Ejecute simulaciones de dinámica molecular de GROMACS en Deadline Cloud

El paquete de trabajo gromacs_md del GitHub sitio web incluye un proceso de simulación de dinámica molecular desde la estructura de la proteína cruda hasta la trayectoria analizada con GROMACS en el sitio web de GROMACS. La tubería lleva a cabo la preparación del sistema, la minimización de la energía, el NVT/NPT equilibrio, la producción MD y el análisis (RMSD, RMSF, radio de giro, enlaces de hidrógeno). Varias réplicas independientes se despliegan en paralelo a través del parámetro. MaxReplicaIndex

El paquete requiere una granja de Deadline Cloud con una flota Linux x86_64 gestionada por servicios (mínimo 4 vCPU) y un entorno de cola conda con from. gromacs conda-forge No se necesita ningún script de configuración del host ni una receta de conda personalizada.

El paquete incluye datos de muestra sobre la lisozima de clara de huevo de gallina (PDB: 1AKI) y los archivos de parámetros MDP que se encuentran debajo. sample_inputs/mdp/

Desde el directorio, envíe el trabajo: job_bundles

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Para ejecutar 10 réplicas independientes en paralelo:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"