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Recursos de tareas en una definición de flujo de trabajo HealthOmics - AWS HealthOmics

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Recursos de tareas en una definición de flujo de trabajo HealthOmics

En la definición del flujo de trabajo, defina lo siguiente para cada tarea:

HealthOmics ignora las especificaciones de almacenamiento por tarea. HealthOmics proporciona un almacenamiento de ejecución al que pueden acceder todas las tareas de la ejecución. Para obtener más información, consulte Ejecute tipos de almacenamiento en HealthOmics flujos de trabajo.

WDL
task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}

En un flujo de trabajo de WDL, HealthOmics intenta realizar hasta dos reintentos para una tarea que falla debido a errores de servicio (la solicitud de la API devuelve un código de estado HTTP de 5XX). Para obtener más información sobre los reintentos de tareas, consulte. La tarea se reintenta

Puede inhabilitar el comportamiento de reintento especificando la siguiente configuración para la tarea en el archivo de definición de WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}
NextFlow
process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}
CWL
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes