View a markdown version of this page

Menambahkan wadah pribadi atau pihak ketiga selama pembuatan alur kerja - AWS HealthOmics
Pemetaan registriPemetaan gambar

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Menambahkan wadah pribadi atau pihak ketiga selama pembuatan alur kerja

Saat Anda membuat alur kerja baru, Anda dapat menentukan pemetaan registri dan gambar yang diperlukan oleh alur kerja Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat Buat alur kerja pribadi. Anda juga dapat memperbarui pemetaan registri dan gambar saat membuat versi alur kerja baru. Untuk informasi selengkapnya, lihat Buat versi alur kerja.

Bagian berikut menjelaskan pemetaan registri dan pemetaan gambar.

Pemetaan registri

Anda menentukan pemetaan registri untuk memetakan antara awalan di registri Amazon ECR pribadi Anda dan nama registri hulu. Satu peta registri dapat berisi pemetaan cache tarik melalui dan pemetaan untuk registri yang HealthOmics salinan dari.

Contoh berikut memetakan Docker Hub, Quay, dan Amazon ECR Public melalui pull through cache, dan memetakan Seqera Containers (community.wave.seqera.io) dengan kredensi sehingga HealthOmics menyalin gambar-gambarnya.

{
    "registryMappings": [
        {
            "upstreamRegistryUrl": "registry-1.docker.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "docker-hub"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "quay.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "quay"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "public.ecr.aws",
            "ecrRepositoryPrefix": "ecr-public"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "community.wave.seqera.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "wave-seqera",
            "credentialArn": "arn:aws:secretsmanager:us-east-1:111122223333:secret:omics-registry/seqera-EXAMPLE"
        }
    ]
}

Aturan berikut berlaku untuk pemetaan registri:

  • upstreamRegistryUrl harus benar-benar cocok dengan host registri di awal URI gambar. Misalnya, pemetaan untuk wave.seqera.io tidak mencakup gambar di community.wave.seqera.io.

  • Setiap host registri hulu yang referensi alur kerja memerlukan pemetaan. Gambar yang Anda referensikan oleh URI Amazon ECR pribadi mereka tidak membutuhkannya.

  • Tarik melalui pemetaan cache yang tidak digunakan credentialArn. Jika Anda menambahkan credentialArn ke pemetaan cache pull through, HealthOmics mengabaikannya.

  • Pemetaan untuk registri yang HealthOmics salinan dari harus termasuk credentialArn. Jika salah satu pemetaan ini tidak memiliki credentialArn, alur kerja gagal dengan kesalahan yang memberi nama registri.

  • Simpan upstreamRepositoryPrefix tidak disetel untuk Wave (wave.seqera.io).

CreateWorkflow dan CreateWorkflowVersion bersifat asinkron. Jika statusnya adalah FAILED, kesalahan muncul di statusMessage di GetWorkflow respon untuk alur kerja, atau GetWorkflowVersion respon untuk versi alur kerja.

Berikan peta sebaris dengan containerRegistryMap, atau sebagai URI Amazon S3 dengan containerRegistryMapUri, tidak keduanya. Untuk contoh CLI, lihat Konfigurasikan parameter pemetaan cache tarik melalui dan Konfigurasikan parameter pemetaan cache non-tarik.

Proses menjalankan menggunakan peta registri alur kerja atau versi alur kerja yang Anda jalankan, sehingga Anda tidak menambahkan apa pun ke StartRun.

Pemetaan gambar

Anda menentukan pemetaan gambar untuk dipetakan antara nama gambar seperti yang didefinisikan dalam alur kerja Amazon ECR pribadi Anda dan nama gambar di registri hulu.

Anda dapat menggunakan pemetaan gambar dengan registri yang didukung oleh Amazon ECR melalui cache, seperti Quay, dan dengan registri yang menarik melalui cache tidak didukung, seperti Seqera. HealthOmics tidak menyalin gambar untuk pemetaan gambar, jadi Anda menjaga repositori pribadi Anda tetap sinkron dengan registri hulu sendiri.

catatan

Pemetaan gambar lebih diutamakan daripada pemetaan registri.

Contoh berikut menunjukkan pemetaan dari gambar Amazon ECR pribadi ke gambar genomik publik dan gambar Ubuntu terbaru.

{
    "imageMappings": [
        {
            "sourceImage": "public.ecr.aws/aws-genomics/broadinstitute/gatk:4.6.0.2",
            "destinationImage": "111122223333.dkr.ecr.us-east-1.amazonaws.com/broadinstitute/gatk:4.6.0.2"
        },
        {
            "sourceImage": "ubuntu:latest",
            "destinationImage": "111122223333.dkr.ecr.us-east-1.amazonaws.com/custom/ubuntu:latest"
        }
    ]
}

Untuk informasi selengkapnya tentang menggunakan pemetaan registri dan gambar saat Anda membuat alur kerja, lihat Konfigurasikan parameter pemetaan cache tarik melalui.