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# Workflow-Versionierung in HealthOmics
Wenn Sie Änderungen an einem Workflow vornehmen müssen, können Sie entweder einen neuen Workflow oder eine neue Workflow-Version erstellen. Versionen sind unveränderlich, mit Ausnahme der zulässigen Konfigurationsänderungen, die sich nicht auf die Ausführungslogik auswirken.
Workflow-Versionen bieten die folgenden Vorteile:
+ Versionen bilden eine logische Gruppe von Workflows, die miteinander verwandt sind. Sie können jeder Workflow-Version einen benutzerdefinierten Namen hinzufügen, um sie einfacher zu verwalten (insbesondere bei einem Workflow mit einer großen Anzahl von Versionen).
+ Sie können mehrere Versionen eines Workflows gleichzeitig ausführen.
+ Alle Versionen eines Workflows verwenden dieselbe Workflow-ID und denselben Basis-ARN, wodurch das Pipeline-Management vereinfacht werden kann, nachdem Sie einen Workflow geändert haben.
+ Workflow-Versionen bieten dieselbe Datenherkunft wie Workflows. Versionen sind unveränderlich und erstellen HealthOmics einen eindeutigen ARN für jede Workflow-Version. Die Version ARN enthält die Workflow-ID und den Versionsnamen, wie im folgenden Beispiel gezeigt:
`arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/myUniqueVersionName`
+ Wenn Sie Eigentümer eines gemeinsam genutzten Workflows sind, können Sie den Workflow aktualisieren, ohne die Abonnenten zu stören (die die vorherige Version weiterhin verwenden können). Abonnenten können auf alle Workflow-Versionen zugreifen. Wenn Sie eine neue Version erstellen, müssen Sie den Workflow nicht erneut teilen.
+ Wenn Sie eine Workflow-Ausführung starten, können Sie die Workflow-Version angeben.
+ Benutzer können sich dafür entscheiden, für Produktionsläufe eine stabile Version zu verwenden und die neueste Version für einen Testlauf auszuprobieren.
+ Benutzer können zur vorherigen Version eines Workflows zurückkehren, wenn sie auf Probleme mit der neuen Version stoßen.
+ Abonnenten eines gemeinsam genutzten Workflows können wählen, welche Version verwendet werden soll.
**Topics**
+ [Standard-Workflow-Version](workflows-default-version.md)
+ [Workflow-Version erstellen](workflows-version-create.md)
+ [Eine Workflow-Version aktualisieren](workflows-version-update.md)
+ [Löschen Sie eine Workflow-Version](workflows-version-delete.md)
# Standard-Workflow-Version
HealthOmics Behandelt den ursprünglichen Workflow als Standardversion, nachdem Sie eine oder mehrere Versionen eines Workflows erstellt haben. Wenn Sie einen Lauf starten, können Sie optional eine Workflow-Version für den Lauf angeben. Wenn Sie beim Starten eines Laufs keine Version angeben, HealthOmics verwendet die Standardversion.
HealthOmics Zeigt in der Konsole den ursprünglichen Workflow mit der Bezeichnung **Standardversion** an. Die Konsole verwendet dieses Label erst, nachdem Sie eine oder mehrere Workflow-Versionen erstellt haben. Der ursprüngliche Workflow bleibt immer die Standardversion. Sie können keine andere Version als Standardversion zuweisen.
Sie können die Standardversion eines Workflows nicht löschen, wenn dem Workflow andere Versionen zugeordnet sind. Weitere Informationen finden Sie unter [Löschen Sie einen privaten Workflow](delete-private-workflow.md).
# Workflow-Version erstellen
Wenn Sie eine neue Version eines Workflows erstellen, müssen Sie die Konfigurationswerte für die neue Version angeben. Es erbt keine Konfigurationswerte aus dem Workflow.
Wenn Sie die Version erstellen, geben Sie einen Versionsnamen an, der für diesen Workflow eindeutig ist. Sie können den Namen nicht ändern, nachdem die Version HealthOmics erstellt wurde.
Der Versionsname muss mit einem Buchstaben oder einer Zahl beginnen und kann Groß- und Kleinbuchstaben, Zahlen, Bindestriche, Punkte und Unterstriche enthalten. Die maximale Länge beträgt 64 Zeichen. Sie können beispielsweise ein einfaches Benennungsschema wie Version1, Version2, Version3 verwenden. Sie können Ihre Workflow-Versionen auch Ihren eigenen internen Versionierungskonventionen wie 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2 zuordnen.
Verwenden Sie optional das Feld für die Versionsbeschreibung, um Anmerkungen zu dieser Version hinzuzufügen. Beispiel: **Fix for syntax error in workflow definition**.
**Anmerkung**
Nehmen Sie keine persönlich identifizierbaren Informationen (PII) in den Versionsnamen auf. Versionsnamen werden im ARN der Workflow-Version angezeigt.
HealthOmics weist der Workflow-Version einen eindeutigen ARN zu. Der ARN ist aufgrund der Kombination aus Workflow-ID und Versionsname eindeutig.
**Warnung**
Nachdem Sie eine Workflow-Version gelöscht haben, HealthOmics können Sie den Versionsnamen für eine andere Workflow-Version wiederverwenden. Es hat sich bewährt, Versionsnamen nicht wiederzuverwenden. Wenn Sie einen Namen wiederverwenden, haben der Workflow und jede Version eine eindeutige UUID, die Sie als Herkunft verwenden können.
**Topics**
+ [Erstellen Sie mithilfe der Konsole eine Workflow-Version](#workflow-versions-console-create)
+ [Erstellen Sie eine Workflow-Version mit der CLI](#workflow-versions-api-create)
+ [Erstellen Sie eine Workflow-Version mit einem SDK](#workflow-versions-sdk)
+ [Überprüfen Sie den Status einer Workflow-Version](#using-get-workflow)
## Erstellen Sie mithilfe der Konsole eine Workflow-Version
**Schritte zum Erstellen einer Workflow-Version**
1. Öffnen Sie die [HealthOmics -Konsole](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (•). Wählen Sie **Private Workflows** aus.
1. Wählen Sie auf der Seite **Private Workflows** den Workflow für die neue Version aus.
1. Wählen Sie auf der Seite mit den **Workflow-Details** die Option **Neue Version erstellen** aus.
1. Geben Sie auf der Seite **Version erstellen** die folgenden Informationen ein:
1. **Versionsname**: Geben Sie einen Namen für die Workflow-Version ein, der für den gesamten Workflow eindeutig ist.
1. **Versionsbeschreibung** (optional): Sie können das Beschreibungsfeld verwenden, um Hinweise zu dieser Version hinzuzufügen.
1. Geben Sie im Bereich **Workflow-Definition** die folgenden Informationen ein:
1. **Workflow-Sprache** (optional): Wählen Sie die Spezifikationssprache für die Workflow-Version aus. Andernfalls HealthOmics bestimmt die Sprache anhand der Workflow-Definition.
1. Wählen Sie **unter Workflow-Definitionsquelle**, ob Sie den Definitionsordner aus einem Git-basierten Repository, einem Amazon S3 S3-Speicherort oder von einem lokalen Laufwerk importieren möchten.
1. Für den **Import aus einem Repository-Service**:
**Anmerkung**
HealthOmics unterstützt öffentliche und private Repositorys fürGitHub,GitLab,, BitbucketGitHub self-managed,GitLab self-managed.
1. Wählen Sie eine **Verbindung**, um Ihre AWS Ressourcen mit dem externen Repository zu verbinden. Informationen zum Herstellen einer Verbindung finden Sie unter[Connect mit externen Code-Repositorys her](setting-up-new.md#setting-up-omics-repository).
**Anmerkung**
Kunden in der TLV Region müssen eine Verbindung in der Region IAD (us-east-1) herstellen, um einen Workflow zu erstellen.
1. Geben Sie unter **Vollständige Repository-ID** Ihre Repository-ID als Benutzername/Repository-Name ein. Stellen Sie sicher, dass Sie Zugriff auf die Dateien in diesem Repository haben.
1. Geben Sie im Feld **Quellverweis** (optional) eine Repository-Quellenreferenz ein (Branch-, Tag- oder Commit-ID). HealthOmics verwendet den Standardzweig, wenn kein Quellverweis angegeben ist.
1. Geben Sie im Feld **Dateimuster ausschließen** die Dateimuster ein, um bestimmte Ordner, Dateien oder Erweiterungen auszuschließen. Dies hilft bei der Verwaltung der Datengröße beim Import von Repository-Dateien. Es gibt maximal 50 Muster, und die Muster müssen der [Glob-Pattern-Syntax](https://fossil-scm.org/home/doc/tip/www/globs.md) folgen. Zum Beispiel:
1. `tests/`
1. `*.jpeg`
1. `large_data.zip`
1. Für **Select Definition Folder aus S3**:
1. Geben Sie den Amazon S3 S3-Speicherort ein, der den komprimierten Workflow-Definitionsordner enthält. Der Amazon S3 S3-Bucket muss sich in derselben Region wie der Workflow befinden.
1. Wenn Ihr Konto nicht Eigentümer des Amazon S3 S3-Buckets ist, geben Sie die Konto-ID des Bucket-Besitzers in die AWS Konto-ID des **S3-Bucket-Besitzers ein**. Diese Informationen sind erforderlich, um die Inhaberschaft des Buckets verifizieren zu HealthOmics können.
1. Für **Wählen Sie den Definitionsordner aus einer lokalen Quelle** aus:
1. Geben Sie den Speicherort des komprimierten Workflow-Definitionsordners auf dem lokalen Laufwerk ein.
1. **Haupt-Workflow-Definitionsdateipfad** (optional): Geben Sie den Dateipfad vom komprimierten Workflow-Definitionsordner oder Repository zur `main` Datei ein. Dieser Parameter ist nicht erforderlich, wenn der Workflow-Definitionsordner nur eine Datei enthält oder wenn die Hauptdatei den Namen „main“ hat.
1. Wählen Sie im Bereich **README-Datei** (optional) die **Quelle der README-Datei** aus und geben Sie die folgenden Informationen ein:
+ Geben **Sie für Import aus einem Repository-Service** im Feld **README-Dateipfad den Pfad** zur README-Datei innerhalb des Repositorys ein.
+ Geben **Sie unter Datei aus S3 auswählen** in der **README-Datei in S3** den Amazon S3 S3-URI für die README-Datei ein.
+ Für **Datei aus einer lokalen Quelle auswählen**: Wählen Sie in **README — optional** die Option **Datei auswählen**, um die hochzuladende Markdown-Datei (.md) auszuwählen.
1. Geben Sie im Bereich „**Konfiguration des Standardlaufspeichers**“ den Standardspeichertyp und die Kapazität für Läufe an, die diesen Workflow verwenden:
1. **Speichertyp ausführen**: Wählen Sie aus, ob statischer oder dynamischer Speicher als Standard für den temporären Laufspeicher verwendet werden soll. Die Standardeinstellung ist statischer Speicher.
1. **Laufspeicherkapazität** (optional): Für den statischen Laufspeichertyp können Sie die Standardmenge an Laufspeicher eingeben, die für diesen Workflow erforderlich ist. Der Standardwert für diesen Parameter ist 1200 GiB. Sie können diese Standardwerte überschreiben, wenn Sie einen Lauf starten.
1. **Tags** (optional): Sie können dieser Workflow-Version bis zu 50 Tags zuordnen.
1. Wählen Sie **Weiter** aus.
1. Wählen Sie auf der Seite **Workflow-Parameter hinzufügen** (optional) die **Parameterquelle** aus:
1. Bei **Aus Workflow-Definitionsdatei analysieren**: HealthOmics Analysiert automatisch die Workflow-Parameter aus der Workflow-Definitionsdatei.
1. Verwenden **Sie für Parametervorlage aus dem Git-Repository bereitstellen** den Pfad zur Parametervorlagendatei aus Ihrem Repository.
1. Laden **Sie für „JSON-Datei aus lokaler Quelle auswählen**“ eine JSON Datei aus einer lokalen Quelle hoch, die die Parameter angibt.
1. **Geben Sie für Workflow-Parameter** manuell eingeben die Parameternamen und Beschreibungen manuell ein.
1. Im Bereich **Parametervorschau** können Sie die Parameter für diese Workflow-Version überprüfen oder ändern. Wenn Sie die JSON Datei wiederherstellen, gehen alle lokalen Änderungen verloren, die Sie vorgenommen haben.
1. Auf der Seite zur **Neuzuweisung von Container-URI** können Sie im Bereich **Zuordnungsregeln Regeln** für die URI-Zuordnung für Ihren Workflow definieren.
Wählen Sie für **Quelle der Zuordnungsdatei** eine der folgenden Optionen aus:
+ **Keine** — Keine Zuordnungsregeln erforderlich.
+ **JSON-Datei aus S3 auswählen** — Geben Sie den S3-Speicherort für die Zuordnungsdatei an.
+ **JSON-Datei aus einer lokalen Quelle auswählen** — Geben Sie den Speicherort der Mapping-Datei auf Ihrem lokalen Gerät an.
+ **Zuordnungen manuell eingeben** **— Geben Sie die Registry- und Image-Zuordnungen im Bereich „Zuordnungen“ ein.**
1. In der Konsole **wird** der Bereich „Zuordnungen“ angezeigt. Wenn Sie eine Mapping-Quelldatei ausgewählt haben, zeigt die Konsole die Werte aus der Datei an.
1. In **Registrierungszuordnungen** können Sie die Zuordnungen bearbeiten oder Zuordnungen hinzufügen (maximal 20 Registrierungszuordnungen).
Jede Registrierungszuweisung enthält die folgenden Felder:
+ **Upstream-Registrierungs-URL** — Die URI der Upstream-Registrierung.
+ **ECR-Repository-Präfix** — Das Repository-Präfix, das im privaten Amazon ECR-Repository verwendet werden soll.
+ (Optional) **Upstream-Repository-Präfix** — Das Präfix des Repositorys in der Upstream-Registrierung.
+ (Optional) **ECR-Konto-ID** — Konto-ID des Kontos, dem das Upstream-Container-Image gehört.
1. In **Image-Zuordnungen** können Sie die Image-Zuordnungen bearbeiten oder Zuordnungen hinzufügen (maximal 100 Image-Zuordnungen).
Jede Image-Zuordnung enthält die folgenden Felder:
+ **Quellbild** — Gibt den URI des Quellbilds in der Upstream-Registrierung an.
+ **Zielbild** — Gibt den URI des entsprechenden Images in der privaten Amazon ECR-Registrierung an.
1. Wählen Sie **Weiter** aus.
1. Überprüfen Sie die Versionskonfiguration und wählen Sie dann **Version erstellen**.
Wenn die Version erstellt wurde, kehrt die Konsole zur Workflow-Detailseite zurück und zeigt die neue Version in der Tabelle **Workflows und Versionen** an.
## Erstellen Sie eine Workflow-Version mit der CLI
Sie können mithilfe der `CreateWorkflowVersion` API-Operation eine Workflow-Version erstellen. HealthOmics Verwendet für optionale Parameter die folgenden Standardwerte:
| Parameter | Standard |
| --- | --- |
| Engine | Wird anhand der Workflow-Definition bestimmt |
| Speichertyp | STATIC |
| Speicherkapazität (für statischen Speicher) | 1200 GiB |
| Main (Haupt) | Wird anhand des Inhalts des Workflow-Definitionsordners ermittelt. Details hierzu finden Sie unter [HealthOmics Anforderungen an die Workflow-Definition](workflow-defn-requirements.md). |
| Accelerators | Keine |
| Tags (Markierungen) | Keine |
Das folgende CLI-Beispiel erstellt eine Workflow-Version mit statischem Speicher als Standard-Run-Storage:
```
aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567 \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC' \
--storage-capacity 1200 \
--tags example123=string \
--accelerators GPU
```
Wenn sich Ihre Workflow-Definitionsdatei in einem Amazon S3 S3-Ordner befindet, geben Sie den Speicherort mit dem `definition-uri` Parameter anstelle von ein`definition-zip`. Weitere Informationen finden Sie [CreateWorkflowVersion](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/api/API_CreateWorkflowVersion.html)in der HealthOmics AWS-API-Referenz.
Sie erhalten die folgende Antwort auf die `create-workflow-version` Anfrage.
```
{
"workflowId": "1234567",
"versionName": "my_version",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
"status": "ACTIVE",
"tags": {
"environment": "production",
"owner": "team-alpha"
},
"uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}
```
## Erstellen Sie eine Workflow-Version mit einem SDK
Sie können einen Workflow mit einem der erstellen SDKs.
Das folgende Beispiel zeigt, wie eine Workflow-Version mit dem Python-SDK erstellt wird.
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
with open('definition.zip', 'rb') as f:
definition = f.read()
response = omics.create_workflow_version(
workflowId='1234567',
versionName='my_version',
requestId='my_request_1'
definitionZip=definition,
parameterTemplate={ ... }
)
```
## Überprüfen Sie den Status einer Workflow-Version
Nachdem Sie Ihre Workflow-Version erstellt haben, können Sie den Status überprüfen und weitere Details des Workflows **get-workflow-version**wie in der Abbildung gezeigt anzeigen.
```
aws omics get-workflow-version
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"
```
In der Antwort erhalten Sie Ihre Workflow-Details, einschließlich des Status, wie in der Abbildung dargestellt.
```
{
"workflowId": "1234567",
"versionName": "3.0.0",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
"status": "ACTIVE",
"description": ...
"uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}
```
Bevor Sie einen Lauf mit dieser Workflow-Version starten können, muss der Status auf geändert werden`ACTIVE`.
# Eine Workflow-Version aktualisieren
Sie können die Beschreibung und die standardmäßige Run-Storage-Konfiguration für eine private Workflow-Version aktualisieren. Um andere Informationen in der Workflow-Version zu ändern, erstellen Sie eine neue Version.
**Topics**
+ [Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mithilfe der Konsole](#workflow-versions-console-update)
+ [Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mit der CLI](#workflow-versions-api-update)
+ [Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mithilfe eines SDK](#workflow-versions-sdk-update)
## Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mithilfe der Konsole
**Um eine Workflow-Version zu aktualisieren**
1. Öffnen Sie die [HealthOmics -Konsole](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (←). Wählen Sie **Private Workflows** aus.
1. Wählen Sie auf der Seite **Private Workflows** den Workflow aus.
1. Wählen Sie auf der **Workflow-Seite** die Workflow-Version aus, die Sie aktualisieren möchten, und wählen Sie in der Liste **Aktionen** die **Option Ausgewählte Bearbeitung** aus.
+ Wenn Sie die Standardversion wählen, öffnet die Konsole die Seite **Workflow bearbeiten**. Weitere Informationen finden Sie unter [Einen privaten Workflow aktualisieren](update-private-workflow.md).
+ Wenn Sie eine benutzerdefinierte Version wählen, öffnet die Konsole die Seite **Version bearbeiten**.
1. Geben Sie auf der Seite **Version bearbeiten** die folgenden Informationen ein
+ **Versionsbeschreibung** (optional) — Eine Beschreibung dieser Version.
1. Geben Sie im Bereich „**Konfiguration des Standardlaufspeichers**“ die folgenden Standardwerte für Läufe an, die diese Workflow-Version verwenden. Sie können die Standardwerte überschreiben, wenn Sie einen Lauf starten:
+ Wählen **Sie für den Speichertyp Run** die Option **Statisch** oder **Dynamisch** aus.
+ Wählen Sie für statischen Run-Speicher die Standardmenge an **Run-Speicherkapazität** für Läufe aus, die diese Workflow-Version verwenden. Der Standardwert für diesen Parameter ist 1200 GiB.
1. Wählen Sie **Änderungen speichern ** aus.
Die Konsole kehrt zur Workflow-Detailseite zurück und zeigt ein Seitenbanner mit der aktualisierten Workflow-Version an.
## Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mit der CLI
Sie können Parameter für eine Workflow-Version mit dem folgenden CLI-Befehl aktualisieren. Die Kombination aus Workflow-ID und Versionsname identifiziert die Version eindeutig.
```
aws omics update-workflow-version
--workflow-id 1234567
--version-name "my_version"
--storage-type 'STATIC'
--storage-capacity 2400
--description "version description"
```
Sie erhalten keine Antwort auf die `update-workflow-version` Anfrage.
## Aktualisieren Sie eine Workflow-Version mithilfe eines SDK
Sie können eine Workflow-Version mit einem der aktualisieren SDKs. Das folgende Python-SDK-Beispiel zeigt, wie der Speichertyp und die Beschreibung für eine Workflow-Version aktualisiert werden.
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
response = omics.update_workflow_version(
workflowID=1234567,
versionName='3.0.0',
storageType='DYNAMIC',
description='new version description'
)
```
# Löschen Sie eine Workflow-Version
Sie können eine benutzerdefinierte Workflow-Version mit der Konsole, CLI oder einer der SDKs folgenden löschen. Das Löschen einer Workflow-Version hat keine Auswirkungen auf laufende Läufe, die die Workflow-Version verwenden.
Sie können das nicht löschen[Standard-Workflow-Version](workflows-default-version.md). Sie löschen alle benutzerdefinierten Versionen und anschließend den Workflow.
**Topics**
+ [Löschen Sie eine Workflow-Version mithilfe der Konsole](#workflow-versions-console-delete)
+ [Löschen Sie eine Workflow-Version mit der CLI](#workflow-versions-api-delete)
+ [Löschen Sie eine Workflow-Version mithilfe eines SDK](#workflow-versions-sdk-delete)
## Löschen Sie eine Workflow-Version mithilfe der Konsole
**Um eine Workflow-Version zu löschen**
1. Öffnen Sie die [HealthOmics -Konsole](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (←). Wählen Sie **Private Workflows** aus.
1. Wählen Sie auf der Seite **Private Workflows** den Workflow aus.
1. Wählen Sie auf der **Workflow-Seite** die Workflow-Version aus, die Sie löschen möchten, und wählen Sie in der Liste **Aktionen** die **Option Ausgewählte löschen** aus.
1. Geben **Sie im Modal „Workflow-Version löschen**“ „Bestätigen“ ein, um den Löschvorgang zu bestätigen.
1. Wählen Sie **Löschen** aus.
In der Konsole wird ein Seitenbanner mit der gelöschten Workflow-Version angezeigt.
## Löschen Sie eine Workflow-Version mit der CLI
Sie können eine benutzerdefinierte Workflow-Version mit dem folgenden CLI-Befehl löschen. Die Kombination aus Workflow-ID und Versionsname identifiziert die Version eindeutig.
```
aws omics delete-workflow-version
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"
```
Sie erhalten keine Antwort auf die `delete-workflow-version` Anfrage.
## Löschen Sie eine Workflow-Version mithilfe eines SDK
Sie können einen Workflow mit einem der löschen SDKs.
Das folgende Beispiel zeigt, wie ein Workflow mit dem Python-SDK gelöscht wird.
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
response = omics.delete_workflow_version(
workflowID=1234567,
versionName='3.0.0'
)
```