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Acceleratori di attività in una definizione del flusso di lavoro HealthOmics

Nella definizione del flusso di lavoro, è possibile specificare facoltativamente le specifiche dell'acceleratore GPU per un'attività. HealthOmics supporta i seguenti valori accelerator-spec, insieme ai tipi di istanza supportati:

Se si specifica un tipo di acceleratore che supporta più tipi di istanza, HealthOmics seleziona il tipo di istanza in base alla capacità disponibile. Se sono disponibili entrambi i tipi di istanza, HealthOmics dà la preferenza all'istanza a basso costo. L'eccezione è rappresentata dal task accelerator nvidia-t4-a10g-l4 che dà la preferenza all'istanza disponibile di ultima generazione.

Per dettagli sui tipi di istanzeAccelerated-computing istanze, vedere.

Nell'esempio seguente, la definizione del flusso di lavoro specifica nvidia-l4 come acceleratore:

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

Configurazione avanzata delle risorse

Puoi anche configurare un'attività per riservare più acceleratori nell'ordine di priorità preferito utilizzando la omicsResourceFallbackOrder direttiva. Questa direttiva è attualmente disponibile solo per WDL. HealthOmics prova ogni profilo di accelerazione nell'ordine da te definito fino a quando non ha esito positivo, incluso un profilo CPU finale opzionale.

Ciò è utile nei seguenti scenari:

Per informazioni completeomicsResourceFallbackOrder, inclusi i riferimenti ai campi per profilo, le regole di convalida e un esempio completo di WDL, consulta. Configurazione avanzata delle risorse