View a markdown version of this page

Jalankan penyaringan virtual dengan AutoDock Vina di Deadline Cloud - Awan Batas Waktu

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Jalankan penyaringan virtual dengan AutoDock Vina di Deadline Cloud

Bundel pekerjaan virtual_screening_vina di GitHub situs web menggunakan Vina untuk menyaring perpustakaan maj AutoDock emuk besar terhadap target protein. Bundel membagi perpustakaan majemuk menjadi potongan-potongan dan menyambungkannya secara paralel di seluruh armada pekerja, kemudian menggabungkan dan memberi peringkat hasil dengan afinitas mengikat.

Pipa berjalan empat langkah:

  1. PrepareReceptor— Mengonversi protein PDB ke format PDBQT dengan Open Babel.

  2. SplitLibrary— Membagi pustaka majemuk SDF menjadi N potongan.

  3. DockCompounds- Menjalankan N tugas docking paralel (satu per potongan). Setiap tugas adalah idempoten dan aman untuk Spot Preemption.

  4. ScoreAndRank— Menggabungkan semua hasil potongan menjadi CSV peringkat hit teratas.

Bundel ini membutuhkan armada yang dikelola layanan Linux x86_64 (disarankan Spot), lingkungan antrian conda dengan from, dan Vina. openbabel conda-forge AutoDock Instal Vina dengan membangun resep Membangun paket AutoDock Vina conda untuk Deadline Cloud conda ke saluran S3 Anda, atau dengan menginstal biner melalui skrip konfigurasi host armada.

Set CompoundLibrary=chembl el (default) untuk mengunduh dan menyaring molekul mirip obat secara otomatis dari ChemBL di situs EMBL-EBI web, atau berikan file SDF Anda sendiri.

Dari job_bundles direktori, kirimkan pekerjaan:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Untuk detail tentang membangun paket V AutoDock ina conda, lihatMembangun paket AutoDock Vina conda untuk Deadline Cloud.