Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

# Jalankan simulasi dinamika molekuler GROMACS di Deadline Cloud
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

Bundel pekerjaan [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) menjalankan pipa simulasi dinamika molekul [GROMACS](https://www.gromacs.org/) dari struktur protein mentah hingga lintasan yang dianalisis. Pipa menjalankan persiapan sistem, minimisasi energi, NVT/NPT kesetimbangan, MD produksi, dan analisis (RMSD, RMSF, radius putaran, ikatan hidrogen). Beberapa replika independen terlepas secara paralel melalui `MaxReplicaIndex` parameter.

Bundel ini memerlukan pertanian Deadline Cloud dengan armada yang dikelola layanan Linux x86\_64 (minimal 4 vCPU) dan lingkungan antrian conda dengan from. `gromacs` `conda-forge` Tidak diperlukan skrip konfigurasi host atau resep conda khusus.

Bundel tersebut mencakup data sampel untuk lisozim putih telur ayam (PDB: 1AKI) dan file parameter MDP di bawah. `sample_inputs/mdp/`

Dari `job_bundles` direktori, kirimkan pekerjaan:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

Untuk menjalankan 10 replika independen secara paralel:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```