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Esegui uno screening virtuale con AutoDock Vina su Deadline Cloud - Deadline Cloud

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Esegui uno screening virtuale con AutoDock Vina su Deadline Cloud

Il pacchetto di lavoro virtual_screening_vina sul GitHub sito Web utilizza AutoDock Vina per selezionare librerie di composti di grandi dimensioni rispetto a un bersaglio proteico. Il pacchetto divide una libreria composta in blocchi e li aggancia in parallelo a una flotta di lavoratori, quindi aggrega e classifica i risultati per affinità vincolante.

La pipeline prevede quattro fasi:

  1. PrepareReceptor— Converte la proteina PDB in formato PDBQT con Open Babel.

  2. SplitLibrary— Divide la libreria di composti SDF in N blocchi.

  3. DockCompounds— Esegue N attività di docking parallele (una per blocco). Ogni attività è idempotente e sicura per la prelazione di Spot.

  4. ScoreAndRank— Aggrega tutti i risultati in blocco in un file CSV classificato con i migliori risultati.

Il pacchetto richiede una flotta di servizi Linux x86_64 gestita (consigliato Spot), un ambiente di coda conda con from e Vina. openbabel conda-forge AutoDock Installa Vina inserendo la ricetta Crea un pacchetto AutoDock Vina conda per Deadline Cloud conda nel tuo canale S3 o installando il binario tramite uno script di configurazione di fleet host.

Imposta CompoundLibrary=chembl (impostazione predefinita) per scaricare e filtrare automaticamente le molecole simili a farmaci da ChemBL sul EMBL-EBI sito Web, oppure fornisci il tuo file SDF.

Dalla rubrica, invia il lavoro: job_bundles

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Per dettagli sulla creazione del pacchetto AutoDock Vina conda, vedere. Crea un pacchetto AutoDock Vina conda per Deadline Cloud