Hacer referencia a los archivos del genoma desde una definición de flujo de trabajo

Se puede hacer HealthOmics referencia a un objeto de almacén de referencias con un URI como el siguiente. Usa el tuyo propio account ID reference store ID y reference ID donde se indica.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

Algunos flujos de trabajo requerirán tanto SOURCE los INDEX archivos como para el genoma de referencia. El URI anterior es el formato abreviado predeterminado y será el archivo SOURCE de forma predeterminada. Para especificar cualquiera de los archivos, puede usar el formato URI largo, de la siguiente manera.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

El uso de un conjunto de lectura secuencial tendría un patrón similar, como se muestra.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

Algunos conjuntos de lectura, como los basados en FASTQ, pueden contener lecturas pareadas. En los siguientes ejemplos, se denominan SOURCE1 y SOURCE2. Los formatos como BAM y CRAM solo tendrán un archivo SOURCE1. Algunos conjuntos de lectura contendrán archivos INDEX, como bai archivos o. crai El URI anterior es el formato abreviado predeterminado y será el archivo SOURCE1 de forma predeterminada. Para especificar el índice o archivo exacto, puede usar el formato URI largo de la siguiente manera.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

El siguiente es un ejemplo de un archivo JSON de entrada que usa dos URI de Omics Storage.

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

Haga referencia al archivo JSON de entrada en AWS CLI agregándolo --inputs file://<input_file.json> a su solicitud de inicio y ejecución.