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# Exécutez des simulations de dynamique moléculaire GROMACS sur Deadline Cloud
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

Le bundle de tâches [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) exécute un pipeline de simulation de dynamique moléculaire [GROMACS](https://www.gromacs.org/) allant de la structure des protéines brutes à la trajectoire analysée. Le pipeline assure la préparation du système, la minimisation de l'énergie, NVT/NPT l'équilibrage, la production MD et l'analyse (RMSD, RMSF, rayon de giration, liaisons hydrogène). Plusieurs répliques indépendantes se répartissent en parallèle grâce au `MaxReplicaIndex` paramètre.

Le bundle nécessite une ferme Deadline Cloud avec un parc géré par des services Linux x86\_64 (minimum 4 vCPU) et un environnement de file d'attente conda avec from. `gromacs` `conda-forge` Aucun script de configuration d'hôte ou recette de conda personnalisée n'est nécessaire.

Le bundle comprend des échantillons de données pour le lysozyme du blanc d'œuf de poule (PDB : 1AKI) et les fichiers de paramètres MDP ci-dessous. `sample_inputs/mdp/`

Depuis le `job_bundles` répertoire, soumettez le job :

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

Pour exécuter 10 répliques indépendantes en parallèle :

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```