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Referenzierung von Genomdateien aus einer Workflow-Definition - AWS HealthOmics

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Referenzierung von Genomdateien aus einer Workflow-Definition

Auf ein HealthOmics Referenzspeicherobjekt kann mit einem URI wie dem folgenden verwiesen werden. Verwenden Sie Ihr eigenes und account IDreference store ID, reference ID sofern angegeben.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id

Für einige Workflows sind SOURCE sowohl die als auch die INDEX Dateien für das Referenzgenom erforderlich. Der vorherige URI ist die Standard-Kurzform und verwendet standardmäßig die SOURCE-Datei. Um eine der beiden Dateien anzugeben, können Sie die lange URI-Form wie folgt verwenden.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

Bei Verwendung eines Sequenzlesesatzes würde sich ein ähnliches Muster ergeben, wie in der Abbildung gezeigt.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json

Einige Lesesätze, z. B. solche, die auf FASTQ basieren, können gepaarte Lesevorgänge enthalten. In den folgenden Beispielen werden sie als SOURCE1 und SOURCE2 bezeichnet. Formate wie BAM und CRAM enthalten nur eine SOURCE1-Datei. Einige Lesesätze enthalten INDEX-Dateien wie bai OR-Dateien. crai Der vorhergehende URI ist die Standardkurzform und verwendet standardmäßig die SOURCE1-Datei. Um die genaue Datei oder den Index anzugeben, können Sie die lange URI-Form wie folgt verwenden.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Das Folgende ist ein Beispiel für eine JSON-Eingabedatei, die zwei Omics Storage-URIs verwendet.

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}

Verweisen Sie auf die JSON-Eingabedatei in der, AWS CLI indem Sie sie --inputs file://<input_file.json> zu Ihrer Start-Run-Anfrage hinzufügen.