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Iniciar una carrera en HealthOmics

Al iniciar una ejecución, se especifican los recursos que se HealthOmics asignan a la ejecución. Está disponible la siguiente configuración:

Iniciar una ejecución mediante la consola

El asistente para iniciar la ejecución consta de cuatro pasos:

Para iniciar una carrera

Paso 1: especifique los detalles de la ejecución

Proporcione la siguiente configuración:

Seleccione Siguiente para continuar con el paso 2.

Paso 2: Añadir valores de parámetros

En esta página, introduzca los valores de los parámetros de la ejecución o seleccione los valores predefinidos proporcionados por el autor del flujo de trabajo.

Al seleccionar un flujo de trabajo de Nextflow para iniciar la ejecución, en la parte superior de este paso aparecen secciones adicionales para la configuración del motor de Nextflow y los perfiles de Nextflow. Para obtener información completa sobre estos ajustes (valores admitidos, comportamiento y prioridad del perfil), consulte. Especifique la configuración del motor Nextflow

Ejecute los valores de los parámetros

Proporcione los parámetros de ejecución. Puede cargar un archivo JSON o introducir los valores manualmente. El archivo JSON contiene el nombre exacto de cada parámetro de entrada y un valor para el parámetro.

HealthOmics admite los siguientes tipos de JSON para los valores de los parámetros.

Para obtener más información, consulte HealthOmics ejecutar entradas y Administrar el tamaño de los parámetros de ejecución.

Seleccione Siguiente para continuar con el paso 3.

Paso 3: Añadir el grupo de ejecución, la caché de ejecución y las etiquetas

Todos los ajustes de esta página son opcionales.

Seleccione Siguiente para continuar con el paso 4.

Paso 4: Revise e inicie la ejecución

Revise la configuración de ejecución de todos los pasos anteriores. Para modificar un ajuste, selecciona Editar junto al paso correspondiente. Cuando estés listo, selecciona Comenzar a ejecutar.

Iniciar una ejecución con la API

Usa la operación de la StartRun API para crear e iniciar una ejecución.

Inicie una ejecución básica

El siguiente ejemplo especifica el ID del flujo de trabajo, la función de servicio y el URI de salida. En este ejemplo, se establece el modo de retención enREMOVE. Para obtener más información sobre el modo de retención, consulteModo de retención de ejecución para HealthOmics carreras.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

Como respuesta, obtendrá el siguiente resultado. uuidEs exclusivo de la ejecución y, además, se outputUri puede usar para rastrear dónde se escriben los datos de salida.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Opciones comunes de API

Incluya un archivo de parámetros

Si la plantilla de parámetros de un flujo de trabajo declara algún parámetro obligatorio, puede proporcionar un archivo JSON local con las entradas al iniciar la ejecución de un flujo de trabajo. El archivo JSON contiene el nombre exacto de cada parámetro de entrada y un valor para el parámetro.

Haz referencia al archivo JSON de entrada que aparece en el AWS CLI agregándolo --parameters file://<input_file.json> a tu start-run solicitud. Para obtener más información, consulta los tipos JSON compatibles para ver los valores de los parámetros en Paso 2: Añadir valores de parámetros yHealthOmics ejecutar entradas.

Proporcione un identificador de solicitud

Puedes proporcionar una única requestId para cada ejecución. El ID de solicitud es un token de idempotencia que se HealthOmics utiliza para atrapar solicitudes duplicadas. No iniciará una ejecución si el ID de solicitud es un duplicado de una ejecución anterior.

Si utiliza infraestructura (como funciones Lambda o funciones escalonadas) para organizar los inicios de las ejecuciones, lo mejor es proporcionar un identificador de solicitud único para cada solicitud. StartRun Esto garantiza que si su infraestructura inicia de forma inadvertida una ejecución que ya ha iniciado, HealthOmics no iniciará la ejecución duplicada.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Elija una versión de flujo de trabajo

Puede especificar una versión del flujo de trabajo para la ejecución. Si no especifica una versión, HealthOmics inicia la ejecución con la versión de flujo de trabajo predeterminada.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Anule el tipo de almacenamiento de ejecución

Puede anular el tipo de almacenamiento de ejecución predeterminado que se estableció en el flujo de trabajo.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Habilitar el almacenamiento efímero

Para habilitar el almacenamiento efímero para una ejecución, configúrelo en LOCAL Cuando --scratch-storage-mode comience la ejecución. HealthOmics monta un volumen de almacenamiento local dedicado /tmp para cada instancia de tarea de flujo de trabajo.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Para deshabilitar el almacenamiento efímero para una ejecución específica (por ejemplo, para aislar un error), establézcalo en. --scratch-storage-mode SHARED

Para obtener más información, consulte Almacenamiento efímero para HealthOmics tareas de flujo de trabajo.

Para ver la configuración del motor Nextflow (versión del motor, perfiles, analizador sintáctico), consulte. Especifique la configuración del motor Nextflow

Especifique la configuración del motor Nextflow

En el caso de los flujos de trabajo de Nextflow, puede incluir un engineSettings mapa en la solicitud de StartRun API para controlar el comportamiento del motor sin modificar el código fuente del flujo de trabajo. En la consola, estos ajustes están disponibles en el paso 2: Añadir valores de parámetros como una sección independiente que aparece para los flujos de trabajo de Nextflow.

Claves compatibles

Fijación de la versión del motor Nextflow

Puede seleccionar una versión específica del motor Nextflow para ejecutar su flujo de trabajo, lo que permite una migración controlada entre las versiones del motor. La anulación de la versión en tiempo de ejecución garantiza que, incluso cuando una definición de flujo de trabajo especifique una versión a través de su configuración o perfil, prevalezca la versión del motor que especifique en tiempo de ejecución. Esto le permite probar el mismo flujo de trabajo en varias versiones del motor sin modificar el código fuente del flujo de trabajo.

Versiones compatibles: 22.04.0 (o 22.04), 23.10.0 (o 23.10), 24.10.8 (o 24.10), 25.10.0 (o 25.10) y 26.04.0 (o 26.04). Se aceptan los formatos de versión completa y corta.

API y CLI

Usa la engineVersion clave en--engine-settings:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Consola

EnPaso 2: Añadir valores de parámetros, selecciona la versión en el menú desplegable Versión del motor en la sección de configuración del motor Nextflow.

Perfiles de Nextflow

Los perfiles de Nextflow se denominan conjuntos de ajustes de ejecución definidos en el flujo de trabajo. nextflow.config Puede activar uno o más perfiles en tiempo de ejecución para aplicar la configuración específica del entorno (por ejemplo, desarrollo, prueba o producción) sin modificar el código fuente del flujo de trabajo.

API y CLI

Usa la profile clave para ingresar--engine-settings. Especifique varios perfiles como una lista separada por comas:

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Consola

EnPaso 2: Añadir valores de parámetros, la sección de perfiles de Nextflow aparece debajo de la configuración del motor. Seleccione uno o más perfiles en el menú desplegable Seleccionar perfiles. La consola muestra el orden de las solicitudes de perfiles. Para eliminar un perfil, seleccione la × situada junto a su nombre.

Orden de solicitud del perfil

Al especificar varios perfiles, el orden de las aplicaciones depende de la versión del motor Nextflow y del analizador sintáctico:

Prioridad de configuración

Nextflow resuelve los parámetros en el siguiente orden, y las capas posteriores anulan las anteriores:

redes de VPC

Puede ejecutar flujos de trabajo en su Virtual Private Cloud (VPC), que permite el acceso a la Internet pública, el tráfico entre regiones y la comunicación con los recursos de su VPC.

Para habilitar las redes de VPC:

Para obtener más información, consulte Conexión de HealthOmics flujos de trabajo a una VPC.