des Lake Formation-Setups erstellt haben.

1. Kopieren Sie die folgende Abfrage in den **Abfrage-Editor** auf der Registerkarte **Abfrage 1**:

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. Wählen Sie dann **Ausführen** aus, um die Abfrage auszuführen. Die Konsole füllt die Ergebnistabelle mit den ersten 10 Zeilen der **omicsvariants** Tabelle.

## Führen Sie eine komplexe Abfrage mit der Athena-Konsole aus
<a name="run-queries-athena-complex"></a>

Das folgende Beispiel zeigt, wie eine komplexe Abfrage ausgeführt wird. Um diese Abfrage auszuführen, importieren Sie `ClinVar` sie in den Annotationsspeicher.

**Führen Sie eine komplexe Abfrage aus**

1. Öffnen Sie den Athena Query Editor: [Athena](https://console.aws.amazon.com//athena) Query editor

1. Wählen Sie unter **Arbeitsgruppe** die Arbeitsgruppe aus, die Sie während der Installation erstellt haben.

1. Stellen Sie sicher, dass die **Datenquelle **AwsDataCatalog****

1. Wählen Sie für **Datenbank** den Datenbankressourcen-Link aus, den Sie während des Lake Formation-Setups erstellt haben.

1. Wählen Sie **\$1** oben rechts, um eine neue Abfrageregisterkarte mit dem Namen **Query 2** zu erstellen.

1. Kopieren Sie die folgende Abfrage in den **Abfrage-Editor** auf der Registerkarte **Abfrage 2**:

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. Wählen Sie **Ausführen**, um mit der Ausführung der Abfrage zu beginnen.