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# Monitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri
HealthOmics genera una serie di registri per aiutarti a comprendere e risolvere i problemi delle tue esecuzioni. I log sono disponibili in due posizioni: CloudWatch e in Amazon S3.
Per impostazione predefinita, la registrazione delle esecuzioni è attivata. Facoltativamente, puoi disattivare la registrazione di un'esecuzione `LogLevel = OFF` impostando la richiesta. **startrun**
**Nota**
Per gli aggiornamenti del servizio, configura e monitora la tua [Personal Health Dashboard](https://health.console.aws.amazon.com/health/home#/account/dashboard/open-issues). Per ulteriori informazioni su come gestire la dashboard, consulta [Getting started with your AWS Health Dashboard](https://docs.aws.amazon.com/health/latest/ug/getting-started-health-dashboard.html).
**Topics**
+ [Tipi di log per i flussi HealthOmics di lavoro](#log-descriptions)
+ [Effettua il login CloudWatch](#cloudwatch-logs)
+ [Accedi ad Amazon S3](#s3-logs)
+ [CloudWatch Log interattivi nella CLI](#cloudwatch-logs-cli)
+ [Accesso ai CloudWatch log dalla console](#cloudwatch-logs-console)
## Tipi di log per i flussi HealthOmics di lavoro
HealthOmics fornisce i seguenti tipi di log per i flussi di lavoro:
+ Registri del motore: i motori di flusso di lavoro sottostanti (Nextflow, WDL e CWL) producono registri del motore per le esecuzioni. Questi registri possono aiutarti a risolvere i problemi di definizione del flusso di lavoro.
+ Registri del manifesto di esecuzione: questi registri forniscono informazioni di alto livello su ogni attività in esecuzione, ad esempio lo stato dell'attività, l'ora di inizio, l'ora di fine e il motivo dell'errore (se l'attività non è riuscita).
I registri del manifesto di esecuzione riportano anche statistiche sull'utilizzo delle risorse che possono essere utili per comprendere le opportunità di ottimizzazione delle risorse. Queste statistiche includono:
+ Media delle CPU
+ CPU massima
+ CPU riservate
+ GPU riservate
+ memoryAverageGiB
+ memoryMaximumGiB
+ memoryReservedGiB
+ Secondi di esecuzione
+ Registri di esecuzione: i registri di esecuzione forniscono lo stato di esecuzione generale e l'ora in cui le singole attività vengono avviate, eseguite, interrotte e completate. I registri di esecuzione offrono inoltre visibilità sulle fasi di importazione ed esportazione dei file.
+ Registri delle attività: i registri delle attività forniscono informazioni di registrazione dettagliate sulle singole attività eseguite. Gli output nel registro delle attività dipendono dalla definizione dell'attività e dalla posizione in cui vengono utilizzate le istruzioni di registro nel codice. Se i registri delle attività non forniscono il livello di informazioni di cui hai bisogno, prendi in considerazione l'aggiunta di istruzioni di registro aggiuntive alla definizione delle attività per produrre registri delle attività più approfonditi.
+ Esegui i registri della cache: i registri della cache di esecuzione forniscono lo stato generale delle cache di esecuzione e della memorizzazione nella cache degli output delle attività. I log della cache di esecuzione offrono visibilità sugli accessi e sugli errori della cache per ogni esecuzione che utilizza la memorizzazione nella cache.
+ Outputs.json: per i flussi di lavoro WDL e CWL, HealthOmics fornisce un file generato dal motore, denominato, `outputs.json` al bucket Amazon S3 dopo il completamento dell'esecuzione. Questo file include un elenco e una mappa di tutti gli output per l'esecuzione.
## Effettua il login CloudWatch
CloudWatch genera registri del flusso di lavoro per le esecuzioni non riuscite e le esecuzioni riuscite. Tutti i registri sono disponibili per le esecuzioni non riuscite e le esecuzioni riuscite, ad eccezione dei registri del motore, disponibili solo per le esecuzioni non riuscite.
È possibile trovare i registri del CloudWatch flusso di lavoro nel seguente gruppo di registri:. `/aws/omics/WorkflowLog` Inoltre, l'output dell'operazione API **get-run** fornisce il flusso di registro ARNs per i CloudWatch log del motore e i log di esecuzione.
Per impostazione predefinita, AWS conserva i log a tempo indeterminato. CloudWatch È possibile modificare la politica di conservazione per il gruppo di log in modo da impostare un periodo di conservazione compreso tra 10 anni e un giorno.
La tabella seguente fornisce un riepilogo degli CloudWatch accessi. HealthOmics Tutti i registri del flusso di lavoro sono disponibili per le esecuzioni riuscite e le esecuzioni non riuscite, ad eccezione dei registri del motore, disponibili solo per le esecuzioni non riuscite.
| Nome log | Disponibile nei registri CloudWatch | Quando è disponibile il registro | Formato del flusso di registro |
| --- | --- | --- | --- |
| Registri del motore | Sì, per le esecuzioni non riuscite | Al termine dell'esecuzione | run/ /engine runID |
| Esegui i registri del manifesto | Sì | Al termine dell'esecuzione | runIDmanifest/esegui//runUUID |
| Registri di esecuzione | Sì | In tempo reale | esegui/ runID |
| Registri delle attività | Sì | In tempo reale | esegui/ /task/ runID taskID |
| Esegui i log della cache | Sì | In tempo reale | Esegui Cache//runCacheIdrunCacheUUID |
| Outputs.json (WDL e CWL) | No | N/A | n/a |
## Accedi ad Amazon S3
Solo i log del motore e il `outputs.json` file vengono consegnati ad Amazon S3.
Al termine di un'esecuzione, i log del motore vengono inviati al bucket S3 e sono disponibili a tempo indeterminato fino a quando non vengono eliminati. Questi log si trovano nella directory logs dell'URI di output S3 specificato per il flusso di lavoro.
Il percorso della directory logs ha il seguente formato:. `s3://{user_provided_path}/logs/`
La tabella seguente fornisce un riepilogo dei HealthOmics log disponibili nel bucket Amazon S3.
| Nome log | Disponibile in Amazon S3 | Quando è disponibile il registro | Percorso del flusso di log |
| --- | --- | --- | --- |
| Registri del motore | Sì | Al termine dell'esecuzione | s3:///logs/engine.log user\$1provided\$1path |
| Outputs.json (WDL e CWL) | Sì | Al termine dell'esecuzione | s3://user\$1provided\$1path/runID/logs/outputs.json runUUID |
| Esegui i registri del manifesto, i registri delle esecuzioni e i registri delle attività | No | N/A | n/a |
## CloudWatch Log interattivi nella CLI
È possibile visualizzare i CloudWatch log in modo interattivo utilizzando il comando Live Tail in modalità interattiva. Puoi monitorare l'avanzamento della corsa in tempo reale e definire fino a 5 parole chiave da evidenziare nei log:
```
aws logs start-live-tail \
--mode interactive \
--log-group-identifiers arn:aws:logs:region:account-ID:log-group:/aws/omics/WorkflowLog
```
Per ulteriori informazioni, consulta [Start live tail](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/logs/start-live-tail.html) nel AWS CLI Command Reference.
## Accesso ai CloudWatch log dalla console
Per accedere ai log di un'esecuzione, puoi collegarti direttamente a questi registri dalla pagina dei **dettagli dell'esecuzione** nella console. HealthOmics
1. Apri la [HealthOmics console](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Se necessario, apri il pannello di navigazione a sinistra (≡). Scegli **Runs**.
1. Seleziona la corsa dalla tabella Runs.
1. Nella pagina dei dettagli dell'esecuzione, puoi scegliere una delle seguenti azioni:
1. Da **Esegui riepilogo**, scegli **Visualizza registri di esecuzione**. La console apre i registri di esecuzione nella CloudWatch console.
1. Da **Esegui riepilogo**, scegli **Visualizza log in Amazon** S3. La console apre la cartella dei log nella console Amazon S3.
1. Da **Esegui attività**, scegli **Visualizza registri, Visualizza registri** di **esecuzione o Visualizza registri** **del manifesto di esecuzione** per un'attività. La console apre i registri nella console. CloudWatch
Puoi anche accedere ai log dalla CloudWatch console:
1. Apri la CloudWatch console [https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/](https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/).
1. Dal menu a sinistra, scegli **Registra gruppi**.
1. Selezionare il gruppo `/aws/omics/WorkflowLog`.
Se l'elenco dei gruppi di log è lungo, puoi inserire **omic** nella casella di testo di ricerca per restringere l'elenco.
1. Quando si apre la pagina dei **dettagli del gruppo di log**, scegli il flusso di log che desideri visualizzare. La console mostra gli eventi per questo flusso di log.