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Connessione HealthOmics dei flussi di lavoro a un VPC

Con Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC), puoi avviare AWS le risorse in una rete virtuale privata che hai definito. Puoi consentire ai tuoi HealthOmics flussi di lavoro di accedere alle risorse del tuo VPC configurando le esecuzioni per utilizzare la modalità di rete VPC. Quando la rete VPC è abilitata, le tue corse possono accedere alle risorse all'interno del tuo VPC e connettersi a risorse esterne tramite Internet pubblico se il tuo VPC ha l'accesso a Internet configurato.

Quando utilizzare la rete VPC

Usa la rete VPC quando le tue corse hanno bisogno di:

Modalità di rete

HealthOmics Workflows supporta due modalità di rete. Per impostazione predefinita, le esecuzioni dei flussi di lavoro funzionano in modalità RESTRICTED. È possibile abilitare la rete VPC per esecuzione all'avvio dell'esecuzione del flusso di lavoro.

La modalità di rete viene specificata quando si avvia l'esecuzione di un flusso di lavoro utilizzando il networkingMode parametro nell'StartRunAPI.

Nozioni di base

Questa sezione ti guida nella configurazione della rete VPC per i HealthOmics flussi di lavoro per la prima volta.

Prerequisiti

Prima di configurare la rete VPC per i HealthOmics flussi di lavoro, assicurati di disporre di quanto segue:

Passaggio 1: crea o configura il tuo VPC

Crea un VPC con sottoreti private, gruppi di sicurezza e gateway NAT (se è necessario l'accesso a Internet). Per istruzioni dettagliate, consulta. Accesso a Internet per i VPC-connected flussi di lavoro

Passaggio 2: configurare i gruppi di sicurezza

Crea un gruppo di sicurezza che consenta il traffico in uscita verso le destinazioni a cui devono accedere le tue corse. Configura i gruppi di sicurezza per consentire solo il traffico in uscita minimo richiesto in base al principio del privilegio minimo.

Ad esempio, configurazioni e linee guida dettagliate, consulta la sezione sui gruppi di sicurezza in. Accesso a Internet per i VPC-connected flussi di lavoro

Fase 3: Verifica le tabelle dei percorsi

Assicurati che le tue sottoreti private dispongano di percorsi verso un gateway NAT per l'accesso a Internet. Ad esempio, le configurazioni della tabella delle rotte, consulta la sezione relativa alla tabella delle rotte in. Accesso a Internet per i VPC-connected flussi di lavoro

Fase 4: Creare una risorsa di configurazione

Crea una risorsa HealthOmics di configurazione che definisca le impostazioni di rete del tuo VPC:

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

La configurazione passerà dallo ACTIVE stato CREATING allo stato una volta effettuato il provisioning delle risorse di rete. Questa operazione richiede fino a 15 minuti.

Passaggio 5: avviare un flusso di lavoro eseguito con una rete VPC

Una volta completata la configurazioneACTIVE, avvia un flusso di lavoro con la rete VPC abilitata:

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Passaggio 6: verifica la connettività

Monitora l'esecuzione del flusso di lavoro per verificare che possa accedere alle risorse esterne richieste. Controlla i log del flusso di lavoro in CloudWatch Logs per i messaggi di connessione riuscita o non riuscita. Per una guida dettagliata sul test della connettività, consultaTest della connettività VPC.

Requisiti VPC

Il tuo VPC deve soddisfare i seguenti requisiti:

Requisiti della sottorete

Requisiti relativi al gruppo di sicurezza

I gruppi di sicurezza controllano il traffico in entrata e in uscita per le tue corse.

Requisiti dell'interfaccia di rete

HealthOmics fornisce interfacce di rete elastiche (ENI) nel tuo VPC per connettere le piste alla tua rete. Assicurati che il tuo AWS account abbia una capacità ENI sufficiente (limite predefinito: 5.000 ENI per regione).

Gli ENI creati da HealthOmics sono contrassegnati con i seguenti tag:

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

API di configurazione

HealthOmics fornisce API per creare, gestire ed eliminare configurazioni VPC. È possibile riutilizzare le configurazioni in più esecuzioni del flusso di lavoro.

CreateConfiguration

Crea una nuova risorsa di configurazione con le impostazioni di rete VPC. Per un esempio dettagliato, consultare Fase 4: Creare una risorsa di configurazione.

Sintassi della richiesta:

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

Parametri:

Risposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

Valori dello stato della configurazione:

GetConfiguration

Recupera i dettagli di una configurazione specifica.

Sintassi della richiesta:

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Risposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

Elenca tutte le configurazioni del tuo account.

Sintassi della richiesta:

aws omics list-configurations \
  --region region

Risposta:

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

Elimina una configurazione. Non è possibile eliminare una configurazione attualmente utilizzata dalle esecuzioni del flusso di lavoro attive.

Sintassi della richiesta:

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

Esecuzione di flussi di lavoro con reti VPC

Avvio di una corsa con una rete VPC

Per utilizzare la rete VPC in un'esecuzione del flusso di lavoro, specifica il networking-mode parametro e: configuration-name

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

Parametri:

Visualizzazione della configurazione di rete in esecuzione

Utilizzare GetRun per visualizzare la configurazione di rete per una corsa:

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

La risposta include la modalità di rete, i dettagli di configurazione e la configurazione VPC. L'esempio seguente mostra i VPC-related campi della risposta:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

Immutabilità della configurazione

Le risorse di configurazione sono immutabili: dopo aver creato una configurazione, non è possibile modificarne le impostazioni. Per utilizzare impostazioni di rete diverse, create una nuova configurazione. Non è possibile eliminare una configurazione mentre è utilizzata dalle esecuzioni attive del flusso di lavoro: la DeleteConfiguration richiesta viene rifiutata finché tali esecuzioni non raggiungono lo stato di terminale.

Considerazioni sulla memorizzazione nella cache delle chiamate

Quando utilizzi una rete VPC con cache delle chiamate, assicurati che il motore del flusso di lavoro sia configurato in modo appropriato. Per una guida dettagliata sulla memorizzazione nella cache delle chiamate per motore, consulta. Engine-specific funzionalità di memorizzazione nella cache

Best practice

Sicurezza

Performance

Ottimizzazione dei costi

Operational

Quote di rete VPC

La tabella seguente elenca le quote per le configurazioni di rete VPC:

Per richiedere un aumento della quota, apri la console Service Quotas, scegli AWS i servizi, cerca AWS HealthOmics, seleziona la quota che desideri aumentare e scegli Richiedi aumento della quota. Le richieste di aumento delle quote vengono in genere elaborate entro 1-2 giorni lavorativi.