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El flujo de trabajo apunta a HealthOmics
HealthOmics filtra automáticamente los flujos de trabajo de WDL y Nextflow DSL2 durante la creación. Los linteros integrados detectan errores en los archivos de definición de los flujos de trabajo que pueden provocar errores en las ejecuciones. Los hallazgos de Lint aparecen en el statusMessage campo de la GetWorkflow respuesta.
En el caso de los flujos de trabajo de WDL, los resultados de lint son bloqueantes: el flujo de trabajo no pasa a ACTIVE si se detectan errores. En el caso de los flujos de trabajo de la DSL2 de Nextflow, los resultados de lint no son bloqueantes: el flujo de trabajo pasa a ACTIVE independientemente de los resultados.
HealthOmics también proporciona punteros externos que puede ejecutar localmente antes de crear un flujo de trabajo. Estos punteros pueden incluir reglas adicionales HealthOmics-specific .
Built-in Linters
HealthOmics ejecuta linters integrados en el lado del servidor cuando llamas a o. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion
Lintado integrado de WDL
En el caso de WDL, ejecuta HealthOmics automáticamente un linter al crear el flujo de trabajo. WDL Linting bloquea: si el linter detecta errores, el flujo de trabajo no pasa a ACTIVE. Puede encontrar el resultado del linter en el statusMessage campo de la respuesta. GetWorkflow Utilice el siguiente comando de la CLI para recuperar el resultado del estado (utilice el identificador de flujo de trabajo del flujo de trabajo de WDL que creó):
aws omics get-workflow —id123456—query 'statusMessage'
Linting integrado de Nextflow
HealthOmics ejecuta automáticamente el linter DSL2 estricto (nf-lang/v2) incorporado de Nextflow durante CreateWorkflow y para todas las versiones compatibles de Nextflow DSL2: CreateWorkflowVersion
Nextflow v2.04 (solo DSL2)
Nextflow v23.10
Nextflow v24.10
Nextflow v25.10
Nextflow v26.04
nota
El linter integrado solo se aplica a los flujos de trabajo de DSL2. Los flujos de trabajo de DSL1 no están alineados.
El linter Nextflow funciona en modo sin bloqueo. Los hallazgos no impiden que el flujo de trabajo se active. Puedes revisar los hallazgos en cualquier momento sin interrumpir el proceso de creación del flujo de trabajo.
nota
El linter integrado de Nextflow valida la sintaxis de definición de su flujo de trabajo en el momento de la creación. Es diferente del analizador sintáctico estricto disponible para la versión 26.04 de Nextflow, que está controlado por el comportamiento en tiempo de ejecución y lo afecta. engineSettings.syntaxVersion El linter se ejecuta en el momento de la creación en todas las versiones de DSL2, independientemente del analizador que utilice el flujo de trabajo en tiempo de ejecución.
Para recuperar la salida de Nextflow lint
Los hallazgos de Lint aparecen como JSON estructurado en el statusMessage campo de la respuesta. GetWorkflow Utilice el siguiente comando de la CLI para recuperar el resultado de lint:
aws omics get-workflow --id1234567--query 'statusMessage'
El siguiente ejemplo muestra la salida JSON del linter de Nextflow:
{ "advisory": "Linting findings are from the strict Nextflow DSL2 (nf-lang/v2) linter and reflect the syntax that will be required in Nextflow 25/26 strict mode. On Nextflow 23/24 (legacy grammar) findings are advisory only.", "summary": { "errors": 2, "filesWithErrors": 1, "filesWithoutErrors": 0, "filesFormatted": 0, "warnings": 0, "filesWithWarnings": 0, "filesWithoutWarnings": 2 }, "errors": [ { "filename": "nextflow-lint-legacy.nf", "startLine": 24, "startColumn": 5, "message": "`for` loops are no longer supported" }, { "filename": "nextflow-lint-legacy.nf", "startLine": 24, "startColumn": 10, "message": "`i` is not defined" } ], "warnings": [] }
Campos de salida de Lint
La salida JSON contiene los siguientes campos:
-
advisory— Explica la aplicabilidad de los hallazgos en función de la versión. En las versiones 22.04, 23.10 y 24.10 de Nextflow (gramática antigua), las conclusiones son únicamente consultivas. En las versiones 25.10 y 26.04 de Nextflow, los resultados reflejan los estrictos requisitos de sintaxis del modo. -
summary— Contiene recuentos agregados de errores y advertencias en todos los archivos del flujo de trabajo. -
errors— Un conjunto de objetos de error. Cada error contienefilenamestartLine,startColumn, ymessage. -
warnings— Un conjunto de objetos de advertencia. Cada advertencia contiene los mismos campos que los objetos de error. -
truncated— Un indicador condicional que aparece cuando la salida de lint supera los límites de tamaño del campo. Cuando se produce un truncamiento, las advertencias se eliminan primero. El flujo de trabajo permanece ACTIVO con un informe recortado válido.
Recomendaciones
Recomendamos el siguiente flujo de trabajo para abordar los hallazgos de lint:
Revisa los hallazgos de lint sobre el
statusMessageterreno.Corrija los errores del archivo de definición del flujo de trabajo.
Re-create el flujo de trabajo para generar un informe limpio.
Impresoras externas
Están disponibles los siguientes punteros externos:
-
WDL— Una imagen pública de Amazon ECR para publicar una WDL en la galería pública de
Amazon ECR. -
Nextflow— Una imagen pública de Amazon ECR para ejecutar las reglas de Linter para
Nextflow en la galería pública de Amazon ECR. Puede acceder al código fuente desde el repositorio linter-rules-for-nextflow en. GitHub -
CWL— No está disponible.
En la lista siguiente se describe la distinción entre los punteros integrados y externos:
-
Built-in linters: se ejecutan en el servidor durante y.
CreateWorkflowCreateWorkflowVersionEn el caso de WDL, los resultados son bloqueantes. En el caso de la DSL2 de Nextflow, los resultados no son bloqueantes. Se aplican únicamente a los flujos de trabajo de WDL y Nextflow DSL2. -
Interceptores externos: se ejecutan localmente antes de la creación del flujo de trabajo. Puede incluir reglas de HealthOmics-specific compatibilidad adicionales. Disponible como imágenes públicas de Amazon ECR.
