Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
# Pembuatan versi alur kerja di HealthOmics
Jika Anda perlu membuat perubahan pada alur kerja, Anda dapat membuat alur kerja baru atau versi alur kerja baru. Versi tidak dapat diubah, kecuali untuk perubahan konfigurasi yang diizinkan yang tidak memengaruhi logika eksekusi.
Versi alur kerja memberikan manfaat berikut:
+ Versi membentuk kelompok logis alur kerja yang terkait. Anda dapat menambahkan nama yang ditentukan pengguna ke setiap versi alur kerja untuk mengelolanya dengan lebih mudah (terutama untuk alur kerja dengan sejumlah besar versi).
+ Anda dapat menjalankan beberapa versi alur kerja secara bersamaan.
+ Semua versi alur kerja berbagi ID alur kerja dan ARN dasar yang sama, yang dapat menyederhanakan pengelolaan pipeline setelah Anda memodifikasi alur kerja.
+ Versi alur kerja menyediakan tingkat asal data yang sama dengan alur kerja. Versi tidak dapat diubah, dan HealthOmics membuat ARN unik untuk setiap versi alur kerja. Versi ARN menyertakan ID alur kerja dan nama versi, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut:
`arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/myUniqueVersionName`
+ Jika Anda memiliki alur kerja bersama, Anda dapat memperbarui alur kerja tanpa mengganggu pelanggan (yang dapat terus menggunakan versi sebelumnya). Pelanggan dapat mengakses semua versi alur kerja. Jika Anda membuat versi baru, Anda tidak perlu membagikan ulang alur kerja.
+ Saat memulai alur kerja, Anda dapat menentukan versi alur kerja.
+ Pengguna dapat memilih untuk tetap pada versi stabil untuk produksi berjalan, dan mencoba versi terbaru untuk uji coba.
+ Pengguna dapat kembali ke alur kerja versi sebelumnya, jika mereka mengalami masalah dengan versi baru.
+ Pelanggan alur kerja bersama dapat memilih versi mana yang akan digunakan.
**Topics**
+ [Versi alur kerja default](workflows-default-version.md)
+ [Buat versi alur kerja](workflows-version-create.md)
+ [Memperbarui versi alur kerja](workflows-version-update.md)
+ [Menghapus versi alur kerja](workflows-version-delete.md)
# Versi alur kerja default
Setelah Anda membuat satu atau beberapa versi alur kerja, HealthOmics memperlakukan alur kerja asli sebagai versi default. Saat memulai proses, Anda dapat menentukan versi alur kerja untuk menjalankan secara opsional. Jika Anda tidak menentukan versi saat memulai proses, HealthOmics gunakan versi default.
Di konsol, HealthOmics menunjukkan alur kerja asli dengan label **versi Default**. Konsol menggunakan label ini hanya setelah Anda membuat satu atau beberapa versi alur kerja. Alur kerja asli selalu tetap menjadi versi default. Anda tidak dapat menetapkan versi lain untuk menjadi default.
Anda tidak dapat menghapus versi default alur kerja jika ada versi lain yang terkait dengan alur kerja. Lihat informasi yang lebih lengkap di [Menghapus alur kerja pribadi](delete-private-workflow.md).
# Buat versi alur kerja
Saat membuat alur kerja versi baru, Anda perlu menentukan nilai konfigurasi untuk versi baru. Itu tidak mewarisi nilai konfigurasi apa pun dari alur kerja.
Saat Anda membuat versi, berikan nama versi yang unik untuk alur kerja ini. Anda tidak dapat mengubah nama setelah HealthOmics membuat versi.
Nama versi harus dimulai dengan huruf atau angka dan dapat mencakup huruf besar dan huruf kecil, angka, tanda hubung, titik dan garis bawah. Panjang maksimum adalah 64 karakter. Misalnya, Anda dapat menggunakan skema penamaan sederhana, seperti version1, version2, version3. Anda juga dapat mencocokkan versi alur kerja Anda dengan konvensi versi internal Anda sendiri, seperti 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2.
Secara opsional, gunakan kolom deskripsi versi untuk menambahkan catatan tentang versi ini. Sebagai contoh: **Fix for syntax error in workflow definition**.
**catatan**
Jangan sertakan informasi identitas pribadi (PII) apa pun dalam nama versi. Nama versi muncul di alur kerja versi ARN.
HealthOmics menetapkan ARN unik ke versi alur kerja. ARN unik berdasarkan kombinasi ID alur kerja dan nama versi.
**Awas**
Setelah menghapus versi alur kerja, Anda dapat HealthOmics menggunakan kembali nama versi untuk versi alur kerja yang berbeda. Praktik terbaik adalah tidak menggunakan kembali nama versi. Jika Anda menggunakan kembali nama, alur kerja dan setiap versi memiliki UUID unik yang dapat Anda gunakan sebagai sumber.
**Topics**
+ [Buat versi alur kerja menggunakan konsol](#workflow-versions-console-create)
+ [Buat versi alur kerja menggunakan CLI](#workflow-versions-api-create)
+ [Membuat versi alur kerja menggunakan SDK](#workflow-versions-sdk)
+ [Verifikasi status versi alur kerja](#using-get-workflow)
## Buat versi alur kerja menggunakan konsol
**Langkah-langkah untuk membuat versi alur kerja**
1. Buka [konsol HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih **Alur kerja pribadi**.
1. Pada halaman **alur kerja pribadi**, pilih alur kerja untuk versi baru.
1. Pada halaman **Rincian alur kerja**, pilih **Buat versi baru**.
1. Pada halaman **Buat versi**, berikan informasi berikut:
1. **Nama versi**: Masukkan nama untuk versi alur kerja yang unik di seluruh alur kerja.
1. **Deskripsi versi** (opsional): Anda dapat menggunakan bidang deskripsi untuk menambahkan catatan tentang versi ini.
1. Di panel **definisi Alur Kerja**, berikan informasi berikut:
1. **Bahasa alur kerja** (opsional): Pilih bahasa spesifikasi untuk versi alur kerja. Jika tidak, HealthOmics tentukan bahasa dari definisi alur kerja.
1. Untuk **sumber definisi Alur Kerja**, pilih untuk mengimpor folder definisi dari repositori berbasis Git, lokasi Amazon S3, atau dari drive lokal.
1. Untuk **Impor dari layanan repositori**:
**catatan**
HealthOmics mendukung repositori publik dan pribadi untukGitHub,,, GitLabBitbucket,GitHub self-managed. GitLab self-managed
1. Pilih **Koneksi** untuk menghubungkan AWS sumber daya Anda ke repositori eksternal. Untuk membuat koneksi, lihat[Connect dengan repositori kode eksternal](setting-up-new.md#setting-up-omics-repository).
**catatan**
Pelanggan di TLV wilayah tersebut perlu membuat koneksi di wilayah IAD (us-east-1) untuk membuat alur kerja.
1. Dalam ID **repositori lengkap, masukkan ID repositori** Anda sebagai nama pengguna/repo-nama. Pastikan Anda memiliki akses ke file di repositori ini.
1. Dalam **referensi Sumber** (opsional), masukkan referensi sumber repositori (cabang, tag, atau ID komit). HealthOmics menggunakan cabang default jika tidak ada referensi sumber yang ditentukan.
1. Di **Kecualikan pola file**, masukkan pola file untuk mengecualikan folder, file, atau ekstensi tertentu. Ini membantu mengelola ukuran data saat mengimpor file repositori. Ada maksimal 50 pola, dan pola harus mengikuti sintaks [pola glob](https://fossil-scm.org/home/doc/tip/www/globs.md). Contoh:
1. `tests/`
1. `*.jpeg`
1. `large_data.zip`
1. Untuk **Pilih folder definisi dari S3**:
1. Masukkan lokasi Amazon S3 yang berisi folder definisi alur kerja zip. Bucket Amazon S3 harus berada di wilayah yang sama dengan alur kerja.
1. Jika akun Anda tidak memiliki bucket Amazon S3, masukkan ID akun pemilik bucket di ID AWS akun **pemilik bucket S3**. Informasi ini diperlukan agar HealthOmics dapat memverifikasi kepemilikan bucket.
1. Untuk **Pilih folder definisi dari sumber lokal**:
1. Masukkan lokasi drive lokal dari folder definisi alur kerja zip.
1. **Jalur file definisi alur kerja utama** (opsional): Masukkan jalur file dari folder definisi alur kerja zip atau repositori ke file. `main` Parameter ini tidak diperlukan jika hanya ada satu file di folder definisi alur kerja, atau jika file utama diberi nama “main”.
1. Di panel **file README** (opsional), pilih **Sumber file README** dan berikan informasi berikut:
+ Untuk **Impor dari layanan repositori**, di **jalur file README, masukkan path** ke file README dalam repositori.
+ Untuk **Pilih file dari S3**, dalam **file README di S3**, masukkan URI Amazon S3 untuk file README.
+ Untuk **Pilih file dari sumber lokal**: di **README - opsional**, **pilih Pilih file untuk memilih file** penurunan harga (.md) yang akan diunggah.
1. Di panel **konfigurasi penyimpanan run default**, berikan tipe penyimpanan run default dan kapasitas untuk menjalankan yang menggunakan alur kerja ini:
1. **Jalankan jenis penyimpanan**: Pilih apakah akan menggunakan penyimpanan statis atau dinamis sebagai default untuk penyimpanan berjalan sementara. Defaultnya adalah penyimpanan statis.
1. **Jalankan kapasitas penyimpanan** (opsional): Untuk jenis penyimpanan run statis, Anda dapat memasukkan jumlah default penyimpanan run yang diperlukan untuk alur kerja ini. Nilai default untuk parameter ini adalah 1200 GiB. Anda dapat mengganti nilai default ini saat memulai proses.
1. **Tag** (opsional): Anda dapat mengaitkan hingga 50 tag dengan versi alur kerja ini.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Pada halaman **Tambahkan parameter alur kerja** (opsional), pilih **sumber Parameter:**
1. Untuk **Parse dari file definisi alur kerja**, secara otomatis HealthOmics akan mengurai parameter alur kerja dari file definisi alur kerja.
1. Untuk **menyediakan template parameter dari repositori** Git, gunakan path ke file template parameter dari repositori Anda.
1. Untuk **Pilih file JSON dari sumber lokal**, unggah JSON file dari sumber lokal yang menentukan parameter.
1. Untuk **Masukkan parameter alur kerja secara** manual, masukkan nama dan deskripsi parameter secara manual.
1. Di panel **pratinjau Parameter**, Anda dapat meninjau atau mengubah parameter untuk versi alur kerja ini. Jika Anda mengembalikan JSON file, Anda kehilangan perubahan lokal yang Anda buat.
1. Pada halaman **pemetaan ulang URI Container**, di panel **aturan Pemetaan, Anda dapat menentukan aturan** pemetaan URI untuk alur kerja Anda.
Untuk **Sumber file pemetaan**, pilih salah satu opsi berikut:
+ **Tidak ada** - Tidak ada aturan pemetaan yang diperlukan.
+ **Pilih file JSON dari S3** - Tentukan lokasi S3 untuk file pemetaan.
+ **Pilih file JSON dari sumber lokal** - Tentukan lokasi file pemetaan di perangkat lokal Anda.
+ **Masukkan pemetaan secara manual** **- masukkan pemetaan registri dan pemetaan gambar di panel Pemetaan.**
1. Konsol menampilkan panel **Pemetaan.** Jika Anda memilih file sumber pemetaan, konsol menampilkan nilai dari file.
1. Dalam **pemetaan Registry**, Anda dapat mengedit pemetaan atau menambahkan pemetaan (maksimum 20 pemetaan registri).
Setiap pemetaan registri berisi bidang-bidang berikut:
+ **URL registri hulu** — URI dari registri hulu.
+ **Awalan repositori ECR - Awalan** repositori untuk digunakan dalam repositori pribadi Amazon ECR.
+ (Opsional) **Awalan repositori hulu - Awalan** repositori di registri hulu.
+ (Opsional) **ID akun ECR** — ID akun akun yang memiliki gambar kontainer hulu.
1. Dalam **pemetaan Gambar**, Anda dapat mengedit pemetaan gambar atau menambahkan pemetaan (maksimum 100 pemetaan gambar).
Setiap pemetaan gambar berisi bidang-bidang berikut:
+ **Gambar sumber** - Menentukan URI gambar sumber di registri hulu.
+ **Gambar tujuan** - Menentukan URI gambar yang sesuai di registri ECR Amazon pribadi.
1. Pilih **Berikutnya**.
1. Tinjau konfigurasi versi, lalu pilih **Buat versi**.
Saat versi dibuat, konsol kembali ke halaman detail alur kerja dan menampilkan versi baru di tabel **Alur Kerja dan versi**.
## Buat versi alur kerja menggunakan CLI
Anda dapat membuat versi alur kerja menggunakan operasi `CreateWorkflowVersion` API. Untuk parameter opsional, HealthOmics gunakan default berikut:
| Parameter | Default |
| --- | --- |
| Engine | Ditentukan dari definisi alur kerja |
| Tipe penyimpanan | Statis |
| Kapasitas penyimpanan (untuk penyimpanan statis) | 1200 GiB |
| Utama | Ditentukan berdasarkan isi folder definisi alur kerja. Lihat perinciannya di [HealthOmics persyaratan definisi alur kerja](workflow-defn-requirements.md). |
| Akselerator | none |
| Tanda | none |
Contoh CLI berikut membuat versi alur kerja dengan penyimpanan statis sebagai penyimpanan run default:
```
aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567 \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC' \
--storage-capacity 1200 \
--tags example123=string \
--accelerators GPU
```
Jika file definisi alur kerja Anda terletak di folder Amazon S3, masukkan lokasi menggunakan `definition-uri` parameter, bukan. `definition-zip` Untuk informasi selengkapnya, lihat [CreateWorkflowVersion](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/api/API_CreateWorkflowVersion.html)di AWS HealthOmics API Referensi.
Anda menerima tanggapan berikut `create-workflow-version` atas permintaan tersebut.
```
{
"workflowId": "1234567",
"versionName": "my_version",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
"status": "ACTIVE",
"tags": {
"environment": "production",
"owner": "team-alpha"
},
"uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}
```
## Membuat versi alur kerja menggunakan SDK
Anda dapat membuat alur kerja menggunakan salah satu. SDKs
Contoh berikut menunjukkan cara membuat versi alur kerja menggunakan Python SDK
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
with open('definition.zip', 'rb') as f:
definition = f.read()
response = omics.create_workflow_version(
workflowId='1234567',
versionName='my_version',
requestId='my_request_1'
definitionZip=definition,
parameterTemplate={ ... }
)
```
## Verifikasi status versi alur kerja
Setelah membuat versi alur kerja, Anda dapat memverifikasi status dan melihat detail alur kerja lainnya menggunakan **get-workflow-version**, seperti yang ditunjukkan.
```
aws omics get-workflow-version
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"
```
Respons memberi Anda detail alur kerja Anda, termasuk status, seperti yang ditunjukkan.
```
{
"workflowId": "1234567",
"versionName": "3.0.0",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
"status": "ACTIVE",
"description": ...
"uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}
```
Sebelum Anda dapat memulai proses dengan versi alur kerja ini, status harus beralih ke`ACTIVE`.
# Memperbarui versi alur kerja
Anda dapat memperbarui deskripsi dan konfigurasi penyimpanan run default untuk versi alur kerja pribadi. Untuk mengubah informasi lain dalam versi alur kerja, buat versi baru.
**Topics**
+ [Memperbarui versi alur kerja menggunakan konsol](#workflow-versions-console-update)
+ [Perbarui versi alur kerja menggunakan CLI](#workflow-versions-api-update)
+ [Memperbarui versi alur kerja menggunakan SDK](#workflow-versions-sdk-update)
## Memperbarui versi alur kerja menggunakan konsol
**Untuk memperbarui versi alur kerja**
1. Buka [konsol HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih **Alur kerja pribadi**.
1. Pada halaman **alur kerja pribadi**, pilih alur kerja.
1. Pada halaman **Alur Kerja**, pilih versi alur kerja yang akan diperbarui dan pilih **Edit dipilih** dari daftar **Tindakan**.
+ Jika Anda memilih versi default, konsol akan membuka halaman **Edit alur kerja**. Untuk informasi selengkapnya, lihat [Memperbarui alur kerja pribadi](update-private-workflow.md).
+ Jika Anda memilih versi yang ditentukan pengguna, konsol akan membuka halaman **Edit versi**.
1. Pada halaman **Edit versi**, berikan informasi berikut
+ **Deskripsi versi** (opsional) - Deskripsi versi ini.
1. Di panel **konfigurasi penyimpanan jalankan default**, berikan nilai default berikut untuk proses yang menggunakan versi alur kerja ini. Anda dapat mengganti nilai default saat memulai proses:
+ Untuk **jenis penyimpanan Jalankan**, pilih **Statis** atau **Dinamis**.
+ Untuk penyimpanan run statis, pilih jumlah default **kapasitas penyimpanan Jalankan** untuk proses yang menggunakan versi alur kerja ini. Nilai default untuk parameter ini adalah 1200 GiB.
1. Pilih **Simpan perubahan**.
Konsol kembali ke halaman detail alur kerja dan menampilkan spanduk halaman dengan versi alur kerja yang diperbarui.
## Perbarui versi alur kerja menggunakan CLI
Anda dapat memperbarui parameter untuk versi alur kerja menggunakan perintah CLI berikut. Kombinasi ID alur kerja dan nama versi secara unik mengidentifikasi versi.
```
aws omics update-workflow-version
--workflow-id 1234567
--version-name "my_version"
--storage-type 'STATIC'
--storage-capacity 2400
--description "version description"
```
Anda tidak menerima tanggapan `update-workflow-version` atas permintaan tersebut.
## Memperbarui versi alur kerja menggunakan SDK
Anda dapat memperbarui versi alur kerja menggunakan salah satu versi. SDKs Contoh SDK python berikut menunjukkan cara memperbarui jenis penyimpanan dan deskripsi untuk versi alur kerja.
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
response = omics.update_workflow_version(
workflowID=1234567,
versionName='3.0.0',
storageType='DYNAMIC',
description='new version description'
)
```
# Menghapus versi alur kerja
Anda dapat menghapus versi alur kerja yang ditentukan pengguna menggunakan konsol, CLI, atau salah satu versi. SDKs Menghapus versi alur kerja tidak memengaruhi proses yang sedang berlangsung yang menggunakan versi alur kerja.
Anda tidak dapat menghapus[Versi alur kerja default](workflows-default-version.md). Anda menghapus semua versi yang ditentukan pengguna, lalu menghapus alur kerja.
**Topics**
+ [Menghapus versi alur kerja menggunakan konsol](#workflow-versions-console-delete)
+ [Hapus versi alur kerja menggunakan CLI](#workflow-versions-api-delete)
+ [Menghapus versi alur kerja menggunakan SDK](#workflow-versions-sdk-delete)
## Menghapus versi alur kerja menggunakan konsol
**Untuk menghapus versi alur kerja**
1. Buka [konsol HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih **Alur kerja pribadi**.
1. Pada halaman **alur kerja pribadi**, pilih alur kerja.
1. Pada halaman **Alur Kerja**, pilih versi alur kerja yang akan dihapus dan pilih **Hapus yang dipilih** dari daftar **Tindakan**.
1. Dalam modal **versi Hapus alur kerja**, masukkan “konfirmasi” untuk mengonfirmasi penghapusan.
1. Pilih **Hapus**.
Konsol menampilkan spanduk halaman dengan versi alur kerja yang dihapus.
## Hapus versi alur kerja menggunakan CLI
Anda dapat menghapus versi alur kerja yang ditentukan pengguna menggunakan perintah CLI berikut. Kombinasi ID alur kerja dan nama versi secara unik mengidentifikasi versi.
```
aws omics delete-workflow-version
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"
```
Anda tidak menerima tanggapan `delete-workflow-version` atas permintaan tersebut.
## Menghapus versi alur kerja menggunakan SDK
Anda dapat menghapus alur kerja menggunakan salah satu file. SDKs
Contoh berikut menunjukkan cara menghapus alur kerja menggunakan Python SDK.
```
import boto3
omics = boto3.client('omics')
response = omics.delete_workflow_version(
workflowID=1234567,
versionName='3.0.0'
)
```