View a markdown version of this page

Mereferensikan file genom dari definisi alur kerja - AWS HealthOmics

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Mereferensikan file genom dari definisi alur kerja

Ob HealthOmics jek penyimpanan referensi dapat dirujuk dengan URI seperti berikut ini. Gunakan milik Anda sendiriaccount ID,reference store ID, dan reference ID di mana ditunjukkan.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id

Beberapa alur kerja akan membutuhkan INDEX file SOURCE dan untuk genom referensi. URI sebelumnya adalah bentuk pendek default dan akan default ke file SOURCE. Untuk menentukan salah satu file, Anda dapat menggunakan formulir URI panjang, sebagai berikut.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

Menggunakan set baca urutan akan memiliki pola yang sama, seperti yang ditunjukkan.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json

Beberapa set baca, seperti yang didasarkan pada FASTQ, dapat berisi pembacaan berpasangan. Dalam contoh berikut, mereka disebut sebagai SOURCE1 dan SOURCE2. Format seperti BAM dan CRAM hanya akan memiliki file SOURCE1. Beberapa set baca akan berisi file INDEX seperti crai file bai atau. URI sebelumnya adalah bentuk pendek default dan akan default ke file SOURCE1. Untuk menentukan file atau indeks yang tepat, Anda dapat menggunakan formulir URI panjang, sebagai berikut.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Berikut ini adalah contoh file JSON input yang menggunakan dua URI Penyimpanan Omics.

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}

Referensikan file JSON input di AWS CLI dengan menambahkan --inputs file://<input_file.json> ke permintaan start-run Anda.