Hay más ejemplos de AWS SDK disponibles en el GitHub repositorio de [ejemplos de AWS Doc SDK](https://github.com/awsdocs/aws-doc-sdk-examples).
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# HealthOmics ejemplos que utilizan AWS CLI
Los siguientes ejemplos de código muestran cómo realizar acciones e implementar escenarios comunes mediante el uso del AWS Command Line Interface with HealthOmics.
Las *acciones* son extractos de código de programas más grandes y deben ejecutarse en contexto. Mientras las acciones muestran cómo llamar a las distintas funciones de servicio, es posible ver las acciones en contexto en los escenarios relacionados.
En cada ejemplo se incluye un enlace al código de origen completo, con instrucciones de configuración y ejecución del código en el contexto.
**Topics**
+ [Acciones](#actions)
## Acciones
### `abort-multipart-read-set-upload`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `abort-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Para detener la carga de conjunto de lectura de varias partes**
El siguiente `abort-multipart-read-set-upload` ejemplo detiene la carga de un conjunto de lectura de varias partes en el almacén de HealthOmics secuencias.
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
Este comando no genera ninguna salida.
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `accept-share`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `accept-share`.
**AWS CLI**
**Para aceptar un recurso compartido de los datos del almacén de análisis**
En el siguiente `accept-share` ejemplo, se acepta una parte de los datos del almacén de HealthOmics análisis.
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Salida:
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Uso compartido entre cuentas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `batch-delete-read-set`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `batch-delete-read-set`.
**AWS CLI**
**Para eliminar varios conjuntos de lectura**
En el siguiente ejemplo de `batch-delete-read-set` se eliminan dos conjuntos de lectura.
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
Si se produce un error al eliminar alguno de los conjuntos de lectura especificados, el servicio devuelve una lista de errores.
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `cancel-annotation-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `cancel-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Para cancelar un trabajo de importación de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `cancel-annotation-import-job` se cancela un trabajo de importación de anotaciones con un ID `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997`.
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `cancel-run`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `cancel-run`.
**AWS CLI**
**Para cancelar una ejecución**
En el siguiente ejemplo de `cancel-run` se cancela una ejecución con el ID `1234567`.
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
Para obtener más información, consulte [Ejecutar el ciclo de vida en un flujo de trabajo](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `cancel-variant-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `cancel-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Para cancelar un trabajo de importación de variantes**
En el siguiente ejemplo de `cancel-variant-import-job` se cancela un trabajo de importación de variantes con el ID `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e`.
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `complete-multipart-read-set-upload`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `complete-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Para concluir una carga de varias partes una vez que ha cargado todos los componentes.**
En el siguiente ejemplo de `complete-multipart-read-set-upload` se concluye una carga de varias partes en un almacén de secuencias una vez que se han cargado todos los componentes.
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
Salida:
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-annotation-store-version`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Para crear una nueva versión de un almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `create-annotation-store-version` se crea una nueva versión de un almacén de anotaciones.
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-annotation-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Ejemplo 1: crear un almacén de anotaciones VCF**
En el siguiente ejemplo de `create-annotation-store` se crea un almacén de anotaciones en formato VCF.
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**Ejemplo 2: crear un almacén de anotaciones TSV**
En el siguiente ejemplo de `create-annotation-store` se crea un almacén de anotaciones en formato TSV.
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` configura las opciones de formato para anotaciones.
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la Guía para desarrolladores de Amazon Omics.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-multipart-read-set-upload`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Para comenzar una carga de conjunto de lectura de varias partes.**
En el siguiente ejemplo de `create-multipart-read-set-upload` se inicia una carga de conjunto de lectura de varias partes.
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-reference-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-reference-store`.
**AWS CLI**
**Para crear un almacén de referencia**
En el siguiente ejemplo de `create-reference-store` se crea un almacén de referencias `my-ref-store`.
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-run-group`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-run-group`.
**AWS CLI**
**Para crear un grupo de ejecución**
En el siguiente ejemplo de `create-run-group` se crea un grupo de ejecución llamado `cram-converter`.
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de grupos de ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-sequence-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Para crear un almacén de secuencias**
En el siguiente ejemplo de `create-sequence-store` se crea un almacén de secuencias.
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-share`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-share`.
**AWS CLI**
**Para crear un recurso compartido de un almacén de HealthOmics análisis**
El siguiente `create-share` ejemplo muestra cómo crear una parte de un almacén de HealthOmics análisis que pueda ser aceptada por un suscriptor ajeno a la cuenta.
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
Salida:
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Uso compartido entre cuentas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) en la Guía del *AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte la Referencia [CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)de *AWS CLI comandos*.
### `create-variant-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para crear un almacén de variantes**
En el siguiente ejemplo de `create-variant-store` se crea un almacén de variantes llamado `my_var_store`.
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `create-workflow`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `create-workflow`.
**AWS CLI**
**Para crear un flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `create-workflow` se crea un flujo de trabajo WDL.
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` es un archivo ZIP que contiene una definición de flujo de trabajo. `workflow-params.json` define los parámetros de tiempo de ejecución del flujo de trabajo.
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de flujos de trabajo privados](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-annotation-store-versions`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Para eliminar una versión del almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `delete-annotation-store-versions` se elimina una versión del almacén de anotaciones.
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
Salida:
```
{
"errors": []
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-annotation-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `delete-annotation-store` se elimina un almacén de anotaciones llamado `my_vcf_store`.
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
Salida:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-reference-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-reference-store`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un almacén de referencias**
En el siguiente ejemplo de `delete-reference-store` se elimina un almacén de referencia con el ID `1234567890`.
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-reference`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-reference`.
**AWS CLI**
**Para eliminar una referencia**
En el siguiente ejemplo de `delete-reference` se elimina una referencia.
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-run-group`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-run-group`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un grupo de ejecución**
En el siguiente ejemplo de `delete-run-group` se elimina un grupo de ejecución con el ID `1234567`.
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
Para obtener más información, consulte [Eliminar ejecuciones y grupos de](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) ejecuciones en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-run`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-run`.
**AWS CLI**
**Para eliminar una ejecución de flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `delete-run` se elimina una ejecución con el ID `1234567`.
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
Para obtener más información, consulte [Eliminar ejecuciones y grupos de](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) ejecuciones en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-sequence-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un almacén de secuencias**
En el siguiente ejemplo de `delete-sequence-store` se elimina un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-share`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-share`.
**AWS CLI**
**Para eliminar una parte de los datos de HealthOmics análisis**
En el siguiente ejemplo de `delete-share` se elimina un recurso compartido entre cuentas de datos de análisis.
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Salida:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Uso compartido entre cuentas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-variant-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un almacén de variantes**
En el siguiente ejemplo de `delete-variant-store` se elimina un almacén de variantes llamado `my_var_store`.
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
Salida:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `delete-workflow`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `delete-workflow`.
**AWS CLI**
**Para eliminar un flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `delete-workflow` se elimina un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
Para obtener más información, consulte [Eliminar un flujo de trabajo privado](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-annotation-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de importación de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `get-annotation-import-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de anotaciones.
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-annotation-store-version`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Para recuperar los metadatos de una versión del almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `get-annotation-store-version` se recuperan los metadatos de la versión del almacén de anotaciones solicitada.
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Salida:
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-annotation-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Para ver un almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `get-annotation-store` se obtienen detalles sobre un almacén de anotaciones llamado `my_ann_store`.
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-read-set-activation-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de activación de conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `get-read-set-activation-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de activación de conjunto de lectura.
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-read-set-export-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de exportación de conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `get-read-set-export-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de exportación de conjunto de lectura.
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-read-set-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de importación de conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `get-read-set-import-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de conjunto de lectura.
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-read-set-metadata`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-read-set-metadata`.
**AWS CLI**
**Para ver un conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `get-read-set-metadata` se obtienen detalles sobre archivos de un conjunto de lectura.
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-read-set`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-read-set`.
**AWS CLI**
**Para descargar un conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `get-read-set` se descarga la parte 3 de un conjunto de lectura como `1234567890.3.bam`.
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-reference-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de importación de referencia**
En el siguiente ejemplo de `get-reference-import-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de referencia.
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-reference-metadata`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-reference-metadata`.
**AWS CLI**
**Para ver una referencia**
En el siguiente ejemplo de `get-reference-metadata` se obtienen detalles sobre una referencia.
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-reference-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-reference-store`.
**AWS CLI**
**Para ver un almacén de referencias**
En el siguiente ejemplo de `get-reference-store` se obtienen detalles sobre un almacén de referencias.
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-reference`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-reference`.
**AWS CLI**
**Para descargar una referencia genómica**
En el siguiente ejemplo de `get-reference` se descarga la parte 1 de un genoma como `hg38.1.fa`.
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-run-group`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-run-group`.
**AWS CLI**
**Para ver un grupo de ejecución**
En el siguiente ejemplo de `get-run-group` se obtienen detalles sobre un grupo de ejecución.
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de grupos de ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-run-task`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-run-task`.
**AWS CLI**
**Para ver una tarea**
En el siguiente ejemplo de `get-run-task` se obtienen detalles sobre una tarea de flujo de trabajo.
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
Salida:
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
Para obtener más información, consulta el artículo [Ciclo de vida de una tarea en HealthOmics ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-run`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-run`.
**AWS CLI**
**Para ver una ejecución de flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `get-run` se obtienen detalles sobre una ejecución de flujo de trabajo.
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
Para obtener más información, consulte [Ejecutar el ciclo de vida en un flujo de trabajo](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-sequence-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Para ver un almacén de secuencias**
En el siguiente ejemplo de `get-sequence-store` se obtienen detalles sobre un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-share`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-share`.
**AWS CLI**
**Para recuperar los metadatos sobre una parte de un dato HealthOmics analítico**
En el siguiente ejemplo de `get-share` se recuperan los metadatos de un recurso compartido entre cuentas de datos de análisis.
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Salida:
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
Para obtener más información, consulte [Uso compartido entre cuentas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) en la Guía del *AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-variant-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Para ver un trabajo de importación de variantes**
En el siguiente ejemplo de `get-variant-import-job` se obtienen detalles sobre un trabajo de importación de variantes.
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-variant-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para ver un almacén de variantes**
En el siguiente ejemplo de `get-variant-store` se obtienen detalles sobre un almacén de variantes.
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `get-workflow`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `get-workflow`.
**AWS CLI**
**Para ver un flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `get-workflow` se obtienen detalles sobre un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de flujos de trabajo privados](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-annotation-import-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-annotation-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de importación de anotaciones**
El siguiente `list-annotation-import-jobs` obtiene una lista de los trabajos de importación de anotaciones.
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
Salida:
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-annotation-store-versions`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Para enumerar todas las versiones de un almacén de anotaciones.**
En el siguiente ejemplo de `list-annotation-store-versions` se enumeran todas las versiones que existen de un almacén de anotaciones.
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
Salida:
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de nuevas versiones de almacenes de anotaciones](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-annotation-stores`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-annotation-stores`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de almacenes de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `list-annotation-stores` se obtiene una lista de almacenes de anotaciones.
```
aws omics list-annotation-stores
```
Salida:
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-multipart-read-set-uploads`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-multipart-read-set-uploads`.
**AWS CLI**
**Para enumerar todas las cargas de conjuntos de lectura de varias partes y sus estados.**
En el siguiente ejemplo de `list-multipart-read-set-uploads` se enumeran todas las cargas de conjuntos de lectura de varias partes y sus estados.
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
Salida:
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-read-set-activation-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-read-set-activation-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de activación de conjuntos de lectura**
En el siguiente ejemplo de `list-read-set-activation-jobs` se obtiene una lista de trabajos de activación de un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-read-set-export-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-read-set-export-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de exportación de conjuntos de lectura**
En el siguiente ejemplo de `list-read-set-export-jobs` se obtiene una lista de trabajos de exportación de un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-read-set-import-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-read-set-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de importación de conjuntos de lectura**
En el siguiente ejemplo de `list-read-set-import-jobs` se obtiene una lista de trabajos de importación de un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-read-set-upload-parts`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-read-set-upload-parts`.
**AWS CLI**
**Para enumerar todas las partes de una carga de varias partes solicitada para un almacén de secuencias.**
El siguiente ejemplo de `list-read-set-upload-parts` enumera todas las partes de una carga de varias partes solicitada para un almacén de secuencias.
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
Salida:
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-read-sets`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-read-sets`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de conjuntos de lectura**
En el siguiente ejemplo de `list-read-sets` se obtiene una lista de conjuntos de lectura de un almacén de secuencias con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-reference-import-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-reference-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de importación de referencia**
En el siguiente ejemplo de `list-reference-import-jobs` se obtiene una lista de trabajos de importación de referencia de un almacén de referencia con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-reference-stores`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-reference-stores`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de almacenes de referencias**
En el siguiente ejemplo de `list-reference-stores` se obtiene una lista de almacenes de referencias.
```
aws omics list-reference-stores
```
Salida:
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-references`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-references`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de referencias**
En el siguiente ejemplo de `list-references` se obtiene una lista de referencias de genoma de un almacén de referencia con el ID `1234567890`.
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
Salida:
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-run-groups`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-run-groups`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de grupos de ejecución**
En el ejemplo siguiente de `list-run-groups` se obtiene una lista de grupos de ejecución.
```
aws omics list-run-groups
```
Salida:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de grupos de ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-run-tasks`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-run-tasks`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de tareas**
En el siguiente ejemplo de `list-run-tasks` se obtiene una lista de tareas para una ejecución de flujo de trabajo.
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
Salida:
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulta el artículo [Ciclo de vida de una tarea en HealthOmics ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-runs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-runs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de ejecuciones de flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `list-runs` se obtiene una lista de ejecuciones de flujo de trabajo.
```
aws omics list-runs
```
Salida:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Ejecutar el ciclo de vida en un flujo de trabajo](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-sequence-stores`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-sequence-stores`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de almacenes de secuencias**
En el siguiente ejemplo de `list-sequence-stores` se obtiene una lista de almacenes de secuencias.
```
aws omics list-sequence-stores
```
Salida:
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-shares`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-shares`.
**AWS CLI**
**Para enumerar las participaciones disponibles de un dato HealthOmics analítico**
En el siguiente ejemplo de `list-shares` se enumeran todos los recursos compartidos que se han creado para un propietario de recursos.
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
Salida:
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Uso compartido entre cuentas](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-tags-for-resource`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-tags-for-resource`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de etiquetas**
En el siguiente ejemplo de `list-tags-for-resource` se obtiene una lista de etiquetas para un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
Salida:
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
Para obtener más información, consulte [Tagging resources in Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-variant-import-jobs`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-variant-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de trabajos de importación de variantes**
En el siguiente ejemplo de `list-variant-import-jobs` se obtiene una lista de trabajos de importación de variantes.
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
Salida:
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-variant-stores`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-variant-stores`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de almacenes de variantes**
En el siguiente ejemplo de `list-variant-stores` se obtiene una lista de almacenes de variantes.
```
aws omics list-variant-stores
```
Salida:
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `list-workflows`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `list-workflows`.
**AWS CLI**
**Para obtener una lista de flujos de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `list-workflows` se obtiene una lista de flujos de trabajo.
```
aws omics list-workflows
```
Salida:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
Para obtener más información, consulte [Creación de flujos de trabajo privados](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-annotation-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar anotaciones**
El siguiente ejemplo de `start-annotation-import-job` se importan anotaciones de Amazon S3.
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
Salida:
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-read-set-activation-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Para activar un conjunto de lectura archivado**
En el siguiente ejemplo de `start-read-set-activation-job` se eliminan dos conjuntos de lectura.
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-read-set-export-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Para exportar un conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `start-read-set-export-job` se exportan dos conjuntos de lectura a Amazon S3.
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-read-set-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar un conjunto de lectura**
En el siguiente ejemplo de `start-read-set-import-job` se importa un conjunto de lectura.
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json es un documento de JSON con el siguiente contenido.
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-reference-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar un genoma de referencia**
El siguiente ejemplo de `start-reference-import-job` importa un genoma de referencia de Amazon S3.
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `start-run`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-run`.
**AWS CLI**
**Para ejecutar un flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `start-run` se ejecuta un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json es un documento de JSON con el siguiente contenido.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulta [Cómo iniciar una ejecución](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
**Para cargar archivos de origen de Amazon Omics**
También puede cargar archivos fuente desde el almacenamiento de Amazon Omics mediante un servicio específico URIs. En el siguiente ejemplo, el archivo workflow-inputs.json utiliza Amazon URIs Omics para leer fuentes genómicas de conjuntos y de referencia.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ *Para obtener más información sobre la API, consulte la Referencia de comandos. [StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)AWS CLI *
### `start-variant-import-job`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `start-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Para importar un archivo de variantes**
En el siguiente ejemplo de `start-variant-import-job` se importa un archivo de variantes en formato VCF.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
Salida:
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `tag-resource`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `tag-resource`.
**AWS CLI**
**Para etiquetar un recurso**
En el siguiente ejemplo de `tag-resource` se añade una etiqueta `department` a un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
Para obtener más información, consulte [Tagging resources in Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `untag-resource`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `untag-resource`.
**AWS CLI**
**Para eliminar una etiqueta de un recurso**
En el ejemplo siguiente de `untag-resource` se elimina la etiqueta `department` de un flujo de trabajo.
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
Para obtener más información, consulte [Almacenamiento de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `update-annotation-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `update-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Para actualizar un almacén de anotaciones**
En el siguiente ejemplo de `update-annotation-store` se actualiza la descripción de un almacén de anotaciones llamado `my_vcf_store`.
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `update-run-group`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `update-run-group`.
**AWS CLI**
**Para actualizar un grupo de ejecución**
En el siguiente ejemplo de `update-run-group` se actualiza la configuración de un grupo de ejecución con el ID `1234567`.
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
Salida:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Para obtener más información, consulte [Flujos de trabajo de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `update-variant-store`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `update-variant-store`.
**AWS CLI**
**Para actualizar un almacén de variantes**
En el siguiente ejemplo de `update-variant-store` se actualiza la descripción de un almacén de variantes llamado `my_var_store`.
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
Salida:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
Para obtener más información, consulte [Análisis de Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) en la *Guía para desarrolladores de Amazon Omics*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `update-workflow`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `update-workflow`.
**AWS CLI**
**Para actualizar un flujo de trabajo**
En el siguiente ejemplo de `update-workflow` se actualiza la descripción de un flujo de trabajo con el ID `1234567`.
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
Para obtener más información, consulte [Creación o actualización de un flujo de trabajo](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.
### `upload-read-set-part`
En el siguiente ejemplo de código, se muestra cómo utilizar `upload-read-set-part`.
**AWS CLI**
**Para cargar una parte de conjunto de lectura.**
En el siguiente ejemplo de `upload-read-set-part` se carga una parte específica de un conjunto de lectura.
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
Salida:
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
Para obtener más información, consulte [Carga directa a un almacén de secuencias](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) en la *Guía del AWS HealthOmics usuario*.
+ Para obtener más información sobre la API, consulte [UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)la *Referencia de AWS CLI comandos*.