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# HealthOmics esegui uscite
<a name="workflows-run-outputs"></a>

Al termine di un'esecuzione WDL o CWL, gli output includono un file di riepilogo dell'output (in formato JSON) che elenca tutti gli output prodotti dall'esecuzione. È possibile utilizzare il file di riepilogo dell'output per i seguenti scopi:
+ Determina a livello di codice i file di output generati dall'esecuzione.
+ Verifica che l'esecuzione abbia prodotto tutti gli output previsti.

**Topics**
+ [Esegui il riepilogo dell'output per WDL](#run-outputs-wdl)
+ [Esegui il riepilogo dell'output per CWL](#run-outputs-cwl)

## Esegui il riepilogo dell'output per WDL
<a name="run-outputs-wdl"></a>

Al termine di un'esecuzione WDL, HealthOmics crea un file di riepilogo di output denominato. **output.json**

Per ogni output del flusso di lavoro, nel file è presente una key/value coppia corrispondente. La chiave contiene il nome del flusso di lavoro e il nome dell'output nel seguente formato:`WorkflowName.output_name`. Per l'output di un file, il valore è un URI S3 che punta alla posizione di output in S3 in cui è archiviato il file. Per un output Array [File], il valore è un array di S3. URIs

L'esempio seguente mostra il **output.json** file per un flusso di lavoro denominato**BWAMappingWorkflow**.

```
{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}
```

Se il flusso di lavoro produce output con tipi diversi da file (come String, Int, Float o Bool), il valore del campo è una primitiva JSON. Per esempio:

```
{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}
```

## Esegui il riepilogo dell'output per CWL
<a name="run-outputs-cwl"></a>

Al termine di un'esecuzione CWL, HealthOmics crea un file di riepilogo dell'output denominato **outputs.json** nella seguente posizione:

```
{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json
```

Il file di riepilogo dell'output include un elenco di output. Ogni uscita è una key/value coppia, dove la chiave è il nome dell'output. Il valore è un oggetto che include le seguenti proprietà:
+  location: il percorso completo del file di output
+  basename — La parte del percorso relativa al nome del file
+  class — Il tipo di output, che in genere è File
+  size — La dimensione del file in byte

Nell'esempio seguente, il file output.json ha un elenco di due file di output.

```
{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}
```