View a markdown version of this page

HealthOmics persyaratan definisi alur kerja - AWS HealthOmics

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

HealthOmics persyaratan definisi alur kerja

File definisi HealthOmics alur kerja harus memenuhi persyaratan berikut:

  • Tugas harus menentukan input/output parameter, repositori wadah Amazon ECR, dan spesifikasi runtime seperti memori atau alokasi CPU.

  • Pastikan peran IAM Anda memiliki izin yang diperlukan.

    • Alur kerja Anda memiliki akses ke data input dari AWS sumber daya, seperti Amazon S3.

    • Alur kerja Anda memiliki akses ke layanan repositori eksternal bila diperlukan.

  • Deklarasikan file output dalam definisi alur kerja. Untuk menyalin file run menengah ke lokasi output, deklarasikan sebagai output alur kerja.

  • Lokasi input dan output harus berada di Wilayah yang sama dengan alur kerja.

  • HealthOmics input alur kerja penyimpanan harus dalam ACTIVE status. HealthOmics tidak akan mengimpor input dengan ARCHIVED status, menyebabkan alur kerja gagal. Untuk informasi tentang input objek Amazon S3, lihatHealthOmics jalankan masukan.

  • mainLokasi alur kerja adalah opsional jika arsip ZIP Anda berisi definisi alur kerja tunggal atau file bernama 'main'.

    • Contoh jalur: workflow-definition/main-file.wdl

  • Sebelum Anda membuat alur kerja dari Amazon S3 atau drive lokal Anda, buat arsip zip file definisi alur kerja dan dependensi apa pun, seperti subalur kerja.

  • Kami menyarankan Anda mendeklarasikan wadah Amazon ECR dalam alur kerja sebagai parameter input untuk validasi izin Amazon ECR.

Pertimbangan Nextflow tambahan:

  • /bin

    Definisi alur kerja Nextflow mungkin menyertakan folder /bin dengan skrip yang dapat dieksekusi. Jalur ini memiliki read-only plus akses yang dapat dieksekusi ke tugas. Tugas yang bergantung pada skrip ini harus menggunakan wadah yang dibangun dengan penafsir skrip yang sesuai. Praktik terbaik adalah memanggil penerjemah secara langsung. Contoh:

    process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}

  • includeConfig

    Nextflow-based definisi alur kerja dapat menyertakan file nextflow.config yang membantu mengabstraksi definisi parameter atau memproses profil sumber daya. Untuk mendukung pengembangan dan eksekusi pipeline Nextflow di beberapa lingkungan, gunakan HealthOmics-specific konfigurasi yang Anda tambahkan ke konfigurasi global menggunakan direktif IncludeConfig. Untuk mempertahankan portabilitas, konfigurasikan alur kerja untuk menyertakan file hanya saat HealthOmics dijalankan dengan menggunakan kode berikut:

    // at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}

  • Reports

    HealthOmics mendukung laporan eksekusi Nextflow, timeline, trace, dan laporan DAG. Konfigurasikan setiap laporan untuk menulis outputnya di bawah /mnt/workflow/output/ sehingga meng HealthOmics ekspornya ke lokasi output Amazon S3 yang Anda jalankan. Untuk informasi selengkapnya, lihat Hasilkan laporan eksekusi Nextflow.

  • Validasi sintaks otomatis — Untuk WDL dan Nextflow, HealthOmics jalankan linter bawaan selama pembuatan alur kerja. Untuk informasi selengkapnya, lihat Pengaruh alur kerja di HealthOmics.

Pertimbangan CWL tambahan:

  • Container image uri interpolation

    HealthOmics memungkinkan properti DockerPull DockerRequirement menjadi ekspresi javascript sebaris. Contoh:

    requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"

    Ini memungkinkan Anda untuk menentukan URI gambar kontainer sebagai parameter input ke alur kerja.

  • Javascript expressions

    Ekspresi Javascript harus strict mode sesuai.

  • Operation process

    HealthOmics tidak mendukung proses Operasi CWL.