HealthOmics requisiti di definizione del flusso di lavoro

Le attività devono definire input/output parametri, repository di container Amazon ECR e specifiche di runtime come l'allocazione di memoria o CPU.

Verifica che i tuoi ruoli IAM dispongano delle autorizzazioni richieste.

Dichiarate i file di output nella definizione del flusso di lavoro. Per copiare i file di esecuzione intermedia nella posizione di output, dichiarateli come output del flusso di lavoro.

Le posizioni di input e output devono trovarsi nella stessa regione del flusso di lavoro.

HealthOmics gli input del flusso di lavoro di archiviazione devono essere in ACTIVE stato. HealthOmics non importerà gli input con uno ARCHIVED stato, causando il fallimento del flusso di lavoro. Per informazioni sugli input degli oggetti Amazon S3, consulta. HealthOmics input di esecuzione

La main posizione del flusso di lavoro è facoltativa se l'archivio ZIP contiene una singola definizione di flusso di lavoro o un file denominato «main».

Prima di creare un flusso di lavoro da Amazon S3 o dall'unità locale, crea un archivio zip dei file di definizione del flusso di lavoro e delle eventuali dipendenze, ad esempio i flussi di lavoro secondari.

Ti consigliamo di dichiarare i contenitori Amazon ECR nel flusso di lavoro come parametri di input per la convalida delle autorizzazioni Amazon ECR.

/bin

Le definizioni del flusso di lavoro Nextflow possono includere una cartella /bin con script eseguibili. Questo percorso ha un accesso di sola lettura e di accesso eseguibile alle attività. Le attività che si basano su questi script devono utilizzare un contenitore creato con gli interpreti di script appropriati. La procedura migliore è chiamare direttamente l'interprete. Ad esempio:

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow-based le definizioni dei flussi di lavoro possono includere file nextflow.config che aiutano ad astrarre le definizioni dei parametri o elaborare i profili delle risorse. Per supportare lo sviluppo e l'esecuzione di pipeline Nextflow su più ambienti, utilizza una HealthOmics-specific configurazione che aggiungi alla configurazione globale utilizzando la direttiva IncludeConfig. Per mantenere la portabilità, configura il flusso di lavoro in modo che includa il file solo quando è in esecuzione utilizzando il codice seguente: HealthOmics

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics supporta i report di esecuzione, la timeline, la traccia e i report DAG di Nextflow. Configura ogni report in cui scrivere l'output in /mnt/workflow/output/ modo da HealthOmics esportarlo nella posizione di output di Amazon S3 della tua corsa. Per ulteriori informazioni, consulta Genera report di esecuzione di Nextflow.

Convalida automatica della sintassi: per WDL e Nextflow, HealthOmics esegue linter integrati durante la creazione del flusso di lavoro. Per ulteriori informazioni, consulta Il flusso di lavoro si interrompe HealthOmics.

Container image uri interpolation

HealthOmics consente alla proprietà DockerPull di essere un'espressione DockerRequirement javascript in linea. Ad esempio:

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

Ciò consente di specificare gli URI delle immagini del contenitore come parametri di input per il flusso di lavoro.

Javascript expressions

Le espressioni Javascript devono essere conformi. strict mode

Operation process

HealthOmics non supporta i processi operativi CWL.