Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

Connecter HealthOmics des flux de travail à un VPC

Avec Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC), vous pouvez lancer AWS des ressources dans un réseau virtuel privé que vous avez défini. Vous pouvez donner à vos HealthOmics flux de travail l'accès aux ressources de votre VPC en configurant vos exécutions pour utiliser le mode réseau VPC. Lorsque le réseau VPC est activé, vos courses peuvent accéder aux ressources de votre VPC et se connecter à des ressources externes via l'Internet public si l'accès à Internet est configuré sur votre VPC.

Quand utiliser le réseau VPC

Utilisez le réseau VPC lorsque vos courses doivent :

Modes de mise en réseau

HealthOmics Workflows prend en charge deux modes de mise en réseau. Par défaut, les exécutions de flux de travail fonctionnent en mode RESTREINT. Vous pouvez activer le réseau VPC par exécution lorsque vous démarrez l'exécution du flux de travail.

Vous spécifiez le mode réseau lorsque vous lancez un flux de travail à l'aide du networkingMode paramètre de l'StartRunAPI.

Prise en main

Cette section explique comment configurer pour la première fois le réseau VPC pour HealthOmics Workflows.

Conditions préalables

Avant de configurer le réseau VPC pour les HealthOmics flux de travail, assurez-vous que vous disposez des éléments suivants :

Étape 1 : créer ou configurer votre VPC

Créez un VPC avec des sous-réseaux privés, des groupes de sécurité et des passerelles NAT (si un accès Internet est nécessaire). Pour des step-by-step instructions détaillées, voirAccès à Internet pour les flux de travail connectés au VPC.

Étape 2 : Configuration des groupes de sécurité

Créez un groupe de sécurité qui autorise le trafic sortant vers les destinations auxquelles vos courses doivent accéder. Configurez les groupes de sécurité pour autoriser uniquement le trafic sortant minimum requis selon le principe du moindre privilège.

Pour des exemples de configurations et des instructions détaillées, consultez la section sur les groupes de sécurité dansAccès à Internet pour les flux de travail connectés au VPC.

Étape 3 : vérifier les tables de routage

Assurez-vous que vos sous-réseaux privés disposent de routes vers une passerelle NAT pour accéder à Internet. Pour des exemples de configurations de tables de routage, consultez la section consacrée aux tables de routage dansAccès à Internet pour les flux de travail connectés au VPC.

Étape 4 : Création d'une ressource de configuration

Créez une ressource HealthOmics de configuration qui définit les paramètres réseau de votre VPC :

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

La configuration passera de l'ACTIVEétat CREATING à l'état une fois que les ressources réseau seront mises en service. Cela prend jusqu'à 15 minutes.

Étape 5 : démarrer un flux de travail avec un réseau VPC

Une fois votre configuration configuréeACTIVE, lancez un flux de travail avec le réseau VPC activé :

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Étape 6 : vérifier la connectivité

Surveillez l'exécution de votre flux de travail pour vérifier qu'il peut accéder aux ressources externes requises. Consultez les journaux du flux de travail dans CloudWatch les journaux pour détecter les messages de réussite ou d'échec de connexion. Pour obtenir des instructions détaillées sur le test de connectivité, consultezTester la connectivité VPC.

Exigences du VPC

Votre VPC doit répondre aux exigences suivantes :

Exigences relatives aux sous-réseaux

Exigences de groupe de sécurité

Les groupes de sécurité contrôlent le trafic entrant et sortant pour vos courses.

Exigences relatives à l'interface réseau

HealthOmics fournit des interfaces réseau élastiques (ENIs) dans votre VPC pour connecter les circuits à votre réseau. Assurez-vous que votre AWS compte dispose d'une capacité ENI suffisante (limite par défaut : 5 000 ENIs par région).

ENIs créés par HealthOmics sont marqués avec les balises suivantes :

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

Configuration APIs

HealthOmics permet APIs de créer, de gérer et de supprimer des configurations VPC. Vous pouvez réutiliser les configurations lors de plusieurs exécutions de flux de travail.

CreateConfiguration

Crée une nouvelle ressource de configuration avec les paramètres réseau VPC. Pour un step-by-step exemple, voirÉtape 4 : Création d'une ressource de configuration.

Syntaxe de la demande :

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Paramètres :

Réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Valeurs d'état de configuration :

GetConfiguration

Récupère les détails d'une configuration spécifique.

Syntaxe de la demande :

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Répertorie toutes les configurations de votre compte.

Syntaxe de la demande :

aws omics list-configurations \
  --region region

Réponse :

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Supprime une configuration. Vous ne pouvez pas supprimer une configuration actuellement utilisée par des exécutions de flux de travail actives.

Syntaxe de la demande :

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Exécution de flux de travail avec un réseau VPC

Démarrage d'une exécution avec un réseau VPC

Pour utiliser le réseau VPC dans un flux de travail, spécifiez le networking-mode paramètre et : configuration-name

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Paramètres :

Affichage de la configuration réseau exécutée

GetRunÀ utiliser pour afficher la configuration réseau d'une exécution :

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

La réponse inclut le mode réseau, les détails de configuration et la configuration du VPC. L'exemple suivant montre les champs liés au VPC contenus dans la réponse :

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Immuabilité de la configuration

Les flux de travail utilisent un instantané de la configuration telle qu'elle existait au début de l'exécution. Vous pouvez modifier ou supprimer des configurations en toute sécurité pendant l'exécution des exécutions sans affecter les exécutions actives.

Considérations relatives au cache des appels

Lorsque vous utilisez un réseau VPC avec mise en cache des appels, assurez-vous que votre moteur de flux de travail est correctement configuré. Pour obtenir des instructions détaillées sur la mise en cache des appels par moteur, consultezFonctionnalités de mise en cache spécifiques au moteur.

Bonnes pratiques

Sécurité

Performance

Optimisation des coûts

Fonctionnement

Quotas de mise en réseau VPC

Le tableau suivant répertorie les quotas pour les configurations réseau VPC :

Pour demander une augmentation de quota, ouvrez la console Service Quotas, choisissez les AWS services AWS HealthOmics, recherchez, sélectionnez le quota que vous souhaitez augmenter et choisissez Demander une augmentation du quota. Les demandes d'augmentation de quota sont généralement traitées dans un délai de 1 à 2 jours ouvrables.