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# HealthOmics exemples utilisant AWS CLI
Les exemples de code suivants vous montrent comment effectuer des actions et implémenter des scénarios courants à l'aide du AWS Command Line Interface with HealthOmics.
Les *actions* sont des extraits de code de programmes plus larges et doivent être exécutées dans leur contexte. Alors que les actions vous indiquent comment appeler des fonctions de service individuelles, vous pouvez les voir en contexte dans leurs scénarios associés.
Chaque exemple inclut un lien vers le code source complet, où vous trouverez des instructions sur la configuration et l’exécution du code en contexte.
**Topics**
+ [Actions](#actions)
## Actions
### `abort-multipart-read-set-upload`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`abort-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Pour arrêter un chargement partitionné de jeux de lecture**
L'`abort-multipart-read-set-upload`exemple suivant arrête le téléchargement d'un jeu de lecture en plusieurs parties dans votre magasin de HealthOmics séquences.
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
Cette commande ne produit aucune sortie.
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `accept-share`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`accept-share`.
**AWS CLI**
**Pour accepter un partage des données du magasin d’analyse**
L'`accept-share`exemple suivant accepte un partage des données du magasin HealthOmics d'analyse.
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Sortie :
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Partage entre comptes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) dans le *guide de l'AWS HealthOmics utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `batch-delete-read-set`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`batch-delete-read-set`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer plusieurs jeux de lecture**
L’exemple `batch-delete-read-set` suivant supprime deux jeux de lecture.
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
En cas d’erreur lors de la suppression de l’un des jeux de lecture spécifiés, le service renvoie une liste d’erreurs.
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `cancel-annotation-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`cancel-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour annuler une tâche d’importation d’annotations**
L’exemple `cancel-annotation-import-job` suivant annule une tâche d’importation d’annotations dotée de l’ID `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997`.
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `cancel-run`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`cancel-run`.
**AWS CLI**
**Pour annuler une exécution**
L’exemple `cancel-run` suivant annule une exécution dotée de l’ID `1234567`.
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
Pour plus d'informations, voir [Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `cancel-variant-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`cancel-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour annuler une tâche d’importation de variantes**
L’exemple `cancel-variant-import-job` suivant annule une tâche d’importation de variantes dotée de l’ID `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e`.
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `complete-multipart-read-set-upload`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`complete-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Pour terminer un chargement partitionné une fois que vous avez chargé tous les composants.**
L’exemple `complete-multipart-read-set-upload` suivant termine un chargement partitionné dans un magasin de séquences une fois que tous les composants ont été chargés.
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
Sortie :
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-annotation-store-version`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Pour créer une nouvelle version d’un magasin d’annotations**
L’exemple `create-annotation-store-version` suivant crée une nouvelle version d’un magasin d’annotations.
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de nouvelles versions de magasins d'annotations](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-annotation-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Exemple 1 : pour créer un magasin d’annotations VCF**
L’exemple `create-annotation-store` suivant crée un magasin d’annotations au format VCF.
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**Exemple 2 : pour créer un magasin d’annotations TSV**
L’exemple `create-annotation-store` suivant crée un magasin d’annotations au format TSV.
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` configure les options de format pour les annotations.
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le Guide du développeur Amazon Omics.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-multipart-read-set-upload`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-multipart-read-set-upload`.
**AWS CLI**
**Pour commencer un chargement partitionné de jeux de lecture**
L’exemple `create-multipart-read-set-upload` suivant lance un chargement partitionné de jeux de lecture.
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-reference-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-reference-store`.
**AWS CLI**
**Pour créer un magasin de références**
L’exemple `create-reference-store` suivant crée un magasin de références `my-ref-store`.
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-run-group`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-run-group`.
**AWS CLI**
**Pour créer un groupe d’exécution**
L’exemple `create-run-group` suivant crée un groupe d’exécution nommé `cram-converter`.
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de groupes d'exécution](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-sequence-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Pour créer un magasin de séquences**
L’exemple `create-sequence-store` suivant crée un magasin de séquences.
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-share`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-share`.
**AWS CLI**
**Pour créer un partage d'une boutique HealthOmics d'analyses**
L'`create-share`exemple suivant montre comment créer un partage d'un magasin HealthOmics d'analyses qui peut être accepté par un abonné extérieur au compte.
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
Sortie :
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Partage entre comptes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) dans le guide de l'*AWS HealthOmics utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-variant-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-variant-store`.
**AWS CLI**
**Pour créer un magasin de variantes**
L’exemple `create-variant-store` suivant crée un magasin de variantes nommé `my_var_store`.
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `create-workflow`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`create-workflow`.
**AWS CLI**
**Pour créer un flux de travail**
L’exemple `create-workflow` suivant crée un flux de travail WDL.
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` est une archive ZIP contenant une définition de flux de travail. `workflow-params.json` définit les paramètres d’exécution du flux de travail.
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de flux de travail privés](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) dans le *guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-annotation-store-versions`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer une version du magasin d’annotations**
L’exemple `delete-annotation-store-versions` suivant supprime une version du magasin d’annotations.
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
Sortie :
```
{
"errors": []
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de nouvelles versions de magasins d'annotations](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-annotation-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un magasin d’annotations**
L’exemple `delete-annotation-store` suivant supprime un magasin d’annotations nommé `my_vcf_store`.
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
Sortie :
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-reference-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-reference-store`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un magasin de références**
L’exemple `delete-reference-store` suivant supprime un magasin de références doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-reference`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-reference`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer une référence**
L’exemple `delete-reference` suivant supprime une référence.
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-run-group`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-run-group`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un groupe d’exécution**
L’exemple `delete-run-group` suivant supprime un groupe d’exécution doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
Pour plus d'informations, consultez [la section Suppression de courses et de groupes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) d'exécutions dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-run`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-run`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer une exécution de flux de travail**
L’exemple `delete-run` suivant supprime une exécution dotée de l’ID `1234567`.
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
Pour plus d'informations, consultez [la section Suppression de courses et de groupes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html) d'exécutions dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-sequence-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un magasin de séquences**
L’exemple `delete-sequence-store` suivant supprime un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-share`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-share`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un partage de données HealthOmics analytiques**
L’exemple `delete-share` suivant supprime un partage entre comptes de données analytiques.
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Sortie :
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Partage entre comptes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) dans le *guide de l'AWS HealthOmics utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-variant-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-variant-store`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un magasin de variantes**
L’exemple `delete-variant-store` suivant supprime un magasin de variantes nommé `my_var_store`.
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
Sortie :
```
{
"status": "DELETING"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `delete-workflow`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`delete-workflow`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer un flux de travail**
L’exemple `delete-workflow` suivant supprime un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
Pour plus d'informations, voir [Supprimer un flux de travail privé](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-annotation-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’importation d’annotations**
L’exemple `get-annotation-import-job` suivant obtient les informations sur une tâche d’importation d’annotations.
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-annotation-store-version`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-annotation-store-version`.
**AWS CLI**
**Pour récupérer les métadonnées d’une version du magasin d’annotations**
L’exemple `get-annotation-store-version` suivant récupère les métadonnées de la version du magasin d’annotations demandée.
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
Sortie :
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de nouvelles versions de magasins d'annotations](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-annotation-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un magasin d’annotations**
L’exemple `get-annotation-store` suivant obtient les informations sur un magasin d’annotations nommé `my_ann_store`.
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-read-set-activation-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’activation d’un jeu de lecture**
L’exemple `get-read-set-activation-job` suivant fournit des détails sur une tâche d’activation d’un jeu de lecture.
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-read-set-export-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’exportation d’un jeu de lecture**
L’exemple `get-read-set-export-job` suivant fournit des détails sur une tâche d’exportation d’un jeu de lecture.
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-read-set-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’importation d’un jeu de lecture**
L’exemple `get-read-set-import-job` suivant fournit des détails sur une tâche d’importation d’un jeu de lecture.
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-read-set-metadata`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-read-set-metadata`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un jeu de lecture**
L’exemple `get-read-set-metadata` suivant fournit des détails sur les fichiers d’un jeu de lecture.
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-read-set`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-read-set`.
**AWS CLI**
**Pour télécharger un jeu de lecture**
L’exemple `get-read-set` suivant télécharge la partie 3 d’un jeu de lecture en tant que `1234567890.3.bam`.
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-reference-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’importation de référence**
L’exemple `get-reference-import-job` suivant fournit des détails sur une tâche d’importation de référence.
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-reference-metadata`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-reference-metadata`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une référence**
L’exemple `get-reference-metadata` suivant fournit des détails sur une référence.
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-reference-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-reference-store`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un magasin de références**
L’exemple `get-reference-store` suivant fournit des informations sur un magasin de références.
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-reference`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-reference`.
**AWS CLI**
**Pour télécharger une référence génomique**
L’exemple `get-reference` suivant télécharge la partie 1 d’un génome en tant que `hg38.1.fa`.
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-run-group`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-run-group`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un groupe d’exécution**
L’exemple `get-run-group` suivant fournit des détails sur un groupe d’exécution.
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de groupes d'exécution](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-run-task`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-run-task`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche**
L’exemple `get-run-task` suivant fournit des détails sur une tâche de flux de travail.
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
Sortie :
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Cycle de vie des tâches lors d'une HealthOmics exécution](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-run`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-run`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une exécution de flux de travail**
L’exemple `get-run` suivant fournit des détails sur une exécution de flux de travail.
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
Pour plus d'informations, voir [Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-sequence-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-sequence-store`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un magasin de séquences**
L’exemple `get-sequence-store` suivant fournit des détails sur un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-share`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-share`.
**AWS CLI**
**Pour récupérer les métadonnées relatives à un partage de HealthOmics données d'analyse**
L’exemple `get-share` suivant récupère les métadonnées d’un partage entre comptes de données analytiques.
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
Sortie :
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Partage entre comptes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) dans le *guide de l'AWS HealthOmics utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-variant-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour afficher une tâche d’importation de variantes**
L’exemple `get-variant-import-job` suivant fournit des détails sur une tâche d’importation de variantes.
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-variant-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-variant-store`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un magasin de variantes**
L’exemple `get-variant-store` suivant fournit des détails sur un magasin de variantes.
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `get-workflow`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`get-workflow`.
**AWS CLI**
**Pour afficher un flux de travail**
L’exemple `get-workflow` suivant fournit des détails sur un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de flux de travail privés](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) dans le *guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-annotation-import-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-annotation-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’importation d’annotations**
`list-annotation-import-jobs` ci-dessous fournit une liste des tâches d’importation d’annotations.
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
Sortie :
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-annotation-store-versions`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-annotation-store-versions`.
**AWS CLI**
**Pour répertorier toutes les versions d’un magasin d’annotations**
L’exemple `list-annotation-store-versions` suivant répertorie toutes les versions existantes d’un magasin d’annotations.
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
Sortie :
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de nouvelles versions de magasins d'annotations](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-annotation-stores`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-annotation-stores`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des magasins d’annotations**
L’exemple `list-annotation-stores` suivant obtient une liste de magasins d’annotations.
```
aws omics list-annotation-stores
```
Sortie :
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-multipart-read-set-uploads`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-multipart-read-set-uploads`.
**AWS CLI**
**Pour répertorier tous les chargements partitionnés de jeux de lecture et leurs statuts**
L’exemple `list-multipart-read-set-uploads` suivant répertorie tous les chargements partitionnés de jeux de lecture et leurs statuts.
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
Sortie :
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-read-set-activation-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-read-set-activation-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’activation des jeux de lecture**
L’exemple `list-read-set-activation-jobs` suivant fournit une liste de tâches d’activation pour un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-read-set-export-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-read-set-export-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’exportation des jeux de lecture**
L’exemple `list-read-set-export-jobs` suivant fournit une liste de tâches d’exportation pour un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-read-set-import-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-read-set-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’importation de jeux de lecture**
L’exemple `list-read-set-import-jobs` suivant fournit une liste de tâches d’importation pour un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-read-set-upload-parts`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-read-set-upload-parts`.
**AWS CLI**
**Pour répertorier toutes les parties d’un chargement partitionné demandé pour un magasin de séquences**
L’exemple `list-read-set-upload-parts` suivant répertorie toutes les parties d’un chargement partitionné demandé pour un magasin de séquences.
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
Sortie :
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-read-sets`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-read-sets`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des jeux de lecture**
L’exemple `list-read-sets` suivant obtient une liste de jeux de lecture pour un magasin de séquences doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-reference-import-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-reference-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’importation de référence**
L’exemple `list-reference-import-jobs` suivant fournit une liste de tâches d’importation de référence pour un magasin de références doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-reference-stores`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-reference-stores`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir la liste des magasins de références**
L’exemple `list-reference-stores` suivant obtient une liste de magasins de références.
```
aws omics list-reference-stores
```
Sortie :
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-references`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-references`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des références**
L’exemple `list-references` suivant fournit une liste des références génomiques pour un magasin de références doté de l’ID `1234567890`.
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
Sortie :
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-run-groups`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-run-groups`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des groupes d’exécution**
L’exemple `list-run-groups` suivant obtient une liste des groupes d’exécution.
```
aws omics list-run-groups
```
Sortie :
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de groupes d'exécution](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-run-tasks`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-run-tasks`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste de tâches**
L’exemple `list-run-tasks` suivant obtient une liste de tâches pour une exécution de flux de travail.
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
Sortie :
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Cycle de vie des tâches lors d'une HealthOmics exécution](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-runs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-runs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des exécutions de flux de travail**
L’exemple `list-runs` suivant obtient une liste d’exécutions de flux de travail.
```
aws omics list-runs
```
Sortie :
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, voir [Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-sequence-stores`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-sequence-stores`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des magasins de séquences**
L’exemple `list-sequence-stores` suivant obtient une liste de magasins de séquences.
```
aws omics list-sequence-stores
```
Sortie :
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-shares`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-shares`.
**AWS CLI**
**Pour répertorier les partages disponibles d'une donnée HealthOmics d'analyse**
L’exemple `list-shares` suivant répertorie tous les partages créés pour un propriétaire de ressource.
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
Sortie :
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Partage entre comptes](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html) dans le *guide de l'AWS HealthOmics utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-tags-for-resource`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-tags-for-resource`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste de balises**
L’exemple `list-tags-for-resource` suivant obtient une liste de balises pour un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
Sortie :
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Balisage des ressources dans Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-variant-import-jobs`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-variant-import-jobs`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des tâches d’importation de variantes**
L’exemple `list-variant-import-jobs` suivant obtient une liste des tâches d’importation de variantes.
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
Sortie :
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-variant-stores`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-variant-stores`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des magasins de variantes**
L’exemple `list-variant-stores` suivant obtient une liste de magasins de variantes.
```
aws omics list-variant-stores
```
Sortie :
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `list-workflows`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`list-workflows`.
**AWS CLI**
**Pour obtenir une liste des flux de travail**
L’exemple `list-workflows` suivant obtient une liste des flux de travail.
```
aws omics list-workflows
```
Sortie :
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Création de flux de travail privés](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html) dans le *guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-annotation-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-annotation-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour importer des annotations**
L’exemple `start-annotation-import-job` suivant importe des annotations à partir d’Amazon S3.
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
Sortie :
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-read-set-activation-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-read-set-activation-job`.
**AWS CLI**
**Pour activer un jeu de lecture archivé**
L’exemple `start-read-set-activation-job` suivant active deux jeux de lecture.
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-read-set-export-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-read-set-export-job`.
**AWS CLI**
**Pour exporter un jeu de lectures**
L’exemple `start-read-set-export-job` suivant exporte deux jeux de lecture vers Amazon S3.
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-read-set-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-read-set-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour importer un jeu de lectures**
L’exemple `start-read-set-import-job` suivant importe un jeu de lectures.
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json est un document JSON avec le contenu suivant.
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-reference-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-reference-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour importer un génome de référence**
L’exemple `start-reference-import-job` suivant importe un génome de référence depuis Amazon S3.
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-run`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-run`.
**AWS CLI**
**Pour exécuter un flux de travail**
L’exemple `start-run` suivant exécute un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json est un document JSON avec le contenu suivant.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
Pour plus d'informations, consultez la section [Démarrage d'une course](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html) dans le *guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
**Pour charger des fichiers source depuis Amazon Omics**
Vous pouvez également charger des fichiers source depuis le stockage Amazon Omics, en utilisant des fichiers spécifiques au service URIs. L'exemple de fichier workflow-inputs.json suivant utilise Amazon URIs Omics pour les ensembles de lecture et les sources génomiques de référence.
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `start-variant-import-job`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`start-variant-import-job`.
**AWS CLI**
**Pour importer un fichier de variantes**
L’exemple `start-variant-import-job` suivant importe un fichier de variantes au format VCF.
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
Sortie :
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `tag-resource`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`tag-resource`.
**AWS CLI**
**Pour baliser une ressource**
L’exemple `tag-resource` suivant ajoute une balise `department` à un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
Pour plus d’informations, consultez [Balisage des ressources dans Amazon Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `untag-resource`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`untag-resource`.
**AWS CLI**
**Pour supprimer une balise d’une ressource**
L’exemple `untag-resource` suivant supprime la balise `department` d’un flux de travail.
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
Pour plus d’informations, consultez [Stockage Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `update-annotation-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`update-annotation-store`.
**AWS CLI**
**Pour mettre à jour un magasin d’annotations**
L’exemple `update-annotation-store` suivant met à jour la description d’un magasin d’annotations nommé `my_vcf_store`.
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `update-run-group`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`update-run-group`.
**AWS CLI**
**Pour mettre à jour un groupe d’exécution**
L’exemple `update-run-group` suivant met à jour les paramètres d’un groupe d’exécution doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
Sortie :
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Flux de travail Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `update-variant-store`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`update-variant-store`.
**AWS CLI**
**Pour mettre à jour un magasin de variantes**
L’exemple `update-variant-store` suivant met à jour la description d’un magasin de variantes nommé `my_var_store`.
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
Sortie :
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
Pour plus d’informations, consultez [Analytique Omics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html) dans le *Guide du développeur Amazon Omics*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `update-workflow`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`update-workflow`.
**AWS CLI**
**Pour mettre à jour un flux de travail**
L’exemple `update-workflow` suivant met à jour la description d’un flux de travail doté de l’ID `1234567`.
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
Pour plus d'informations, voir [Création ou mise à jour d'un flux de travail](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.
### `upload-read-set-part`
L'exemple de code suivant montre comment utiliser`upload-read-set-part`.
**AWS CLI**
**Pour charger une partie du jeu de lecture**
L’exemple `upload-read-set-part` suivant charge une partie spécifiée d’un jeu de lectures.
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
Sortie :
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
Pour plus d'informations, reportez-vous à la section [Téléchargement direct vers un magasin de séquences](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html) dans le *Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur*.
+ Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous [UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)à la section *Référence des AWS CLI commandes*.