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Le flux de travail s'affiche HealthOmics - AWS HealthOmics
Built-in lintersLinters externes

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Le flux de travail s'affiche HealthOmics

HealthOmics affiche automatiquement les flux de travail WDL et Nextflow DSL2 lors de la création. Les linters intégrés détectent les erreurs dans les fichiers de définition de votre flux de travail qui peuvent entraîner l'échec des exécutions. Les résultats de Lint apparaissent dans le statusMessage champ de la GetWorkflow réponse.

Pour les flux de travail WDL, les détections de charpie sont bloquantes : le flux de travail ne passe pas à ACTIVE si des erreurs sont détectées. Pour les flux de travail Nextflow DSL2, les résultats de Lint ne sont pas bloquants : le flux de travail passe à ACTIVE quels que soient les résultats.

HealthOmics fournit également des linters externes que vous pouvez exécuter localement avant de créer un flux de travail. Ces linters peuvent inclure des HealthOmics-specific règles supplémentaires.

Built-in linters

HealthOmics exécute des linters intégrés côté serveur lorsque vous appelez ou. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion

Doublure intégrée WDL

Pour WDL, exécute HealthOmics automatiquement un linter lorsque vous créez le flux de travail. Le linting WDL est bloquant : si le linter détecte des erreurs, le flux de travail ne passe pas à ACTIVE. Vous pouvez trouver la sortie du linter dans le statusMessage champ de la GetWorkflow réponse. Utilisez la commande CLI suivante pour récupérer la sortie d'état (utilisez l'ID de flux de travail du flux de travail WDL que vous avez créé) : 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

Peluchage intégré Nextflow

HealthOmics exécute automatiquement le linter DSL2 strict intégré à Nextflow (nf-lang/v2) pendant CreateWorkflow et CreateWorkflowVersion pour toutes les versions de Nextflow DSL2 prises en charge :

  • Nextflow v22.04 (DSL2 uniquement)

  • Nextflow v23.10

  • Nextflow v24.10

  • Nextflow v25.10

  • Nextflow v26.04

Note

Le linter intégré s'applique uniquement aux flux de travail DSL2. Les flux de travail DSL1 ne sont pas linted.

Le linter Nextflow fonctionne en mode non bloquant. Les résultats n'empêchent pas le flux de travail de devenir ACTIF. Vous pouvez consulter les résultats à tout moment sans interrompre le processus de création de votre flux de travail.

Note

Le linter Nextflow intégré valide la syntaxe de définition de votre flux de travail au moment de la création. Il est distinct de l'analyseur syntaxique strict disponible pour Nextflow v26.04, qui est contrôlé par engineSettings.syntaxVersion et affecte le comportement d'exécution. Le linter s'exécute au moment de la création dans toutes les versions de DSL2, quel que soit l'analyseur utilisé par le flux de travail au moment de l'exécution.

Pour récupérer la sortie Nextflow Lint

Les résultats de Lint apparaissent sous forme de JSON structuré dans le statusMessage champ de la GetWorkflow réponse. Utilisez la commande CLI suivante pour récupérer la sortie lint :

aws omics get-workflow --id 1234567 --query 'statusMessage'

L'exemple suivant montre la sortie JSON du linter Nextflow :

{
  "advisory": "Linting findings are from the strict Nextflow DSL2 (nf-lang/v2) linter and reflect the syntax that will be required in Nextflow 25/26 strict mode. On Nextflow 23/24 (legacy grammar) findings are advisory only.",
  "summary": {
    "errors": 2,
    "filesWithErrors": 1,
    "filesWithoutErrors": 0,
    "filesFormatted": 0,
    "warnings": 0,
    "filesWithWarnings": 0,
    "filesWithoutWarnings": 2
  },
  "errors": [
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 5,
      "message": "`for` loops are no longer supported"
    },
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 10,
      "message": "`i` is not defined"
    }
  ],
  "warnings": []
}

Champs de sortie Lint

La sortie JSON contient les champs suivants :

  • advisory— Explique l'applicabilité des résultats selon la version. Sur Nextflow v22.04, v23.10 et v24.10 (ancienne grammaire), les résultats ne sont que consultatifs. Sur Nextflow v25.10 et v26.04, les résultats reflètent des exigences strictes en matière de syntaxe des modes.

  • summary— Contient le nombre total d'erreurs et d'avertissements pour tous les fichiers du flux de travail.

  • errors— Tableau d'objets d'erreur. Chaque erreur contient filenamestartLine,startColumn, etmessage.

  • warnings— Tableau d'objets d'avertissement. Chaque avertissement contient les mêmes champs que les objets d'erreur.

  • truncated— Indicateur conditionnel qui apparaît lorsque la sortie Lint dépasse les limites de taille de champ. En cas de troncature, les avertissements sont supprimés en premier. Le flux de travail reste ACTIF avec un rapport découpé valide.

Recommandations

Nous recommandons le flux de travail suivant pour traiter les problèmes de peluches :

  1. Passez en revue les résultats obtenus sur le statusMessage terrain en matière de peluches.

  2. Corrigez les erreurs dans le fichier de définition de votre flux de travail.

  3. Re-create le flux de travail pour générer un rapport propre.

Linters externes

Les linters externes suivants sont disponibles :

  • WDL— Une image Amazon ECR publique pour exécuter un linter WDL sur la galerie publique Amazon ECR.

  • Nextflow— Une image Amazon ECR publique permettant d'exécuter les règles Linter pour Nextflow sur la galerie publique Amazon ECR. Vous pouvez accéder au code source depuis le référentiel https://github.com/awslabs/linter-rules-for-nextflow linter-rules-for-nextflow sur. GitHub

  • CWL— Non disponible.

La liste suivante décrit la distinction entre les linters intégrés et les linters externes :

  • Built-in linters  : exécution côté serveur pendant et. CreateWorkflow CreateWorkflowVersion Pour WDL, les résultats sont bloquants. Pour Nextflow DSL2, les résultats ne sont pas bloquants. S'applique uniquement aux flux de travail WDL et Nextflow DSL2.

  • Linters externes — Exécutés localement avant la création du flux de travail. Peut inclure des règles HealthOmics-specific de compatibilité supplémentaires. Disponible sous forme d'images Amazon ECR publiques.