HealthOmics esempi utilizzando AWS CLI

Per interrompere il caricamento di un set di lettura in più parti

L'abort-multipart-read-set-uploadesempio seguente interrompe il caricamento di un set di lettura in più parti nel vostro archivio di HealthOmics sequenze.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Questo comando non produce alcun output.

Per ulteriori informazioni, consultate Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per accettare una condivisione dei dati di analisi, archivia i dati

L'accept-shareesempio seguente accetta una condivisione di dati dell'archivio di HealthOmics analisi.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Condivisione tra account nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per eliminare più set di lettura

L'batch-delete-read-setesempio seguente elimina due set di lettura.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Se si verifica un errore durante l'eliminazione di uno dei set di lettura specificati, il servizio restituisce un elenco di errori.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per annullare un processo di importazione di annotazioni

L'cancel-annotation-import-jobesempio seguente annulla un processo di importazione di annotazioni con ID. 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per annullare una corsa

L'cancel-runesempio seguente annulla un'esecuzione con ID. 1234567

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per annullare un processo di importazione di varianti

L'cancel-variant-import-jobesempio seguente annulla un processo di importazione di varianti con ID. 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per concludere un caricamento in più parti dopo aver caricato tutti i componenti.

L'complete-multipart-read-set-uploadesempio seguente conclude un caricamento in più parti in un archivio di sequenze una volta caricati tutti i componenti.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Output:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Per ulteriori informazioni, consultate Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per creare una nuova versione di un archivio di annotazioni

L'create-annotation-store-versionesempio seguente crea una nuova versione di un archivio di annotazioni.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Output:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Per ulteriori informazioni, vedere Creazione di nuove versioni di archivi di annotazioni nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Esempio 1: creare un archivio di VCF annotazioni

L'create-annotation-storeesempio seguente crea un archivio di annotazioni VCF in formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Esempio 2: creare un archivio di TSV annotazioni

L'create-annotation-storeesempio seguente crea un archivio di annotazioni TSV in formato.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.jsonconfigura le opzioni di formato per le annotazioni.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per iniziare un caricamento di un set di lettura in più parti.

L'create-multipart-read-set-uploadesempio seguente avvia il caricamento di un set di lettura in più parti.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Output:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Per ulteriori informazioni, vedete Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per creare un archivio di riferimento

L'create-reference-storeesempio seguente crea un archivio di riferimentomy-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per creare un gruppo di corsa

L'create-run-groupesempio seguente crea un gruppo di esecuzioni denominatocram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per creare un archivio di sequenze

L'create-sequence-storeesempio seguente crea un archivio di sequenze.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per creare una condivisione di un archivio di HealthOmics analisi

L'create-shareesempio seguente mostra come creare una condivisione di un negozio di HealthOmics analisi che possa essere accettata da un abbonato esterno all'account.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Output:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Condivisione tra account nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per creare un negozio di varianti

L'create-variant-storeesempio seguente crea un archivio di varianti denominatomy_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per creare un flusso di lavoro

L'create-workflowesempio seguente crea un WDL flusso di lavoro.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zipè un ZIP archivio contenente una definizione del flusso di lavoro. workflow-params.jsondefinisce i parametri di runtime per il flusso di lavoro.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare una versione dell'archivio delle annotazioni

L'delete-annotation-store-versionsesempio seguente elimina una versione dell'archivio delle annotazioni.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Output:

{
    "errors": []
}

Per ulteriori informazioni, vedere Creazione di nuove versioni degli archivi di annotazioni nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per eliminare un archivio di annotazioni

L'delete-annotation-storeesempio seguente elimina un archivio di annotazioni denominato. my_vcf_store

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un archivio di riferimento

L'delete-reference-storeesempio seguente elimina un archivio di riferimenti con ID. 1234567890

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un riferimento

L'delete-referenceesempio seguente elimina un riferimento.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un gruppo di esecuzione

L'delete-run-groupesempio seguente elimina un gruppo di esecuzione con ID. 1234567

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un flusso di lavoro, esegui

L'delete-runesempio seguente elimina un'esecuzione con ID. 1234567

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un archivio di sequenze

L'delete-sequence-storeesempio seguente elimina un archivio di sequenze con ID. 1234567890

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare una condivisione di dati di HealthOmics analisi

L'delete-shareesempio seguente elimina una condivisione di dati di analisi tra account.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Condivisione tra account nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per eliminare un archivio di varianti

L'delete-variant-storeesempio seguente elimina un archivio di varianti denominatomy_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eliminare un flusso di lavoro

L'delete-workflowesempio seguente elimina un flusso di lavoro con ID. 1234567

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un processo di importazione di annotazioni

L'get-annotation-import-jobesempio seguente ottiene dettagli su un processo di importazione di annotazioni.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per recuperare i metadati per una versione dell'archivio di annotazioni

L'get-annotation-store-versionesempio seguente recupera i metadati per la versione dell'annotation store richiesta.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Output:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Per ulteriori informazioni, consultate Creazione di nuove versioni degli archivi di annotazioni nella Guida per l'utente.AWS HealthOmics

Per visualizzare un archivio di annotazioni

L'get-annotation-storeesempio seguente ottiene dettagli su un archivio di annotazioni denominato. my_ann_store

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un processo di attivazione del set di lettura

L'get-read-set-activation-jobesempio seguente fornisce dettagli su un processo di attivazione del set di lettura.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un processo di esportazione con set di lettura

L'get-read-set-export-jobesempio seguente fornisce dettagli su un processo di esportazione di set di lettura.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un processo di importazione di set di lettura

L'get-read-set-import-jobesempio seguente fornisce dettagli su un processo di importazione di set di lettura.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un set di lettura

L'get-read-set-metadataesempio seguente ottiene dettagli sui file di un set di lettura.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per scaricare un set di lettura

L'get-read-setesempio seguente scarica la parte 3 di un set di lettura come1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un processo di importazione di riferimenti

L'get-reference-import-jobesempio seguente ottiene dettagli su un processo di importazione di riferimenti.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un riferimento

L'get-reference-metadataesempio seguente fornisce dettagli su un riferimento.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un negozio di riferimento

L'get-reference-storeesempio seguente fornisce dettagli su un negozio di riferimento.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per scaricare un riferimento al genoma

L'get-referenceesempio seguente scarica la parte 1 di un genoma come. hg38.1.fa

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un gruppo di corsa

L'get-run-groupesempio seguente fornisce dettagli su un gruppo di corsa.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un'attività

L'get-run-taskesempio seguente fornisce dettagli su un'attività del flusso di lavoro.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Output:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un flusso di lavoro, esegui

L'get-runesempio seguente fornisce dettagli sull'esecuzione di un flusso di lavoro.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un archivio di sequenze

L'get-sequence-storeesempio seguente ottiene dettagli su un archivio di sequenze con ID1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per recuperare i metadati relativi a una condivisione di dati di analisi HealthOmics

L'get-shareesempio seguente recupera i metadati per una condivisione di dati di analisi tra account.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Condivisione tra account nella Guida per l'utente.AWS HealthOmics

Per visualizzare un processo di importazione di varianti

L'get-variant-import-jobesempio seguente fornisce dettagli su un processo di importazione di varianti.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un negozio di varianti

L'get-variant-storeesempio seguente fornisce dettagli su un negozio di varianti.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per visualizzare un flusso di lavoro

L'get-workflowesempio seguente fornisce dettagli su un flusso di lavoro con ID1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco dei lavori di importazione delle annotazioni

Di seguito list-annotation-import-jobs viene visualizzato un elenco dei lavori di importazione delle annotazioni.

aws omics list-annotation-import-jobs

Output:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per elencare tutte le versioni di un archivio di annotazioni.

L'list-annotation-store-versionsesempio seguente elenca tutte le versioni esistenti di un archivio di annotazioni.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Output:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Per ulteriori informazioni, vedere Creazione di nuove versioni di archivi di annotazioni nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per ottenere un elenco di archivi di annotazioni

L'list-annotation-storesesempio seguente ottiene un elenco di archivi di annotazioni.

aws omics list-annotation-stores

Output:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per elencare tutti i caricamenti di set di lettura in più parti e i relativi stati.

L'list-multipart-read-set-uploadsesempio seguente elenca tutti i caricamenti di set di lettura in più parti e i relativi stati.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Output:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consultate Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per ottenere un elenco dei processi di attivazione dei set di lettura

L'list-read-set-activation-jobsesempio seguente ottiene un elenco di processi di attivazione per un archivio di sequenze con id1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

To ottiene un elenco di lavori di esportazione con set di lettura

L'list-read-set-export-jobsesempio seguente ottiene un elenco di processi di esportazione per un archivio di sequenze con id1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco dei lavori di importazione dei set di lettura

L'list-read-set-import-jobsesempio seguente ottiene un elenco di lavori di importazione per un archivio di sequenze con id1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per elencare tutte le parti in un caricamento multiparte richiesto per un archivio di sequenze.

L'list-read-set-upload-partsesempio seguente elenca tutte le parti in un caricamento multiparte richiesto per un archivio di sequenze.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Output:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Per ulteriori informazioni, consultate Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.

Per ottenere un elenco di set di lettura

L'list-read-setsesempio seguente ottiene un elenco di set di lettura per un archivio di sequenze con id1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di lavori di importazione di riferimento

L'list-reference-import-jobsesempio seguente ottiene un elenco di lavori di importazione di riferimento per un archivio di riferimenti con id1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Output:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di negozi di riferimento

L'list-reference-storesesempio seguente ottiene un elenco di negozi di riferimento.

aws omics list-reference-stores

Output:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di riferimenti

L'list-referencesesempio seguente ottiene un elenco di riferimenti genomici per un archivio di riferimenti con id1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Output:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di gruppi di esecuzione

L'list-run-groupsesempio seguente ottiene un elenco di gruppi di esecuzione.

aws omics list-run-groups

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di attività

L'list-run-tasksesempio seguente ottiene un elenco di attività per l'esecuzione di un flusso di lavoro.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Output:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco delle esecuzioni del flusso di lavoro

L'list-runsesempio seguente ottiene un elenco di esecuzioni del flusso di lavoro.

aws omics list-runs

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di archivi di sequenze

L'list-sequence-storesesempio seguente ottiene un elenco di archivi di sequenze.

aws omics list-sequence-stores

Output:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per elencare le condivisioni disponibili di un dato di HealthOmics analisi

L'list-sharesesempio seguente elenca tutte le condivisioni che sono state create per il proprietario di una risorsa.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Output:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Condivisione tra account nella Guida per l'utente.AWS HealthOmics

Per ottenere un elenco di tag

L'list-tags-for-resourceesempio seguente ottiene un elenco di tag per un flusso di lavoro con id1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Output:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Tagging resources in Amazon Omics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di processi di importazione di varianti

L'list-variant-import-jobsesempio seguente ottiene un elenco di processi di importazione di varianti.

aws omics list-variant-import-jobs

Output:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di negozi di varianti

L'list-variant-storesesempio seguente ottiene un elenco di negozi di varianti.

aws omics list-variant-stores

Output:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per ottenere un elenco di flussi di lavoro

L'list-workflowsesempio seguente ottiene un elenco di flussi di lavoro.

aws omics list-workflows

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per importare annotazioni

L'start-annotation-import-jobesempio seguente importa annotazioni da Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Output:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per attivare un set di lettura archiviato

L'start-read-set-activation-jobesempio seguente attiva due set di lettura.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per esportare un set di lettura

L'start-read-set-export-jobesempio seguente esporta due set di lettura in Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per importare un set di lettura

L'start-read-set-import-jobesempio seguente importa un set di lettura.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json è un documento con il seguente contenuto. JSON

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per importare un genoma di riferimento

L'start-reference-import-jobesempio seguente importa un genoma di riferimento da Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per eseguire un flusso di lavoro

L'start-runesempio seguente esegue un flusso di lavoro con ID1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json è un documento con il seguente contenuto. JSON

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per caricare file sorgente da Amazon Omics

Puoi anche caricare file sorgente dallo storage Amazon Omics, utilizzando servizi URIs specifici. Il seguente file workflow-inputs.json di esempio utilizza Amazon URIs Omics per i set di lettura e le fonti genomiche di riferimento.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per importare un file di variante

L'start-variant-import-jobesempio seguente importa un file di variante di VCF formato.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Output:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per etichettare una risorsa

L'tag-resourceesempio seguente aggiunge un department tag a un flusso di lavoro con id1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Per ulteriori informazioni, consulta Tagging resources in Amazon Omics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per rimuovere un tag da una risorsa

L'untag-resourceesempio seguente rimuove il department tag da un flusso di lavoro.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per aggiornare un archivio di annotazioni

L'update-annotation-storeesempio seguente aggiorna la descrizione di un archivio di annotazioni denominato. my_vcf_store

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per aggiornare un gruppo di esecuzione

L'update-run-groupesempio seguente aggiorna le impostazioni di un gruppo di esecuzione con id1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Amazon Omics Developer Guide.

Per aggiornare un archivio di varianti

L'update-variant-storeesempio seguente aggiorna la descrizione di un archivio di varianti denominatomy_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Amazon Omics Developer Guide.

Per aggiornare un flusso di lavoro

L'update-workflowesempio seguente aggiorna la descrizione di un flusso di lavoro con ID1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Amazon Omics Developer Guide.

Per caricare una parte del set di lettura.

L'upload-read-set-partesempio seguente carica una parte specificata di un set di lettura.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Output:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Per ulteriori informazioni, vedete Caricamento diretto su un archivio di sequenze nella Guida per l'AWS HealthOmics utente.