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Connecter HealthOmics les flux de travail à un VPC

Avec Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC), vous pouvez lancer AWS des ressources sur un réseau virtuel privé que vous avez défini. Vous pouvez autoriser vos HealthOmics flux de travail à accéder aux ressources de votre VPC en configurant vos exécutions pour utiliser le mode réseau VPC. Lorsque la mise en réseau VPC est activée, vos exécutions peuvent accéder aux ressources de votre VPC et se connecter à des ressources externes via Internet public si votre VPC dispose d'un accès Internet configuré.

Quand utiliser le réseau VPC

Utilisez le réseau VPC lorsque vos exécutions doivent :

Modes de mise en réseau

HealthOmics Workflows prend en charge deux modes de mise en réseau. Par défaut, les exécutions du flux de travail fonctionnent en mode RESTREINT. Vous pouvez activer la mise en réseau VPC par exécution lorsque vous démarrez l'exécution du flux de travail.

Vous spécifiez le mode réseau lorsque vous démarrez un flux de travail exécuté à l'aide du networkingMode paramètre de l'StartRunAPI.

Prise en main

Cette section vous explique comment configurer la mise en réseau VPC pour les HealthOmics flux de travail pour la première fois.

Conditions préalables

Avant de configurer la mise en réseau VPC pour les HealthOmics flux de travail, assurez-vous que vous disposez des éléments suivants :

Étape 1 : Créez ou configurez votre VPC

Créez un VPC avec des sous-réseaux privés, des groupes de sécurité et des passerelles NAT (si un accès Internet est nécessaire). Pour obtenir des instructions détaillées étape par étape, consultezAccès à Internet pour les VPC-connected flux de travail.

Étape 2 : Configuration des groupes de sécurité

Créez un groupe de sécurité qui autorise le trafic sortant vers les destinations auxquelles vos courses doivent accéder. Configurez les groupes de sécurité de manière à n'autoriser que le trafic sortant minimal requis selon le principe du moindre privilège.

Pour obtenir des exemples de configurations et des instructions détaillées, consultez la section sur les groupes de sécurité dansAccès à Internet pour les VPC-connected flux de travail.

Étape 3 : Vérifier les tables de routage

Assurez-vous que vos sous-réseaux privés disposent de routes vers une passerelle NAT pour accéder à Internet. Pour des exemples de configurations de tables de routage, consultez la section des tables de routage dansAccès à Internet pour les VPC-connected flux de travail.

Étape 4 : Création d'une ressource de configuration

Créez une ressource HealthOmics de configuration qui définit les paramètres réseau de votre VPC :

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

La configuration passera de l'ACTIVEétat CREATING à l'état une fois que les ressources réseau seront provisionnées. Cela prend jusqu'à 15 minutes.

Étape 5 : démarrer un flux de travail exécuté avec la mise en réseau VPC

Une fois votre configuration terminéeACTIVE, lancez un flux de travail avec la mise en réseau VPC activée :

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Étape 6 : Vérifier la connectivité

Surveillez l'exécution de votre flux de travail pour vérifier qu'il peut accéder aux ressources externes requises. Consultez les journaux du flux de travail dans CloudWatch Logs pour les messages de réussite ou d'échec de la connexion. Pour obtenir des conseils détaillés sur les tests de connectivité, consultezTester la connectivité VPC.

Exigences du VPC

Votre VPC doit répondre aux exigences suivantes :

Exigences relatives aux sous-réseaux

Exigences de groupe de sécurité

Les groupes de sécurité contrôlent le trafic entrant et sortant de vos courses.

Exigences relatives à l'interface réseau

HealthOmics fournit des interfaces réseau élastiques (ENI) dans votre VPC pour connecter des runs à votre réseau. Assurez-vous que votre AWS compte dispose d'une capacité ENI suffisante (limite par défaut : 5 000 ENI par région).

Les ENI créés par HealthOmics sont étiquetés avec les balises suivantes :

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

API de configuration

HealthOmics fournit des API pour créer, gérer et supprimer des configurations VPC. Vous pouvez réutiliser les configurations lors de plusieurs exécutions de flux de travail.

CreateConfiguration

Crée une nouvelle ressource de configuration avec les paramètres réseau du VPC. Pour obtenir un exemple détaillé, consultez Étape 4 : Création d'une ressource de configuration.

Syntaxe de la demande :

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Paramètres :

Réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Valeurs d'état de configuration :

GetConfiguration

Récupère les détails d'une configuration spécifique.

Syntaxe de la demande :

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Répertorie toutes les configurations de votre compte.

Syntaxe de la demande :

aws omics list-configurations \
  --region region

Réponse :

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Supprime une configuration. Vous ne pouvez pas supprimer une configuration actuellement utilisée par les exécutions de flux de travail actives.

Syntaxe de la demande :

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Exécution de flux de travail avec un réseau VPC

Démarrage d'une utilisation avec un réseau VPC

Pour utiliser la mise en réseau VPC dans un flux de travail exécuté, spécifiez le networking-mode paramètre et les configuration-name éléments suivants :

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Paramètres :

Affichage de la configuration réseau exécutée

Utilisez GetRun pour afficher la configuration réseau pour une exécution :

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

La réponse inclut le mode réseau, les détails de configuration et la configuration du VPC. L'exemple suivant montre les VPC-related champs de la réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Immuabilité de la configuration

Les ressources de configuration sont immuables : une fois que vous avez créé une configuration, vous ne pouvez pas modifier ses paramètres. Pour utiliser différents paramètres réseau, créez une nouvelle configuration. Vous ne pouvez pas supprimer une configuration lorsqu'elle est utilisée par des exécutions de flux de travail actives. La DeleteConfiguration demande est rejetée jusqu'à ce que ces exécutions atteignent l'état terminal.

Considérations concernant la mise en cache des appels

Lorsque vous utilisez un réseau VPC avec mise en cache des appels, assurez-vous que votre moteur de flux de travail est correctement configuré. Pour obtenir des conseils détaillés sur la mise en cache des appels par moteur, consultezEngine-specific fonctionnalités de mise en cache.

Bonnes pratiques

Sécurité

Performance

Optimisation des coûts

Fonctionnement

Quotas de mise en réseau VPC

Le tableau suivant répertorie les quotas pour les configurations réseau VPC :

Pour demander une augmentation de quota, ouvrez la console Quotas de service, choisissez AWS des services AWS HealthOmics, recherchez, sélectionnez le quota que vous souhaitez augmenter, puis choisissez Demander une augmentation de quota. Les demandes d'augmentation de quota sont généralement traitées dans un délai de 1 à 2 jours ouvrables.