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HealthOmics Workflows mit einer VPC verbinden

Mit Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC) können Sie AWS Ressourcen in einem privaten, virtuellen Netzwerk starten, das Sie definiert haben. Sie können Ihren HealthOmics Workflows Zugriff auf Ressourcen in Ihrer VPC gewähren, indem Sie Ihre Läufe so konfigurieren, dass sie den VPC-Netzwerkmodus verwenden. Wenn das VPC-Netzwerk aktiviert ist, können Ihre Läufe auf Ressourcen in Ihrer VPC zugreifen und über das öffentliche Internet eine Verbindung zu externen Ressourcen herstellen, sofern für Ihre VPC der Internetzugang konfiguriert ist.

Wann sollte das VPC-Netzwerk verwendet werden

Verwenden Sie VPC-Netzwerke, wenn Ihre Läufe Folgendes benötigen:

Netzwerkmodi

HealthOmics Workflows unterstützt zwei Netzwerkmodi. Standardmäßig werden Workflow-Ausführungen im RESTRICTED-Modus ausgeführt. Sie können das VPC-Netzwerk pro Lauf aktivieren, wenn Sie die Workflow-Ausführung starten.

Sie geben den Netzwerkmodus an, wenn Sie eine Workflow-Ausführung mithilfe des networkingMode Parameters in der StartRun API starten.

Erste Schritte

In diesem Abschnitt erfahren Sie, wie Sie das VPC-Netzwerk für HealthOmics Workflows zum ersten Mal einrichten.

Voraussetzungen

Bevor Sie das VPC-Netzwerk für HealthOmics Workflows konfigurieren, stellen Sie sicher, dass Sie über Folgendes verfügen:

Schritt 1: Erstellen oder konfigurieren Sie Ihre VPC

Erstellen Sie eine VPC mit privaten Subnetzen, Sicherheitsgruppen und NAT-Gateways (falls Internetzugang erforderlich ist). Eine ausführliche schrittweise Anleitung finden Sie unter. Internetzugang für VPC-connected Workflows

Schritt 2: Sicherheitsgruppen konfigurieren

Erstellen Sie eine Sicherheitsgruppe, die ausgehenden Datenverkehr zu den Zielen ermöglicht, auf die Ihre Läufe zugreifen müssen. Konfigurieren Sie Sicherheitsgruppen so, dass nach dem Prinzip der geringsten Zugriffsrechte nur der minimal erforderliche ausgehende Datenverkehr zugelassen wird.

Beispielkonfigurationen und ausführliche Anleitungen finden Sie im Internetzugang für VPC-connected Workflows Abschnitt zur Sicherheitsgruppe unter.

Schritt 3: Routentabellen verifizieren

Stellen Sie sicher, dass Ihre privaten Subnetze über Routen zu einem NAT-Gateway für den Internetzugang verfügen. Beispiele für Routing-Tabellen-Konfigurationen finden Sie im Internetzugang für VPC-connected Workflows Abschnitt zur Routing-Tabelle unter.

Schritt 4: Erstellen Sie eine Konfigurationsressource

Erstellen Sie eine HealthOmics Konfigurationsressource, die Ihre VPC-Netzwerkeinstellungen definiert:

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

Sobald die Netzwerkressourcen bereitgestellt sindCREATING, geht die Konfiguration vom ACTIVE Status auf den Status über. Dies dauert bis zu 15 Minuten.

Schritt 5: Starten Sie einen Workflow, der mit VPC-Netzwerken ausgeführt wird

Sobald Ihre Konfiguration abgeschlossen istACTIVE, starten Sie einen Workflow-Lauf mit aktiviertem VPC-Netzwerk:

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Schritt 6: Überprüfen Sie die Konnektivität

Überwachen Sie Ihren Workflow-Lauf, um sicherzustellen, dass er auf die erforderlichen externen Ressourcen zugreifen kann. Überprüfen Sie die Workflow-Protokolle in den CloudWatch Protokollen auf Erfolgs- oder Fehlermeldungen der Verbindung. Eine ausführliche Anleitung zum Testen der Konnektivität finden Sie unterTesten der VPC-Konnektivität.

VPC-Anforderungen

Ihre VPC muss die folgenden Anforderungen erfüllen:

Anforderungen an das Subnetz

Anforderungen an Sicherheitsgruppen

Sicherheitsgruppen kontrollieren den eingehenden und ausgehenden Verkehr für Ihre Läufe.

Anforderungen an die Netzwerkschnittstelle

HealthOmics stellt elastische Netzwerkschnittstellen (ENIs) in Ihrer VPC bereit, um Läufe mit Ihrem Netzwerk zu verbinden. Stellen Sie sicher, dass Ihr AWS Konto über ausreichende ENI-Kapazität verfügt (Standardlimit: 5.000 ENIs pro Region).

ENIs, die von erstellt wurden, HealthOmics sind mit den folgenden Tags gekennzeichnet:

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

Konfigurations-APIs

HealthOmics bietet APIs zum Erstellen, Verwalten und Löschen von VPC-Konfigurationen. Sie können Konfigurationen für mehrere Workflow-Läufe wiederverwenden.

CreateConfiguration

Erstellt eine neue Konfigurationsressource mit VPC-Netzwerkeinstellungen. Ein Schritt-für-Schritt-Beispiel finden Sie unter Schritt 4: Erstellen Sie eine Konfigurationsressource.

Anforderungssyntax:

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Parameter:

Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Werte für den Konfigurationsstatus:

GetConfiguration

Ruft Details einer bestimmten Konfiguration ab.

Anforderungssyntax:

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Listet alle Konfigurationen in Ihrem Konto auf.

Anforderungssyntax:

aws omics list-configurations \
  --region region

Antwort:

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Löscht eine Konfiguration. Sie können keine Konfiguration löschen, die derzeit von aktiven Workflow-Ausführungen verwendet wird.

Anforderungssyntax:

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Ausführen von Workflows mit VPC-Netzwerken

Einen Lauf mit VPC-Netzwerk starten

Um das VPC-Netzwerk in einer Workflow-Ausführung zu verwenden, geben Sie den networking-mode Parameter an und: configuration-name

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Parameter:

Die ausgeführte Netzwerkkonfiguration anzeigen

Verwenden SieGetRun, um die Netzwerkkonfiguration für einen Lauf anzuzeigen:

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

Die Antwort umfasst den Netzwerkmodus, Konfigurationsdetails und die VPC-Konfiguration. Das folgende Beispiel zeigt die VPC-related Felder aus der Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Unveränderlichkeit der Konfiguration

Die Konfigurationsressourcen sind unveränderlich — nachdem Sie eine Konfiguration erstellt haben, können Sie ihre Einstellungen nicht mehr ändern. Um andere Netzwerkeinstellungen zu verwenden, erstellen Sie eine neue Konfiguration. Sie können eine Konfiguration nicht löschen, solange sie von aktiven Workflowläufen verwendet wird. Die DeleteConfiguration Anforderung wird zurückgewiesen, bis diese Ausführungen den Endzustand erreichen.

Überlegungen zum Caching von Aufrufen

Wenn Sie VPC-Netzwerke mit Call-Caching verwenden, stellen Sie sicher, dass Ihre Workflow-Engine entsprechend konfiguriert ist. Eine ausführliche Anleitung zum Caching von Anrufen pro Engine finden Sie unter. Engine-specific Caching-Funktionen

Bewährte Methoden

Sicherheit

Leistung

Kostenoptimierung

Betriebsbereit

Kontingente für VPC-Netzwerke

In der folgenden Tabelle sind die Kontingente für VPC-Netzwerkkonfigurationen aufgeführt:

Um eine Kontingenterhöhung anzufordern, öffnen Sie die Service-Kontingente-Konsole, wählen Sie AWS Dienste aus, suchen Sie nach dem Kontingent, das Sie erhöhen möchten AWS HealthOmics, wählen Sie das Kontingent aus, das Sie erhöhen möchten, und wählen Sie Kontingenterhöhung anfordern aus. Anfragen zur Erhöhung des Kontingents werden in der Regel innerhalb von 1—2 Werktagen bearbeitet.