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Der Arbeitsablauf zeigt an HealthOmics - AWS HealthOmics
Built-in LintersExterne Linter

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Der Arbeitsablauf zeigt an HealthOmics

HealthOmics Lint WDL- und Nextflow DSL2-Workflows während der Erstellung automatisch. Die integrierten Linters erkennen Fehler in Ihren Workflow-Definitionsdateien, die dazu führen können, dass Läufe fehlschlagen. Die Ergebnisse von Lint werden im statusMessage Feld der GetWorkflow Antwort angezeigt.

Bei WDL-Workflows blockieren Lint-Ergebnisse — der Workflow wechselt nicht zu ACTIVE, wenn Fehler erkannt werden. Bei Nextflow DSL2-Workflows sind Lint-Ergebnisse nicht blockierend — der Workflow geht unabhängig von den Ergebnissen auf AKTIV über.

HealthOmics bietet auch externe Linters, die Sie lokal ausführen können, bevor Sie einen Workflow erstellen. Diese Linters können zusätzliche HealthOmics-specific Regeln enthalten.

Built-in Linters

HealthOmics führt eingebaute Linters serverseitig aus, wenn Sie oder aufrufen. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion

Integriertes WDL-Linting

Bei WDL wird beim Erstellen des Workflows HealthOmics automatisch ein Linter ausgeführt. WDL-Linting blockiert — wenn der Linter Fehler erkennt, geht der Workflow nicht zu ACTIVE über. Die Linter-Ausgabe finden Sie im statusMessage Feld der Antwort. GetWorkflow Verwenden Sie den folgenden CLI-Befehl, um die Statusausgabe abzurufen (verwenden Sie die Workflow-ID des WDL-Workflows, den Sie erstellt haben): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

Integriertes Linting von Nextflow

HealthOmics führt den in Nextflow integrierten Strict DSL2-Linter (nf-lang/v2) automatisch während CreateWorkflow und für alle unterstützten Nextflow DSL2-Versionen aus: CreateWorkflowVersion

  • Nextflow v22.04 (nur DSL2)

  • Nextflow v23.10

  • Nextflow v24.10

  • Nextflow v25.10

  • Nextflow v26.04

Anmerkung

Der integrierte Linter gilt nur für DSL2-Workflows. DSL1-Workflows sind nicht linted.

Der Nextflow-Linter arbeitet im nicht blockierenden Modus. Die Ergebnisse verhindern nicht, dass der Workflow AKTIV wird. Sie können die Ergebnisse jederzeit überprüfen, ohne den Prozess der Workflow-Erstellung zu unterbrechen.

Anmerkung

Der integrierte Nextflow-Linter validiert die Syntax Ihrer Workflow-Definition bei der Erstellung. Er unterscheidet sich von dem für Nextflow v26.04 verfügbaren strengen Syntaxparser, der vom Laufzeitverhalten gesteuert wird und dieses beeinflusst. engineSettings.syntaxVersion Der Linter wird bei der Erstellung in allen DSL2-Versionen ausgeführt, unabhängig davon, welchen Parser der Workflow zur Laufzeit verwendet.

Um die Lint-Ausgabe von Nextflow abzurufen

Lint-Ergebnisse werden als strukturiertes JSON im statusMessage Feld der GetWorkflow Antwort angezeigt. Verwenden Sie den folgenden CLI-Befehl, um die Lint-Ausgabe abzurufen:

aws omics get-workflow --id 1234567 --query 'statusMessage'

Das folgende Beispiel zeigt die JSON-Ausgabe des Nextflow-Linters:

{
  "advisory": "Linting findings are from the strict Nextflow DSL2 (nf-lang/v2) linter and reflect the syntax that will be required in Nextflow 25/26 strict mode. On Nextflow 23/24 (legacy grammar) findings are advisory only.",
  "summary": {
    "errors": 2,
    "filesWithErrors": 1,
    "filesWithoutErrors": 0,
    "filesFormatted": 0,
    "warnings": 0,
    "filesWithWarnings": 0,
    "filesWithoutWarnings": 2
  },
  "errors": [
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 5,
      "message": "`for` loops are no longer supported"
    },
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 10,
      "message": "`i` is not defined"
    }
  ],
  "warnings": []
}

Lint-Ausgabefelder

Die JSON-Ausgabe enthält die folgenden Felder:

  • advisory— Erläutert die versionsspezifische Anwendbarkeit der Ergebnisse. In Nextflow v22.04, v23.10 und v24.10 (ältere Grammatik) dienen die Ergebnisse nur als Ratgeber. In Nextflow v25.10 und v26.04 spiegeln die Ergebnisse strenge Anforderungen an die Modussyntax wider.

  • summary— Enthält eine Gesamtanzahl von Fehlern und Warnungen für alle Dateien im Workflow.

  • errors— Eine Reihe von Fehlerobjekten. Jeder Fehler enthält filenamestartLine,startColumn, undmessage.

  • warnings— Eine Reihe von Warnobjekten. Jede Warnung enthält dieselben Felder wie Fehlerobjekte.

  • truncated— Ein Bedingungs-Flag, das erscheint, wenn die Lint-Ausgabe die Feldgrößenbeschränkungen überschreitet. Wenn eine Kürzung erfolgt, werden zuerst Warnungen gelöscht. Der Workflow bleibt AKTIV mit einem gültigen gekürzten Bericht.

Empfehlungen

Wir empfehlen den folgenden Workflow, um Lint-Ergebnisse zu beheben:

  1. Überprüfen Sie die Ergebnisse von Lint vor statusMessage Ort.

  2. Korrigieren Sie die Fehler in Ihrer Workflow-Definitionsdatei.

  3. Re-create der Arbeitsablauf zum Generieren eines Clean-Lint-Berichts.

Externe Linter

Die folgenden externen Linter sind verfügbar:

  • WDL— Ein öffentliches Amazon ECR-Bild zur Ausführung eines WDL-Linters in der Amazon ECR Public Gallery.

  • Nextflow— Ein öffentliches Amazon ECR-Bild zur Ausführung der Linter-Regeln für Nextflow in der Amazon ECR Public Gallery. Sie können über das Linter-rules-for-nextflow-Repository auf den Quellcode zugreifen. GitHub

  • CWL— Nicht verfügbar.

Die folgende Liste beschreibt den Unterschied zwischen eingebauten und externen Lintern:

  • Built-in Linters — Wird serverseitig während und ausgeführt. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion Bei WDL blockieren die Ergebnisse. Für Nextflow DSL2 sind die Ergebnisse nicht blockierend. Gilt nur für WDL- und Nextflow DSL2-Workflows.

  • Externe Linters — Werden lokal vor der Workflow-Erstellung ausgeführt. Kann zusätzliche HealthOmics-specific Kompatibilitätsregeln enthalten. Als öffentliche Amazon ECR-Bilder verfügbar.