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Un clúster de base de datos de Amazon Neptune solo se puede crear en una Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC) y solo se puede acceder a sus puntos de enlace dentro de esa VPC, normalmente desde una instancia de Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) que se ejecute en esa VPC.
Puede proteger sus datos de Neptune limitando el acceso a la VPC en la que se encuentra el clúster de base de datos de Neptune, tal y como se describe en Conexión a un clúster de Amazon Neptune.