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Esportazione dei set di HealthOmics lettura in un bucket Amazon S3 - AWS HealthOmics

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Esportazione dei set di HealthOmics lettura in un bucket Amazon S3

Puoi esportare i set di lettura come processo di esportazione in batch in un bucket Amazon S3. A tale scopo, crea innanzitutto una policy IAM con accesso in scrittura al bucket, simile al seguente esempio di policy IAM.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Una volta implementata la policy IAM, inizia il processo di esportazione del readset. L'esempio seguente mostra come eseguire questa operazione utilizzando l'operazione API start-read-set-export-job. Nell'esempio seguente, sostituisci tutti i parametri, ad esempio,, e, con il tuo inputsequence store ID. destination role ARN sources

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Riceverai la seguente risposta con informazioni sull'archivio della sequenza di origine e sul bucket Amazon S3 di destinazione. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Dopo l'avvio del processo, puoi determinarne lo stato utilizzando l'operazione API get-read-set-export-job, come mostrato di seguito. Sostituisci e rispettivamente job ID con l'sequence store IDID dell'archivio di sequenze e l'ID del lavoro. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

È possibile visualizzare tutti i lavori di esportazione inizializzati per un archivio di sequenze utilizzando l'operazione API list-read-set-export-jobs, come mostrato di seguito. sequence store IDSostituiscili con l'ID del tuo archivio di sequenze.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Oltre a esportare i set di lettura, puoi anche condividerli utilizzando gli URI di accesso di Amazon S3. Per ulteriori informazioni, consulta Accesso ai set di HealthOmics lettura con gli URI di Amazon S3.