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Risoluzione dei problemi
I seguenti argomenti possono aiutarti a risolvere i problemi che riscontri durante l'utilizzo HealthOmics di flussi di lavoro e archivi dati.
Argomenti
Risoluzione dei problemi relativi ai flussi di lavoro
Argomenti
Come posso risolvere un problema relativo a un'esecuzione non riuscita?
Utilizza l'operazione GetRun API per recuperare il motivo dell'errore. Per ulteriori informazioni, consulta Motivi dell'errore di esecuzione.
Come posso risolvere un problema relativo a un'attività non riuscita?
Esamina il codice di errore contenuto nel messaggio di errore dell'attività per comprendere l'errore. Esamina i log in dell'attività CloudWatch per visualizzare i messaggi di registrazione dettagliati relativi all'attività. Se non ricevi messaggi di registro dettagliati, puoi modificare il flusso di lavoro per generare istruzioni di registro aggiuntive. Per ulteriori informazioni, consulta Monitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri.
Dove posso trovare i log del motore?
HealthOmics pubblica i log del motore quasi CloudWatch in tempo reale per tutte le esecuzioni (riuscite e non riuscite). I log del motore vengono inoltre inviati al bucket Amazon S3 al termine dell'esecuzione. Per ulteriori informazioni, consultare Monitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri e Accedere ad Amazon S3.
Come posso ridurre la dimensione dei parametri di input per un flusso di lavoro?
È possibile specificare fino a 50 KB di parametri di input per un flusso di lavoro. È possibile utilizzare le importazioni di directory o i fogli di esempio per rimanere entro questo vincolo di dimensione. Per ulteriori informazioni, consulta Gestione delle dimensioni dei parametri di esecuzione.
Perché la mia corsa non viene completata?
Se ci sono problemi con il codice e i processi non sono terminati correttamente, l'esecuzione potrebbe non rispondere o «bloccarsi». Per ulteriori informazioni su come prevenire e rilevare le esecuzioni che non rispondono, consulta. Guida per le esecuzioni che non rispondono
Risoluzione dei problemi di memorizzazione nella cache delle chiamate
I seguenti argomenti possono aiutarti a risolvere i problemi riscontrati con la memorizzazione nella cache delle chiamate.
Argomenti
Perché la mia corsa non viene salvata nella cache?
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Verifica che l'esecuzione sia configurata per utilizzare una cache controllando il campo cacheID nella risposta all'operazione GetRun API. Utilizzando la CLI, esegui questo comando:.
aws omics get-run —id <run_id> -
Se l'esecuzione ha avuto successo, verifica che il comportamento della cache restituito nella GetRun risposta sia CACHE_ALWAYS. Se il comportamento della cache è impostato su CACHE_ON_FAILURE, le esecuzioni verranno salvate nella cache solo in caso di esito negativo.
Perché un'attività non utilizza la voce della cache?
<cache_id><cache_uuid>Nel gruppo di /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch log, apri il flusso di log per la cache di esecuzione: runCache//.
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Verifica che un'esecuzione precedente abbia creato una voce della cache per l'attività che ti aspettavi fosse memorizzata nella cache. Le esecuzioni salvate nella cache verranno registrate con un messaggio di registro di CACHE_ENTRY_CREATED.
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Individua il registro CACHE_MISS per l'operazione ed esegui il comando completato. Se non è presente alcuna voce nel registro, controlla che l'esecuzione sia stata configurata per utilizzare la cache.
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Se è stata creata una voce della cache, verifica che CPU, memoria, GPU e container digest siano identici per entrambe le attività. L'ARN del task per il task che ha creato la voce della cache si trova nel messaggio di log.
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Se i requisiti di calcolo per entrambe le attività corrispondono, verifica che gli input non siano cambiati tra le attività. A tale scopo, aprite i log del motore. I log del motore sono disponibili in CloudWatch Log Group/aws/omics/WorkflowLog per tutte le esecuzioni. Sono disponibili anche nella directory di output dell'esecuzione dopo il completamento.
Perché la memorizzazione nella cache delle chiamate per un'attività è disabilitata?
Verifica se l'attività è configurata per disattivare la memorizzazione nella cache utilizzando le funzionalità del motore di flusso di lavoro:
Per i flussi di lavoro WDL: controlla se l'attività è impostata su volatile nella metasezione
truePer i flussi di lavoro Nextflow: controlla se l'attività ha la direttiva sulla cache impostata su
falsePer i flussi di lavoro CWL: controlla se l'attività ha EnableReuse impostato su per la funzionalità
falseWorkReuse
Risoluzione dei problemi relativi agli archivi dati
Argomenti
Perché S3 GetObject non funziona sul mio set di lettura?
Più comunemente, l'errore è dovuto a un'autorizzazione mancante. L'autorizzazione di lettura S3 del Sequence Store è una configurazione bidirezionale che richiede sia la policy di accesso S3 del Sequence Store per consentire l'accesso sia il principal IAM ad avere una policy allegata che consenta l'accesso. Per maggiori dettagli sui requisiti delle policy, vedere. Autorizzazioni per l'accesso ai dati tramite Amazon S3 URIs Verifica che siano presenti le seguenti configurazioni:
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La politica di accesso S3 del Sequence Store ha consentito esplicitamente l'accesso al principale IAM o alla radice dell'account del principale.
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Verifica che il responsabile IAM disponga di una politica che fornisce esplicitamente l'autorizzazione alla risorsa a cui si accede. Nota che la policy principale IAM deve utilizzare l'Access Point ARN e non il percorso basato sull'Access Point Alias quando definisce le autorizzazioni e che l'ARN è nella condizione e non viene utilizzato per specificare una risorsa.
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Se il tuo negozio utilizza una chiave gestita dal cliente (CMK-KMS), assicurati che il responsabile IAM disponga delle autorizzazioni kms:decrypt sulla chiave. Consulta la guida all'accesso tra più account di KMS per configurare l'utilizzo tra gli account.
Se hai una policy che utilizza controlli di accesso basati su tag, assicurati quanto segue:
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Assicuratevi che l'archivio delle sequenze abbia terminato la sincronizzazione dei tag. Per questo, lo stato del negozio deve essere active e nonupdating.
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Assicurati che non vi siano errori di battitura nella chiave del tag o nel valore della chiave sul set di lettura e sulla politica.
Perché non riesco a vedere il mio archivio di annotazioni o il mio archivio di varianti in Athena?
In Lake Formation, assicurati di creare un link alle risorse basato sul negozio che è stato condiviso con te. Una volta creato un link a una risorsa a cui hai il permesso di accedere, il negozio dovrebbe essere visibile in Athena. Per ulteriori informazioni, consulta Configurazione di Lake Formation per l'uso HealthOmics.
Perché non riesco ad accedere al mio archivio dati in Athena?
Se il tuo archivio di annotazioni o varianti è visibile ma ricevi un messaggio di errore che indica che l'accesso è negato, controlla quale versione del motore di query stai utilizzando. Sono supportate solo le query eseguite utilizzando la versione 3 del motore. Per saperne di più sulle versioni del motore di query Athena, consulta la documentazione di Amazon Athena.
Risoluzione dei problemi con Kiro CLI
La CLI di Kiro può aiutarti a semplificare il processo di risoluzione dei problemi:
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Analisi delle esecuzioni del flusso di lavoro ed esecuzione del debug degli errori delle attività
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Raccolta di log e messaggi di errore pertinenti
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Creazione di casi di AWS supporto con tutti i log di debug necessari allegati
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Elimina le informazioni personali identificabili (PII) dalle informazioni inviate all'assistenza AWS
Per ulteriori informazioni sull'utilizzo di Kiro CLI AWS HealthOmics per la risoluzione dei problemi e la creazione di casi di supporto, consulta il tutorial sull'intelligenza artificiale generativa di Agentic su. HealthOmics
avvertimento
Quando lavori con Kiro CLI, rivedi tutti i contenuti generati e le azioni proposte prima di procedere. Fornisci feedback per migliorare la qualità delle risposte e soddisfare i requisiti del tuo flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni, consulta Considerazioni sulla sicurezza e best practice per Kiro.
