HealthOmics ejemplos que utilizan AWS CLI

Para detener la carga de un conjunto de lectura de varias partes

El siguiente abort-multipart-read-set-upload ejemplo detiene la carga de un conjunto de lectura de varias partes en el almacén de HealthOmics secuencias.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Este comando no genera ninguna salida.

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para aceptar una parte de los datos del almacén de análisis

El siguiente accept-share ejemplo acepta una parte de los datos del almacén de HealthOmics análisis.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Salida:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Para obtener más información, consulte Uso compartido entre cuentas en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para eliminar varios conjuntos de lecturas

En el siguiente batch-delete-read-set ejemplo, se eliminan dos conjuntos de lectura.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Si se produce un error al eliminar alguno de los conjuntos de lectura especificados, el servicio devuelve una lista de errores.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para cancelar un trabajo de importación de anotaciones

En el siguiente cancel-annotation-import-job ejemplo, se cancela un trabajo de importación de anotaciones con un ID. 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para cancelar una ejecución

En el siguiente cancel-run ejemplo, se cancela una ejecución con un ID. 1234567

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para cancelar un trabajo de importación de variantes

En el siguiente cancel-variant-import-job ejemplo, se cancela un trabajo de importación de variantes con un ID69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para finalizar una carga de varias partes, una vez que haya cargado todos los componentes.

En el siguiente complete-multipart-read-set-upload ejemplo, se concluye una carga multiparte en un almacén de secuencias una vez que se han cargado todos los componentes.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Salida:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para crear una nueva versión de un almacén de anotaciones

En el siguiente create-annotation-store-version ejemplo, se crea una nueva versión de un almacén de anotaciones.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Salida:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Para obtener más información, consulte Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Ejemplo 1: Para crear un almacén VCF de anotaciones

En el siguiente create-annotation-store ejemplo, se crea un almacén de anotaciones de VCF formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Ejemplo 2: Para crear un almacén de TSV anotaciones

En el siguiente create-annotation-store ejemplo, se crea un almacén de anotaciones de TSV formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.jsonconfigura las opciones de formato para las anotaciones.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para iniciar la carga de un conjunto de lectura de varias partes.

En el siguiente create-multipart-read-set-upload ejemplo, se inicia la carga de un conjunto de lectura de varias partes.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Salida:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para crear un almacén de referencias

En el siguiente create-reference-store ejemplo, se crea un almacén de referenciasmy-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para crear un grupo de carreras

En el siguiente create-run-group ejemplo, se crea un grupo de carreras denominadocram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para crear un almacén de secuencias

En el siguiente create-sequence-store ejemplo, se crea un almacén de secuencias.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para crear un recurso compartido de un almacén de HealthOmics análisis

En el siguiente create-share ejemplo, se muestra cómo crear una parte de un almacén de HealthOmics análisis que pueda ser aceptada por un suscriptor ajeno a la cuenta.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Salida:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Para obtener más información, consulte Uso compartido entre cuentas en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para crear una tienda de variantes

En el siguiente create-variant-store ejemplo, se crea un almacén de variantes denominadomy_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para crear un flujo de trabajo

En el siguiente create-workflow ejemplo, se crea un WDL flujo de trabajo.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zipes un ZIP archivo que contiene una definición de flujo de trabajo. workflow-params.jsondefine los parámetros de tiempo de ejecución del flujo de trabajo.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar una versión del almacén de anotaciones

En el siguiente delete-annotation-store-versions ejemplo, se elimina una versión del almacén de anotaciones.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Salida:

{
    "errors": []
}

Para obtener más información, consulte Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para eliminar un almacén de anotaciones

En el siguiente delete-annotation-store ejemplo, se elimina un almacén de anotaciones denominado. my_vcf_store

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Salida:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar un almacén de referencias

En el siguiente delete-reference-store ejemplo, se elimina un almacén de referencias con un ID. 1234567890

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar una referencia

En el siguiente delete-reference ejemplo, se elimina una referencia.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar un grupo de carreras

En el siguiente delete-run-group ejemplo, se elimina un grupo de carreras con un ID. 1234567

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar un flujo de trabajo, ejecute

En el siguiente delete-run ejemplo, se elimina una ejecución con un ID. 1234567

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar un almacén de secuencias

En el siguiente delete-sequence-store ejemplo, se elimina un almacén de secuencias con un ID. 1234567890

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar una parte de los datos de HealthOmics análisis

En el siguiente delete-share ejemplo, se elimina un intercambio de datos de análisis entre cuentas.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Salida:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obtener más información, consulte Uso compartido entre cuentas en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para eliminar un almacén de variantes

En el siguiente delete-variant-store ejemplo, se elimina un almacén de variantes denominadomy_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Salida:

{
    "status": "DELETING"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar un flujo de trabajo

En el siguiente delete-workflow ejemplo, se elimina un flujo de trabajo con un ID. 1234567

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un trabajo de importación de anotaciones

En el siguiente get-annotation-import-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de anotaciones.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para recuperar los metadatos de una versión del almacén de anotaciones

En el siguiente get-annotation-store-version ejemplo, se recuperan los metadatos de la versión del almacén de anotaciones solicitada.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Salida:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Para obtener más información, consulte Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para ver un almacén de anotaciones

En el get-annotation-store ejemplo siguiente se obtienen detalles sobre un almacén de anotaciones denominado. my_ann_store

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un trabajo de activación de un conjunto de lectura

En el siguiente get-read-set-activation-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de activación de conjuntos de lectura.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un trabajo de exportación de conjuntos de lectura

En el siguiente get-read-set-export-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de exportación de conjuntos de lecturas.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un trabajo de importación de conjuntos de lectura

En el siguiente get-read-set-import-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de conjuntos de lecturas.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un conjunto de lecturas

En el siguiente get-read-set-metadata ejemplo, se obtienen detalles sobre los archivos de un conjunto de lecturas.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para descargar un conjunto de lectura

En el siguiente get-read-set ejemplo, se descarga la parte 3 de un conjunto de lecturas como1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un trabajo de importación de referencia

En el siguiente get-reference-import-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de referencia.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver una referencia

En el siguiente get-reference-metadata ejemplo, se obtienen detalles sobre una referencia.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un almacén de referencia

En el siguiente get-reference-store ejemplo, se obtienen detalles sobre un almacén de referencia.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para descargar una referencia del genoma

El siguiente get-reference ejemplo descarga la parte 1 de un genoma comohg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un grupo de carreras

En el siguiente get-run-group ejemplo, se obtienen detalles sobre un grupo de carreras.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver una tarea

En el siguiente get-run-task ejemplo, se obtienen detalles sobre una tarea de flujo de trabajo.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Salida:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un flujo de trabajo, ejecute

En el siguiente get-run ejemplo, se obtienen detalles sobre la ejecución de un flujo de trabajo.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un almacén de secuencias

En el siguiente get-sequence-store ejemplo, se obtienen detalles sobre un almacén de secuencias con un ID1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para recuperar los metadatos sobre una parte de un dato de HealthOmics análisis

En el siguiente get-share ejemplo, se recuperan los metadatos de un intercambio de datos de análisis entre cuentas.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Salida:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Para obtener más información, consulte Uso compartido entre cuentas en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para ver un trabajo de importación de variantes

En el siguiente get-variant-import-job ejemplo, se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de variantes.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver una tienda de variantes

En el siguiente get-variant-store ejemplo, se obtienen detalles sobre una tienda de variantes.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ver un flujo de trabajo

En el siguiente get-workflow ejemplo, se obtienen detalles sobre un flujo de trabajo con un ID1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de los trabajos de importación de anotaciones

A continuación list-annotation-import-jobs se obtiene una lista de los trabajos de importación de anotaciones.

aws omics list-annotation-import-jobs

Salida:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para enumerar todas las versiones de un almacén de anotaciones.

En el siguiente list-annotation-store-versions ejemplo, se enumeran todas las versiones que existen de un almacén de anotaciones.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Salida:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Para obtener más información, consulte Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para obtener una lista de almacenes de anotaciones

En el siguiente list-annotation-stores ejemplo, se obtiene una lista de almacenes de anotaciones.

aws omics list-annotation-stores

Salida:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para enumerar todas las cargas de conjuntos de lectura multiparte y sus estados.

En el siguiente list-multipart-read-set-uploads ejemplo, se enumeran todas las cargas de conjuntos de lectura multiparte y sus estados.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Salida:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para obtener una lista de los trabajos de activación del conjunto de lectura

En el siguiente list-read-set-activation-jobs ejemplo, se obtiene una lista de los trabajos de activación de un almacén de secuencias con un identificador1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Salida:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de los trabajos de exportación de conjuntos de lectura

En el siguiente list-read-set-export-jobs ejemplo, se obtiene una lista de trabajos de exportación para un almacén de secuencias con un identificador1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Salida:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de los trabajos de importación de conjuntos de lectura

En el siguiente list-read-set-import-jobs ejemplo, se obtiene una lista de trabajos de importación para un almacén de secuencias con un identificador1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Salida:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para enumerar todas las partes de una carga multiparte solicitada para un almacén de secuencias.

En el siguiente list-read-set-upload-parts ejemplo, se enumeran todas las partes de una carga multiparte solicitada para un almacén de secuencias.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Salida:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para obtener una lista de conjuntos de lectura

En el siguiente list-read-sets ejemplo, se obtiene una lista de conjuntos de lectura para un almacén de secuencias con un identificador1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Salida:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de trabajos de importación de referencia

En el siguiente list-reference-import-jobs ejemplo, se obtiene una lista de trabajos de importación de referencia para un almacén de referencias con un identificador1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Salida:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de tiendas de referencia

En el siguiente list-reference-stores ejemplo, se obtiene una lista de tiendas de referencia.

aws omics list-reference-stores

Salida:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de referencias

En el siguiente list-references ejemplo, se obtiene una lista de referencias genómicas para un almacén de referencias con un identificador1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Salida:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de grupos de carreras

En el siguiente list-run-groups ejemplo, se obtiene una lista de grupos de carreras.

aws omics list-run-groups

Salida:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de tareas

En el siguiente list-run-tasks ejemplo, se obtiene una lista de tareas para la ejecución de un flujo de trabajo.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Salida:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de las ejecuciones del flujo de trabajo

En el siguiente list-runs ejemplo, se obtiene una lista de las ejecuciones del flujo de trabajo.

aws omics list-runs

Salida:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de almacenes de secuencias

En el siguiente list-sequence-stores ejemplo se obtiene una lista de almacenes de secuencias.

aws omics list-sequence-stores

Salida:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para enumerar las participaciones disponibles de un dato de HealthOmics análisis

En el siguiente list-shares ejemplo, se enumeran todos los recursos compartidos que se han creado para el propietario de un recurso.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Salida:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Uso compartido entre cuentas en la Guía del AWS HealthOmics usuario.

Para obtener una lista de etiquetas

En el siguiente list-tags-for-resource ejemplo, se obtiene una lista de etiquetas para un flujo de trabajo con un identificador1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Salida:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Para obtener más información, consulte los recursos de etiquetado en Amazon Omics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de trabajos de importación de variantes

En el siguiente list-variant-import-jobs ejemplo, se obtiene una lista de trabajos de importación de variantes.

aws omics list-variant-import-jobs

Salida:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de tiendas de variantes

En el siguiente list-variant-stores ejemplo, se obtiene una lista de tiendas de variantes.

aws omics list-variant-stores

Salida:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para obtener una lista de flujos de trabajo

En el siguiente list-workflows ejemplo se obtiene una lista de flujos de trabajo.

aws omics list-workflows

Salida:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para importar anotaciones

El siguiente start-annotation-import-job ejemplo importa anotaciones de Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Salida:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para activar un conjunto de lectura archivado

En el siguiente start-read-set-activation-job ejemplo, se activan dos conjuntos de lectura.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Salida:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para exportar un conjunto de lecturas

El siguiente start-read-set-export-job ejemplo exporta dos conjuntos de lectura a Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Salida:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para importar un conjunto de lectura

En el siguiente start-read-set-import-job ejemplo, se importa un conjunto de lecturas.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json es un JSON documento con el siguiente contenido.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para importar un genoma de referencia

El siguiente start-reference-import-job ejemplo importa un genoma de referencia de Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para ejecutar un flujo de trabajo

En el siguiente start-run ejemplo, se ejecuta un flujo de trabajo con un ID1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json es un documento con el siguiente contenido. JSON

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para cargar archivos fuente de Amazon Omics

También puede cargar archivos fuente desde el almacenamiento de Amazon Omics mediante un servicio específicoURIs. En el siguiente ejemplo, el archivo workflow-inputs.json utiliza Amazon URIs Omics para leer fuentes genómicas de conjuntos y de referencia.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para importar un archivo de variantes

En el siguiente start-variant-import-job ejemplo, se importa un archivo de variantes de VCF formato.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Salida:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para etiquetar un recurso

En el siguiente tag-resource ejemplo, se agrega una department etiqueta a un flujo de trabajo con un identificador1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Para obtener más información, consulte los recursos de etiquetado en Amazon Omics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para eliminar una etiqueta de un recurso

En el siguiente untag-resource ejemplo, se elimina la department etiqueta de un flujo de trabajo.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para actualizar un almacén de anotaciones

En el siguiente update-annotation-store ejemplo se actualiza la descripción de un almacén de anotaciones denominado. my_vcf_store

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Salida:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para actualizar un grupo de carreras

En el siguiente update-run-group ejemplo, se actualiza la configuración de un grupo de carreras con un identificador1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Salida:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Para obtener más información, consulte Omics Workflows en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para actualizar una tienda de variantes

En el siguiente update-variant-store ejemplo, se actualiza la descripción de un almacén de variantes denominadomy_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Salida:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Para obtener más información, consulte Omics Analytics en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para actualizar un flujo de trabajo

En el siguiente update-workflow ejemplo, se actualiza la descripción de un flujo de trabajo con un ID1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Para obtener más información, consulte Omics Storage en la guía para desarrolladores de Amazon Omics.

Para cargar una parte del conjunto de lectura.

En el siguiente upload-read-set-part ejemplo, se carga una parte específica de un conjunto de lecturas.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Salida:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Para obtener más información, consulte Carga directa a un almacén de secuencias en la Guía del AWS HealthOmics usuario.