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HealthOmics Workflows mit einer VPC verbinden

Mit Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC) können Sie AWS Ressourcen in einem von Ihnen definierten privaten, virtuellen Netzwerk starten. Sie können Ihren HealthOmics Workflows Zugriff auf Ressourcen in Ihrer VPC gewähren, indem Sie Ihre Läufe so konfigurieren, dass sie den VPC-Netzwerkmodus verwenden. Wenn das VPC-Netzwerk aktiviert ist, können Ihre Läufe auf Ressourcen innerhalb Ihrer VPC zugreifen und über das öffentliche Internet eine Verbindung zu externen Ressourcen herstellen, sofern für Ihre VPC der Internetzugang konfiguriert ist.

Wann sollten VPC-Netzwerke verwendet werden

Verwenden Sie VPC-Netzwerke, wenn Ihre Läufe:

Netzwerkmodi

HealthOmics Workflows unterstützt zwei Netzwerkmodi. Standardmäßig werden Workflow-Läufe im EINGESCHRÄNKTEN Modus ausgeführt. Sie können VPC-Netzwerke pro Lauf aktivieren, wenn Sie die Workflow-Ausführung starten.

Sie geben den Netzwerkmodus an, wenn Sie eine Workflow-Ausführung mithilfe des networkingMode Parameters in der StartRun API starten.

Erste Schritte

In diesem Abschnitt erfahren Sie, wie Sie das VPC-Netzwerk für HealthOmics Workflows zum ersten Mal einrichten.

Voraussetzungen

Stellen Sie vor der Konfiguration des VPC-Netzwerks für HealthOmics Workflows sicher, dass Sie über Folgendes verfügen:

Schritt 1: Erstellen oder konfigurieren Sie Ihre VPC

Erstellen Sie eine VPC mit privaten Subnetzen, Sicherheitsgruppen und NAT-Gateways (falls Internetzugang erforderlich ist). Eine ausführliche step-by-step Anleitung finden Sie unter. Internetzugang für VPC-verbundene Workflows

Schritt 2: Sicherheitsgruppen konfigurieren

Erstellen Sie eine Sicherheitsgruppe, die ausgehenden Datenverkehr zu den Zielen ermöglicht, auf die Ihre Läufe zugreifen müssen. Konfigurieren Sie Sicherheitsgruppen so, dass nur das erforderliche Minimum an ausgehendem Datenverkehr zugelassen wird. Dabei gilt das Prinzip der geringsten Rechte.

Beispielkonfigurationen und ausführliche Anleitungen finden Sie im Internetzugang für VPC-verbundene Workflows Abschnitt Sicherheitsgruppen unter.

Schritt 3: Überprüfen Sie die Routentabellen

Stellen Sie sicher, dass Ihre privaten Subnetze über Routen zu einem NAT-Gateway für den Internetzugang verfügen. Beispiele für Routentabellenkonfigurationen finden Sie im Internetzugang für VPC-verbundene Workflows Abschnitt Routentabellen unter.

Schritt 4: Erstellen Sie eine Konfigurationsressource

Erstellen Sie eine HealthOmics Konfigurationsressource, die Ihre VPC-Netzwerkeinstellungen definiert:

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

Die Konfiguration wechselt vom ACTIVE Status CREATING zu, sobald die Netzwerkressourcen bereitgestellt wurden. Dies dauert bis zu 15 Minuten.

Schritt 5: Starten Sie eine Workflow-Ausführung mit VPC-Netzwerken

Sobald Ihre Konfiguration abgeschlossen istACTIVE, starten Sie einen Workflow-Lauf mit aktiviertem VPC-Netzwerk:

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Schritt 6: Überprüfen Sie die Konnektivität

Überwachen Sie Ihren Workflow-Lauf, um sicherzustellen, dass er auf die erforderlichen externen Ressourcen zugreifen kann. Suchen Sie in den Workflow-Protokollen in den CloudWatch Protokollen nach Meldungen über den Erfolg oder den Fehler bei der Verbindung. Eine ausführliche Anleitung zum Testen der Konnektivität finden Sie unterVPC-Konnektivität testen.

VPC-Anforderungen

Ihre VPC muss die folgenden Anforderungen erfüllen:

Subnetz-Anforderungen

Anforderungen an Sicherheitsgruppen

Sicherheitsgruppen kontrollieren den ein- und ausgehenden Datenverkehr für Ihre Läufe.

Anforderungen an die Netzwerkschnittstelle

HealthOmics stellt elastische Netzwerkschnittstellen (ENIs) in Ihrer VPC bereit, um Läufe mit Ihrem Netzwerk zu verbinden. Stellen Sie sicher, dass Ihr AWS Konto über ausreichende ENI-Kapazität verfügt (Standardlimit: 5.000 ENIs pro Region).

ENIs erstellt von HealthOmics sind mit den folgenden Tags verschlagwortet:

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

Konfiguration APIs

HealthOmics ermöglicht APIs das Erstellen, Verwalten und Löschen von VPC-Konfigurationen. Sie können Konfigurationen für mehrere Workflow-Ausführungen wiederverwenden.

CreateConfiguration

Erstellt eine neue Konfigurationsressource mit VPC-Netzwerkeinstellungen. Ein step-by-step Beispiel finden Sie unterSchritt 4: Erstellen Sie eine Konfigurationsressource.

Anforderungssyntax:

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Parameter:

Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Werte für den Konfigurationsstatus:

GetConfiguration

Ruft Details einer bestimmten Konfiguration ab.

Anforderungssyntax:

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Listet alle Konfigurationen in Ihrem Konto auf.

Anforderungssyntax:

aws omics list-configurations \
  --region region

Antwort:

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Löscht eine Konfiguration. Sie können keine Konfiguration löschen, die derzeit von aktiven Workflow-Läufen verwendet wird.

Anforderungssyntax:

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Ausführen von Workflows mit VPC-Netzwerken

Einen Lauf mit VPC-Netzwerken starten

Um VPC-Netzwerke in einer Workflow-Ausführung zu verwenden, geben Sie den networking-mode Parameter und Folgendes an: configuration-name

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Parameter:

Netzwerkkonfiguration anzeigen und ausführen

GetRunDient zum Anzeigen der Netzwerkkonfiguration für einen Lauf:

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

Die Antwort umfasst den Netzwerkmodus, die Konfigurationsdetails und die VPC-Konfiguration. Das folgende Beispiel zeigt die VPC-bezogenen Felder aus der Antwort:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Unveränderlichkeit der Konfiguration

Workflows verwenden einen Snapshot der Konfiguration, so wie sie zu Beginn der Ausführung vorhanden war. Sie können Konfigurationen während der Ausführung des Laufs sicher ändern oder löschen, ohne dass sich dies auf aktive Läufe auswirkt.

Überlegungen zum Caching von Aufrufen

Wenn Sie VPC-Netzwerke mit Call Caching verwenden, stellen Sie sicher, dass Ihre Workflow-Engine entsprechend konfiguriert ist. Eine ausführliche Anleitung zum Caching von Anrufen pro Engine finden Sie unter. Engine-spezifische Caching-Funktionen

Best Practices

Sicherheit

Leistung

Kostenoptimierung

Betriebsbereit

VPC-Netzwerkkontingente

In der folgenden Tabelle sind die Kontingente für VPC-Netzwerkkonfigurationen aufgeführt:

Um eine Kontingenterhöhung zu beantragen, öffnen Sie die Konsole „Servicekontingente“, wählen Sie AWS Dienste aus, suchen Sie nach AWS HealthOmics, wählen Sie das Kontingent aus, das Sie erhöhen möchten, und wählen Sie „Kontingenterhöhung beantragen“. Anfragen zur Erhöhung des Kontingents werden in der Regel innerhalb von 1—2 Werktagen bearbeitet.