Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
# Mulai lari di HealthOmics
Saat memulai proses, Anda menentukan sumber daya yang HealthOmics dialokasikan untuk digunakan selama proses dijalankan.
Tentukan jenis penyimpanan run dan jumlah penyimpanan (untuk penyimpanan statis). Untuk memastikan isolasi dan keamanan data HealthOmics , berikan penyimpanan pada awal setiap proses, dan hentikan penyediaannya di akhir proses. Untuk informasi tambahan, lihat [Jalankan jenis penyimpanan dalam HealthOmics alur kerja](workflows-run-types.md).
Tentukan lokasi Amazon S3 untuk file output. Jika Anda menjalankan alur kerja volume tinggi secara bersamaan, gunakan URIs output Amazon S3 terpisah untuk setiap alur kerja untuk menghindari pembatasan bucket. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Mengatur objek menggunakan awalan](https://docs.aws.amazon.com/AmazonS3/latest/userguide/using-prefixes.html) di Panduan *Pengguna Amazon S3 dan Skalakan* [Koneksi Penyimpanan](https://docs.aws.amazon.com/whitepapers/latest/s3-optimizing-performance-best-practices/scale-storage-connections-horizontally.html) Secara Horizontal di whitepaper Mengoptimalkan Kinerja *Amazon* S3.
Anda juga dapat menentukan prioritas lari. Bagaimana prioritas memengaruhi proses tergantung pada apakah run dikaitkan dengan grup run. Untuk informasi tambahan, lihat [Jalankan prioritas](creating-run-groups.md#run-priority).
Jika alur kerja memiliki satu atau beberapa versi, Anda dapat menentukan versi saat memulai proses. Jika Anda tidak menentukan versi, HealthOmics mulai [versi alur kerja default](workflows-default-version.md).
Saat menggunakan HealthOmics API, Anda dapat memberikan ID permintaan unik untuk setiap proses. ID permintaan adalah token idempotensi yang HealthOmics digunakan untuk mengidentifikasi permintaan duplikat. dan memulai proses hanya sekali.
**catatan**
Anda menentukan peran layanan IAM saat memulai proses. Secara opsional, konsol dapat membuat peran layanan untuk Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Peran layanan untuk AWS HealthOmics](permissions-service.md).
**Topics**
+ [HealthOmics menjalankan parameter](#run-parameters)
+ [Memulai lari menggunakan konsol](#starting-a-run-console)
+ [Memulai menjalankan menggunakan API](#starting-a-run-api)
+ [Dapatkan informasi tentang lari](#getinfo-about-runs)
+ [Jaringan VPC](#start-run-vpc-networking)
## HealthOmics menjalankan parameter
Saat Anda memulai proses, Anda menentukan input run di file JSON parameter run atau Anda dapat memasukkan nilai parameter sebaris. Untuk informasi tentang mengelola ukuran file JSON parameter run, lihat[Mengelola ukuran parameter run](workflows-run-inputs.md#run-input-file-options).
HealthOmics mendukung jenis JSON berikut untuk nilai parameter.
| Jenis JSON | Contoh kunci dan nilai | Catatan |
| --- | --- | --- |
| boolean | “b” :benar | Nilai tidak dalam tanda kutip, dan semua huruf kecil. |
| integer | “Aku” :7 | Nilai tidak dalam tanda kutip. |
| number | “f” :42.3 | Nilai tidak dalam tanda kutip. |
| string | “s” :"karakter” | Nilai dalam tanda kutip. Gunakan tipe string untuk nilai teks dan URIs. Target URI harus jenis input yang diharapkan. |
| array | “a”: [1,2,3] | Nilai tidak dalam tanda kutip. Anggota array masing-masing harus memiliki tipe yang ditentukan oleh parameter input. |
| object | “o”: \$1"left” :"a”, “right” :1\$1 | Di WDL, objek peta ke WDL Pair, Map, atau Struct |
## Memulai lari menggunakan konsol
**Untuk memulai lari**
1. Buka [konsol HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih **Runs**.
1. Pada halaman **Runs**, pilih **Mulai jalankan**.
1. Di panel **Run details**, berikan informasi berikut
+ **Sumber alur kerja** - Pilih **alur kerja yang dimiliki atau alur kerja** **bersama**.
+ **ID alur kerja - ID** alur kerja yang terkait dengan proses ini.
+ **Versi alur kerja** (Opsional) - Pilih versi alur kerja yang akan digunakan untuk menjalankan ini. Jika Anda tidak memilih versi, proses akan menggunakan versi default alur kerja.
+ **Jalankan nama** - Nama khas untuk lari ini.
+ **Jalankan prioritas** (Opsional) - Prioritas proses ini. Angka yang lebih tinggi menentukan prioritas yang lebih tinggi, dan tugas prioritas tertinggi dijalankan terlebih dahulu.
+ **Jalankan tipe penyimpanan** - Tentukan jenis penyimpanan di sini untuk mengganti jenis penyimpanan run default yang ditentukan untuk alur kerja. Penyimpanan statis mengalokasikan jumlah penyimpanan yang tetap untuk dijalankan. Penyimpanan dinamis naik dan turun sesuai kebutuhan untuk setiap tugas yang dijalankan.
+ **Jalankan kapasitas penyimpanan** - Untuk penyimpanan run statis, tentukan jumlah penyimpanan yang diperlukan untuk menjalankan. Entri ini mengganti jumlah penyimpanan run default yang ditentukan untuk alur kerja.
+ **Pilih tujuan output S3** - Lokasi S3 tempat output run akan disimpan.
+ **ID akun pemilik bucket keluaran** (Opsional) - Jika akun Anda tidak memiliki bucket keluaran, masukkan Akun AWS ID pemilik bucket. Informasi ini diperlukan agar HealthOmics dapat memverifikasi kepemilikan bucket.
+ **Jalankan mode retensi metadata** - Pilih apakah akan mempertahankan metadata untuk semua proses atau minta sistem menghapus metadata run tertua saat akun Anda mencapai jumlah maksimum proses. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Jalankan mode retensi untuk HealthOmics berjalan](run-retention.md).
1. Di bawah **Peran layanan**, Anda dapat menggunakan peran layanan yang ada atau membuat yang baru.
1. (Opsional) Untuk **Tag**, Anda dapat menetapkan hingga 50 tag untuk dijalankan.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Pada halaman **Tambah nilai parameter**, berikan parameter run. Anda dapat mengunggah file JSON yang menentukan parameter atau memasukkan nilai secara manual.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Di panel **Run group**, Anda dapat secara opsional menentukan grup run untuk menjalankan ini. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Menggunakan grup HealthOmics lari](creating-run-groups.md).
1. Di panel **Run cache**, Anda dapat secara opsional menentukan cache run untuk proses ini. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Mengkonfigurasi run dengan run cache menggunakan konsol](workflow-cache-startrun.md#workflow-cache-startrun-console).
1. Pilih **Tinjau dan mulai jalankan**.
1. Setelah Anda meninjau konfigurasi run, pilih **Mulai jalankan**.
## Memulai menjalankan menggunakan API
Gunakan operasi API **start-run** untuk membuat dan memulai proses.
Contoh berikut menentukan ID alur kerja dan peran layanan. Contoh ini menetapkan mode retensi ke`REMOVE`. Untuk informasi selengkapnya tentang mode retensi, lihat[Jalankan mode retensi untuk HealthOmics berjalan](run-retention.md).
```
aws omics start-run
--workflow-id workflow id \
--role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
--name workflow name \
--retention-mode REMOVE
```
Sebagai tanggapan, Anda mendapatkan output berikut. `uuid`Ini unik untuk dijalankan, dan bersama dengan `outputUri` dapat digunakan untuk melacak di mana data output ditulis.
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567",
"id": "123456789",
"uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
"outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
"status": "PENDING"
}
```
### Sertakan file parameter
Jika templat parameter untuk alur kerja mendeklarasikan parameter yang diperlukan, Anda dapat memberikan file JSON lokal dari input saat memulai alur kerja. File JSON berisi nama yang tepat dari setiap parameter input dan nilai untuk parameter.
Referensikan file JSON masukan di AWS CLI dengan `--parameters file://` menambahkan `start-run` permintaan Anda. Untuk informasi selengkapnya tentang parameter run, lihat[HealthOmics jalankan masukan](workflows-run-inputs.md).
### Berikan ID permintaan
Anda dapat memberikan yang unik `requestId` untuk setiap lari. ID permintaan adalah token idempotensi yang HealthOmics digunakan untuk menangkap permintaan duplikat. Itu tidak akan memulai proses jika ID permintaan adalah duplikat dari proses sebelumnya.
Jika Anda menggunakan infrastruktur (seperti fungsi Lambda atau fungsi langkah) untuk mengatur proses mulai, praktik terbaik adalah memberikan ID permintaan unik untuk setiap permintaan. StartRun Ini memastikan bahwa jika infrastruktur Anda secara tidak sengaja memulai proses yang sudah dimulai, tidak HealthOmics akan memulai proses duplikat. Misalnya, jika infrastruktur mencoba untuk memulihkan dari kesalahan upstream, itu mungkin menjalankan kembali skrip yang mencoba memulai proses yang merupakan permintaan duplikat.
### Pilih versi alur kerja
Anda dapat menentukan versi alur kerja untuk dijalankan. Jika Anda tidak menentukan versi, HealthOmics mulai proses dengan versi alur kerja default.
```
aws omics start-run
--workflow-id workflow id \
...
--workflow-version-name '1.2.1'
```
### Ganti jenis penyimpanan run
Anda dapat mengganti jenis penyimpanan run default yang disetel dalam alur kerja.
```
aws omics start-run
--workflow-id workflow id \
...
--storage-type STATIC
--storage-capacity 2400
```
### Jalankan alur kerja GPU
Anda juga dapat menentukan ID alur kerja GPU, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut:
```
aws omics start-run
--workflow-id workflow id \
--role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
--name GPUTestRunModel \
--output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1
```
## Dapatkan informasi tentang lari
Anda dapat menggunakan ID dalam respons dengan API **get-run** untuk memeriksa status run, seperti yang ditunjukkan.
```
aws omics get-run --id run id
```
Respons dari operasi API ini memberi tahu Anda status alur kerja yang dijalankan. Status yang mungkin adalah`PENDING`,, `STARTING``RUNNING`, dan`COMPLETED`. Saat dijalankan`COMPLETED`, Anda dapat menemukan file keluaran yang dipanggil `outfile.txt` di bucket Amazon S3 keluaran Anda, di folder yang dinamai sesuai dengan ID run.
Operasi API **get-run** juga menampilkan detail lainnya, seperti apakah alur kerja itu `Ready2Run` atau, mesin alur kerja`PRIVATE`, dan detail akselerator. Contoh berikut menunjukkan respons untuk **menjalankan** alur kerja pribadi, dijelaskan dalam WDL dengan akselerator GPU dan tidak ada tag yang ditetapkan untuk menjalankan.
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
"id": "7830534",
"uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
"outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
"status": "COMPLETED",
"workflowId": "4074992",
"workflowType": "PRIVATE",
"workflowVersionName": "3.0.0",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236",
"name": "RunGroupMaxGpuTest",
"runGroupId": "9938959",
"digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac",
"accelerators": "GPU",
"outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1",
"startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/",
"creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
"startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
"stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
"tags": {}
}
```
Anda dapat melihat status semua proses dengan operasi API **list-run**, seperti yang ditunjukkan.
```
aws omics list-runs
```
Untuk melihat semua tugas diselesaikan untuk menjalankan tertentu, gunakan **list-run-tasks**API.
```
aws omics list-run-tasks --id task ID
```
Untuk mendapatkan detail tugas tertentu, gunakan get-run-task API.
```
aws omics get-run-task --id --task-id task ID
```
Setelah proses selesai, metadata dikirim ke CloudWatch bawah aliran. `manifest/run//`
Berikut ini adalah contoh manifes.
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
"creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
"resourceDigests": {
"s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
"s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
},
"digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
"engine": "WDL",
"main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
"name": "1044-gvcfs",
"outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
"parameters": {
"callset_name": "cohort",
"input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
"interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
"ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
"startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
"startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
"storageCapacity": 9600,
"uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
"workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
"workflowType": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
"cpus": 16,
"creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
"image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
"imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
"memory": 32,
"name": "geno-123",
"run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
"startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
"status": "SUCCESS",
"stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
"uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
},
...
```
Jalankan metadata tidak dihapus jika tidak ada di log. CloudWatch
## Jaringan VPC
Anda dapat mengonfigurasi proses untuk menggunakan jaringan VPC, yang memungkinkan berjalan untuk mengakses sumber daya melalui internet publik atau jaringan pribadi. Tentukan mode jaringan dan nama konfigurasi saat Anda memulai proses:
```
aws omics start-run \
--workflow-id workflow-id \
--role-arn role-arn \
--output-uri s3://bucket-name/prefix/ \
--networking-mode VPC \
--configuration-name configuration-name \
--region region
```
Lihat informasi yang lebih lengkap di [Menghubungkan HealthOmics alur kerja ke VPC](workflows-vpc-networking.md).