Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

# Exécution de requêtes sur des magasins de HealthOmics variantes
<a name="analytics-run-queries"></a>

**Important**  
AWS HealthOmics les magasins de variantes et les magasins d'annotations ne sont plus ouverts aux nouveaux clients. Les clients existants peuvent continuer à utiliser le service normalement. Pour de plus amples informations, veuillez consulter [AWS HealthOmics modification de la disponibilité du magasin de variantes et du magasin d'annotations](variant-store-availability-change.md).

Vous pouvez effectuer des requêtes sur votre boutique de variantes à l'aide d'Amazon Athena. Notez que les coordonnées génomiques dans les magasins de variants et d'annotations sont représentées sous forme d'intervalles de base zéro, mi-fermés, mi-ouverts.

## Exécutez une requête simple à l'aide de la console Athena
<a name="run-queries-athena-simple"></a>

L'exemple suivant montre comment exécuter une requête simple.

1. [Ouvrez l'éditeur de requêtes Athena : éditeur de requêtes Athena](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. Sous **Groupe de travail**, sélectionnez le groupe de travail que vous avez créé lors de la configuration.

1. Vérifiez que la **source de données** est **AwsDataCatalog**.

1. Pour **Base de données**, sélectionnez le lien de ressource de base de données que vous avez créé lors de la configuration de Lake Formation.

1. Copiez la requête suivante dans l'**éditeur de requêtes** sous l'onglet **Requête 1** :

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. Choisissez **Exécuter** pour exécuter la requête. La console remplit le tableau des résultats avec les 10 premières lignes du **omicsvariants** tableau.

## Exécuter une requête complexe à l'aide de la console Athena
<a name="run-queries-athena-complex"></a>

L'exemple suivant montre comment exécuter une requête complexe. Pour exécuter cette requête, importez-la `ClinVar` dans le magasin d'annotations.

**Exécuter une requête complexe**

1. [Ouvrez l'éditeur de requêtes Athena : éditeur de requêtes Athena](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. Sous **Groupe de travail**, sélectionnez le groupe de travail que vous avez créé lors de la configuration.

1. Vérifiez que la **source de données** est **AwsDataCatalog**.

1. Pour **Base de données**, sélectionnez le lien de ressource de base de données que vous avez créé lors de la configuration de Lake Formation.

1. Cliquez **\$1** sur le bouton en haut à droite pour créer un nouvel onglet de **requête nommé Requête 2**.

1. Copiez la requête suivante dans l'**éditeur de requêtes** sous l'onglet **Requête 2** :

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. Choisissez **Exécuter** pour démarrer l'exécution de la requête.