Riferimento ai file del genoma da una definizione del flusso di lavoro

È possibile HealthOmics fare riferimento a un oggetto dell'archivio di riferimento con un URI come il seguente. Usa il tuo account ID reference store ID e reference ID dove indicato.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

Alcuni flussi di lavoro richiederanno sia SOURCE i INDEX file che il genoma di riferimento. L'URI precedente è la forma abbreviata predefinita e sarà il file SOURCE per impostazione predefinita. Per specificare entrambi i file, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

L'utilizzo di un set di lettura di sequenze avrebbe uno schema simile, come mostrato.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

Alcuni set di lettura, come quelli basati su FASTQ, possono contenere letture accoppiate. Negli esempi seguenti, vengono denominati SOURCE1 e SOURCE2. I formati come BAM e CRAM avranno solo un file SOURCE1. Alcuni set di lettura conterranno file INDEX come file or. bai crai L'URI precedente è la forma abbreviata predefinita e verrà utilizzata per impostazione predefinita il file SOURCE1. Per specificare il file o l'indice esatto, è possibile utilizzare il formato URI lungo, come segue.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Di seguito è riportato un esempio di file JSON di input che utilizza due URI Omics Storage.

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

Fai riferimento al file JSON di input AWS CLI --inputs file://<input_file.json> aggiungendolo alla tua richiesta start-run.