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# Esecuzione di interrogazioni sugli store di HealthOmics varianti
<a name="analytics-run-queries"></a>

**Importante**  
AWS HealthOmics i negozi di varianti e i negozi di annotazioni non sono più aperti a nuovi clienti. I clienti esistenti possono continuare a utilizzare il servizio normalmente. Per ulteriori informazioni, consulta [AWS HealthOmics modifica della disponibilità dell'archivio delle varianti e dell'archivio delle annotazioni](variant-store-availability-change.md).

Puoi eseguire query sul tuo negozio di varianti utilizzando Amazon Athena. Tieni presente che le coordinate genomiche negli archivi di varianti e annotazioni sono rappresentate come intervalli semichiusi, semichiusi e semiaperti.

## Esegui una semplice query utilizzando la console Athena
<a name="run-queries-athena-simple"></a>

L'esempio seguente mostra come eseguire una query semplice.

1. [Aprire l'editor Athena Query: Athena Query editor](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. In **Gruppo di lavoro**, seleziona il gruppo di lavoro creato durante l'installazione.

1. Verifica che l'**origine dati** sia. **AwsDataCatalog**

1. Per **Database**, seleziona il link alle risorse del database che hai creato durante la configurazione di Lake Formation.

1. Copia la seguente query nel **Query Editor** nella scheda **Query 1**:

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. Per eseguire la query, scegli **Esegui**. La console popola la tabella dei risultati con le prime 10 righe della **omicsvariants** tabella.

## Esegui una query complessa utilizzando la console Athena
<a name="run-queries-athena-complex"></a>

L'esempio seguente mostra come eseguire una query complessa. Per eseguire questa query, importala `ClinVar` nell'archivio delle annotazioni.

**Esegui un'interrogazione complessa**

1. [Aprire l'editor Athena Query: Athena Query editor](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. In **Gruppo di lavoro**, seleziona il gruppo di lavoro creato durante l'installazione.

1. Verifica che l'**origine dati** sia. **AwsDataCatalog**

1. Per **Database**, seleziona il link alle risorse del database che hai creato durante la configurazione di Lake Formation.

1. Scegli l'opzione in alto **\$1** a destra per creare una nuova scheda di interrogazione denominata **Query 2**.

1. Copia la seguente query nel **Query Editor** nella scheda **Query 2**:

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. Scegli **Esegui** per iniziare a eseguire la query.