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# Importjobs für HealthOmics Variantenspeicher erstellen
**Wichtig**
AWS HealthOmics Variantenspeicher und Annotationsspeicher stehen neuen Kunden nicht mehr zur Verfügung. Vorhandene Kunden können den Service weiterhin wie gewohnt verwenden. Weitere Informationen finden Sie unter [AWS HealthOmics Änderung der Verfügbarkeit von Variantenspeicher und Annotationsspeicher](variant-store-availability-change.md).
Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie mit AWS CLI dem einen Importjob für einen Variantenspeicher erstellen können.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name myvariantstore \
--runLeftNormalization false \
--role-arn arn:aws:iam::55555555555:role/roleName \
--items source=s3://my-omics-bucket/sample.vcf.gz source=s3://my-omics-bucket/sample2.vcf.gz
```
```
{
"destinationName": "store_a",
"roleArn": "....",
"runLeftNormalization": false,
"items": [
{"source": "s3://my-omics-bucket/sample.vcf.gz"},
{"source": "s3://my-omics-bucket/sample2.vcf.gz"}
]
}
```
Für Geschäfte, die nach dem 15. Mai 2023 erstellt wurden, zeigt das folgende Beispiel, wie der `--annotation-fields` Parameter hinzugefügt wird. Die Annotationsfelder werden beim Import definiert.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name annotationparsingvariantstore \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/ \
--items source=s3://pathToS3/sample.vcf
--annotation-fields '{"VEP": "CSQ"}'
```
```
{
"jobId": "981e2286-e954-4391-8a97-09aefc343861"
}
```
Wird verwendet **get-variant-import-job**, um den Status zu überprüfen.
```
aws omics get-variant-import-job --job-id 08279950-a9e3-4cc3-9a3c-a574f9c9e229
```
Sie erhalten eine JSON-Antwort, die den Status Ihres Importauftrags anzeigt. VEP-Anmerkungen in der VCF werden nach Informationen geparst, die in der INFO-Spalte als Paar gespeichert sind. ID/Value Die Standard-ID für die INFO-Spalte der Anmerkungen zu [Ensembl Variant Effect Predictor](https://useast.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html/#vcf) ist CSQ, aber Sie können den `--annotation-fields` Parameter verwenden, um einen benutzerdefinierten Wert anzugeben, der in der INFO-Spalte verwendet wird. Das Parsen wird derzeit für VEP-Anmerkungen unterstützt.
Für einen Shop, der vor dem 15. Mai 2023 erstellt wurde, oder für VCF-Dateien, die keine VEP-Anmerkung enthalten, enthält die Antwort keine Kommentarfelder.
```
{
"creationTime": "2023-04-11T17:52:37.241958+00:00",
"destinationName": "annotationparsingvariantstore",
"id": "7a1c67e3-b7f9-434d-817b-9c571fd63bea",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://amzn-s3-demo-bucket/NA12878.2k.garvan.vcf"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::555555555555:role/",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2023-04-11T17:58:22.676043+00:00",
}
```
Die VEP-Anmerkungen, die Teil von VCF-Dateien sind, werden als vordefiniertes Schema mit der folgenden Struktur gespeichert. Das Feld extras kann verwendet werden, um alle zusätzlichen VEP-Felder zu speichern, die nicht im Standardschema enthalten sind.
```
annotations struct<
vep: array,
impact:string,
symbol:string,
gene:string,
`feature_type`: string,
feature: string,
biotype: string,
exon: struct,
intron: struct,
hgvsc: string,
hgvsp: string,
`cdna_position`: string,
`cds_position`: string,
`protein_position`: string,
`amino_acids`: struct,
codons: struct,
`existing_variation`: array,
distance: string,
strand: string,
flags: array,
symbol_source: string,
hgnc_id: string,
`extras`: map
>>
>
```
Die Analyse erfolgt nach bestem Wissen und Gewissen. Wenn der VEP-Eintrag nicht den [VEP-Standardspezifikationen entspricht](https://useast.ensembl.org/info/docs/tools/vep/vep_formats.html#vcf), wird er nicht analysiert und die Zeile im Array ist leer.
Bei einem neuen Variantenspeicher **get-variant-import-job**würde die Antwort für die Annotationsfelder enthalten, wie in der Abbildung gezeigt.
```
aws omics get-variant-import-job --job-id 08279950-a9e3-4cc3-9a3c-a574f9c9e229
```
Sie erhalten eine JSON-Antwort, die den Status Ihres Importauftrags anzeigt.
```
{
"creationTime": "2023-04-11T17:52:37.241958+00:00",
"destinationName": "annotationparsingvariantstore",
"id": "7a1c67e3-b7f9-434d-817b-9c571fd63bea",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://amzn-s3-demo-bucket/NA12878.2k.garvan.vcf"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2023-04-11T17:58:22.676043+00:00",
"annotationFields" : {"VEP": "CSQ"}
}
}
```
Sie können **list-variant-import-jobs**sie verwenden, um alle Importaufträge und deren Status zu sehen.
```
aws omics list-variant-import-jobs --ids 7a1c67e3-b7f9-434d-817b-9c571fd63bea
```
Die Antwort enthält Informationen wie folgt.
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2023-04-11T17:52:37.241958+00:00",
"destinationName": "annotationparsingvariantstore",
"id": "7a1c67e3-b7f9-434d-817b-9c571fd63bea",
"roleArn": "arn:aws:iam::55555555555:role/roleName",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2023-04-11T17:58:22.676043+00:00",
"annotationFields" : {"VEP": "CSQ"}
}
]
}
}
```
Bei Bedarf können Sie einen Importauftrag mit dem folgenden Befehl abbrechen.
```
aws omics cancel-variant-import-job
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```