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Einen HealthOmics Sequenzspeicher erstellen - AWS HealthOmics
Erstellen eines Sequenzspeichers mithilfe der KonsoleErstellen eines Sequenzspeichers mit der CLIAktualisierung eines SequenzspeichersAktualisierung der Read-Set-Tags für einen SequenzspeicherGenomdateien importieren

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Einen HealthOmics Sequenzspeicher erstellen

HealthOmics Sequenzspeicher unterstützen das Speichern genomischer Dateien in den unausgerichteten Formaten FASTQ (nur gzip) und. uBAM Es unterstützt auch die angepassten Formate von und. BAM CRAM

Importierte Dateien werden als Lesesätze gespeichert. Sie können Tags zu Lesesätzen hinzufügen und IAM-Richtlinien verwenden, um den Zugriff auf Lesesätze zu steuern. Ausgerichtete Lesesätze benötigen ein Referenzgenom, um genomische Sequenzen auszurichten. Für Lesesätze ohne Ausrichtung ist dies jedoch optional.

Um Lesesätze zu speichern, erstellen Sie zunächst einen Sequenzspeicher. Wenn Sie einen Sequenzspeicher erstellen, können Sie einen optionalen Amazon S3-Bucket als Fallback-Speicherort und den Speicherort angeben, an dem S3-Zugriffsprotokolle gespeichert werden. Der Fallback-Speicherort wird zum Speichern aller Dateien verwendet, die während eines direkten Uploads keinen Lesesatz erstellen können. Ersatzspeicherorte sind für Sequenzspeicher verfügbar, die nach dem 15. Mai 2023 erstellt wurden. Sie geben den Fallback-Speicherort an, wenn Sie den Sequenzspeicher erstellen.

Sie können bis zu fünf Read-Set-Tag-Schlüssel angeben. Wenn Sie einen Lesesatz mit einem Tag-Schlüssel erstellen oder aktualisieren, der einem dieser Schlüssel entspricht, werden die Read-Set-Tags an das entsprechende Amazon S3-Objekt weitergegeben. System-Tags, die von erstellt wurden, HealthOmics werden standardmäßig weitergegeben.

Erstellen eines Sequenzspeichers mithilfe der Konsole

So erstellen Sie einen Sequenzspeicher

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (≡). Wählen Sie Sequence Stores aus.

  3. Geben Sie auf der Seite Sequenzspeicher erstellen die folgenden Informationen ein

    • Name des Sequenzspeichers — Ein eindeutiger Name für diesen Speicher.

    • Beschreibung (optional) — Eine Beschreibung dieses Sequenzspeichers.

  4. Geben Sie für den Fallback-Standort in S3 einen Amazon S3-Standort an. HealthOmics verwendet den Ersatzspeicherort zum Speichern aller Dateien, die während eines direkten Uploads keinen Lesesatz erstellen können. Sie müssen dem HealthOmics Service Schreibzugriff auf den Amazon S3-Fallback-Speicherort gewähren. Eine Beispielrichtlinie finden Sie unter Konfigurieren Sie einen Ausweichort.

    Ersatzspeicherorte sind für Sequenzspeicher, die vor dem 16. Mai 2023 erstellt wurden, nicht verfügbar.

  5. (Optional) Für Read-Set-Tag-Schlüssel für die S3-Weitergabe können Sie bis zu fünf Read-Set-Schlüssel eingeben, die von einem Lesesatz an die zugrunde liegenden S3-Objekte weitergegeben werden. Indem Sie Tags von einem Lesesatz an das S3-Objekt weitergeben, können Sie S3-Zugriffsberechtigungen auf der Grundlage von Tags gewähren, sodass and/or Endbenutzer die weitergeleiteten Tags über den Amazon ObjectTagging S3-Get-API-Vorgang sehen können.

    1. Geben Sie einen Schlüsselwert in das Textfeld ein. Die Konsole erstellt ein neues Textfeld, um den nächsten Schlüssel hinzuzufügen.

    2. (Optional) Wählen Sie Entfernen, um alle Schlüssel zu entfernen.

  6. Wählen Sie unter Datenverschlüsselung aus, ob die Datenverschlüsselung einem vom AWS Kunden verwalteten CMK gehören und von diesem verwaltet werden soll.

  7. (Optional) Wählen Sie unter S3-Datenzugriff aus, ob Sie eine neue Rolle und Richtlinie für den Zugriff auf den Sequenzspeicher über Amazon S3 erstellen möchten.

  8. (Optional) Wählen Sie für die S3-Zugriffsprotokollierung aus, Enabled ob Amazon S3 Zugriffsprotokolldatensätze erfassen soll.

    Geben Sie für den Speicherort der Zugriffsprotokollierung in S3 einen Amazon S3-Speicherort an, an dem die Protokolle gespeichert werden sollen. Dieses Feld ist nur sichtbar, wenn Sie die S3-Zugriffsprotokollierung aktiviert haben.

  9. Tags (optional) — Geben Sie bis zu 50 Tags für diesen Sequenzspeicher an. Diese Tags sind von den Read-Set-Tags getrennt, die bei der import/tag Aktualisierung des Lesesatzes gesetzt werden

Nachdem Sie den Shop erstellt haben, ist er bereit fürGenomdateien importieren.

Erstellen eines Sequenzspeichers mit der CLI

Ersetzen Sie im folgenden Beispiel sequence store name durch den Namen, den Sie für Ihren Sequenzspeicher gewählt haben.

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"

Sie erhalten die folgende Antwort in JSON, die die ID-Nummer für Ihren neu erstellten Sequenzspeicher enthält.

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}

Sie können auch alle mit Ihrem Konto verknüpften Sequenzspeicher anzeigen, indem Sie den Befehl list-sequence-stores verwenden, wie im Folgenden gezeigt.

aws omics list-sequence-stores

Sie erhalten die folgende Antwort.

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}

Sie können get-sequence-store verwenden, um mehr über einen Sequenzspeicher zu erfahren, indem Sie seine ID verwenden, wie im folgenden Beispiel gezeigt:

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID

Sie erhalten die folgende Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}

Nach der Erstellung können auch mehrere Speicherparameter aktualisiert werden. Dies kann über die Konsole oder den updateSequenceStore API-Vorgang erfolgen.

Aktualisierung eines Sequenzspeichers

Gehen Sie folgendermaßen vor, um einen Sequenzspeicher zu aktualisieren:

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (≡). Wählen Sie Sequence Stores aus.

  3. Wählen Sie den Sequenzspeicher aus, der aktualisiert werden soll.

  4. Wählen Sie im Bereich „Details“ die Option „Bearbeiten“.

  5. Auf der Seite „Details bearbeiten“ können Sie die folgenden Felder aktualisieren:

    • Name des Sequenzspeichers — Ein eindeutiger Name für diesen Store.

    • Beschreibung — Eine Beschreibung dieses Sequenzspeichers.

    • Ersatzspeicherort in S3, geben Sie einen Amazon S3-Standort an. HealthOmics verwendet den Ersatzspeicherort zum Speichern aller Dateien, die während eines direkten Uploads keinen Lesesatz erstellen können.

    • Read-Set-Tag-Schlüssel für die S3-Weitergabe Sie können bis zu fünf Read-Set-Schlüssel eingeben, um sie an Amazon S3 weiterzuleiten.

    • (Optional) Wählen Sie für die S3-Zugriffsprotokollierung aus, Enabled ob Amazon S3 Zugriffsprotokolldatensätze erfassen soll.

      Geben Sie für den Speicherort der Zugriffsprotokollierung in S3 einen Amazon S3-Speicherort an, an dem die Protokolle gespeichert werden sollen. Dieses Feld ist nur sichtbar, wenn Sie die S3-Zugriffsprotokollierung aktiviert haben.

    • Tags (optional) — Geben Sie bis zu 50 Tags für diesen Sequenzspeicher an.

Aktualisierung der Read-Set-Tags für einen Sequenzspeicher

Gehen Sie folgendermaßen vor, um Read-Set-Tags oder andere Felder für einen Sequenzspeicher zu aktualisieren:

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (≡). Wählen Sie Sequence Stores aus.

  3. Wählen Sie den Sequenzspeicher aus, den Sie aktualisieren möchten.

  4. Wählen Sie die Registerkarte Details.

  5. Wählen Sie Bearbeiten aus.

  6. Fügen Sie je nach Bedarf neue Read-Set-Tags hinzu oder löschen Sie vorhandene Tags.

  7. Aktualisieren Sie nach Bedarf den Namen, die Beschreibung, den Fallback-Speicherort oder den S3-Datenzugriff.

  8. Wählen Sie Änderungen speichern aus.

Genomdateien importieren

Gehen Sie folgendermaßen vor, um genomische Dateien in einen Sequenzspeicher zu importieren:

Um eine Genomikdatei zu importieren

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (≡). Wählen Sie Sequenzspeicher auswählen.

  3. Wählen Sie auf der Seite Sequenzspeicher den Sequenzspeicher aus, in den Sie Ihre Dateien importieren möchten.

  4. Wählen Sie auf der Seite mit den einzelnen Sequenzspeichern die Option Genomische Dateien importieren aus.

  5. Geben Sie auf der Seite „Importdetails angeben“ die folgenden Informationen ein

    • IAM-Rolle — Die IAM-Rolle, die auf die Genomdateien auf Amazon S3 zugreifen kann.

    • Referenzgenom — Das Referenzgenom für diese Genomikdaten.

  6. Geben Sie auf der Seite Importmanifest angeben die folgende Informations-Manifestdatei an. Die Manifestdatei ist eine JSON- oder YAML-Datei, die wichtige Informationen Ihrer Genomdaten beschreibt. Hinweise zur Manifestdatei finden Sie unter. Lesesätze in einen HealthOmics Sequenzspeicher importieren

  7. Klicken Sie auf Importauftrag erstellen.