# AWS CLI を使用した HealthOmics の例
次のコード例は、HealthOmics で AWS Command Line Interface を使用してアクションを実行し、一般的なシナリオを実装する方法を示しています。
*アクション*はより大きなプログラムからのコードの抜粋であり、コンテキスト内で実行する必要があります。アクションは個々のサービス機能を呼び出す方法を示していますが、コンテキスト内のアクションは、関連するシナリオで確認できます。
各例には完全なソースコードへのリンクが含まれており、コードの設定方法と実行方法に関する手順を確認できます。
**Topics**
+ [アクション](#actions)
## アクション
### `abort-multipart-read-set-upload`
次のコード例は、`abort-multipart-read-set-upload` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**マルチパート読み取りセットのアップロードを停止するには**
次の `abort-multipart-read-set-upload` の例では、HealthOmics シーケンスストアへのマルチパート読み取りセットのアップロードを停止します。
```
aws omics abort-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455
```
このコマンドでは何も出力されません。
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[AbortMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/abort-multipart-read-set-upload.html)」を参照してください。
### `accept-share`
次のコード例は、`accept-share` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**分析ストアデータの共有を受け入れるには**
次の `accept-share` の例では、HealthOmics 分析ストアデータの共有を受け入れます。
```
aws omics accept-share \
----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
出力:
```
{
"status": "ACTIVATING"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Cross-account sharing](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[AcceptShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/accept-share.html)」を参照してください。
### `batch-delete-read-set`
次のコード例は、`batch-delete-read-set` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**複数の読み取りセットを削除するには**
次の `batch-delete-read-set` の例では、2 つの読み取りセットを削除します。
```
aws omics batch-delete-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--ids 1234567890 0123456789
```
指定された読み取りセットの削除でエラーが発生した場合、サービスはエラーリストを返します。
```
{
"errors": [
{
"code": "",
"id": "0123456789",
"message": "The specified readset does not exist."
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[BatchDeleteReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/batch-delete-read-set.html)」を参照してください。
### `cancel-annotation-import-job`
次のコード例は、`cancel-annotation-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈インポートジョブをキャンセルするには**
次の `cancel-annotation-import-job` の例では、ID `04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997` の注釈インポートジョブをキャンセルします。
```
aws omics cancel-annotation-import-job \
--job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CancelAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-annotation-import-job.html)」を参照してください。
### `cancel-run`
次のコード例は、`cancel-run` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行をキャンセルするには**
次の `cancel-run` の例では、ID `1234567` の実行をキャンセルします。
```
aws omics cancel-run \
--id 1234567
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CancelRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-run.html)」を参照してください。
### `cancel-variant-import-job`
次のコード例は、`cancel-variant-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントインポートジョブをキャンセルするには**
次の `cancel-variant-import-job` の例では、ID `69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e` のバリアントインポートジョブをキャンセルします。
```
aws omics cancel-variant-import-job \
--job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CancelVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/cancel-variant-import-job.html)」を参照してください。
### `complete-multipart-read-set-upload`
次のコード例は、`complete-multipart-read-set-upload` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**すべてのコンポーネントをアップロードした後で、マルチパートアップロードを終了するには**
次の `complete-multipart-read-set-upload` の例では、すべてのコンポーネントがアップロードされた後で、シーケンスストアへのマルチパートアップロードを終了します。
```
aws omics complete-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'
```
出力:
```
{
"readSetId": "0000000001"
"readSetId": "0000000002"
"readSetId": "0000000003"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CompleteMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/complete-multipart-read-set-upload.html)」を参照してください。
### `create-annotation-store-version`
次のコード例は、`create-annotation-store-version` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアの新しいバージョンを作成するには**
次の `create-annotation-store-version` の例では、注釈ストアの新しいバージョンを作成します。
```
aws omics create-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
出力:
```
{
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"id": "3b93cdef69d2",
"name": "my_annotation_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
},
"status": "CREATING",
"versionName": "my_version"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Creating new versions of annotation stores](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store-version.html)」を参照してください。
### `create-annotation-store`
次のコード例は、`create-annotation-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**例 1: VCF 注釈ストアを作成するには**
次の `create-annotation-store` の例では、VCF 形式の注釈ストアを作成します。
```
aws omics create-annotation-store \
--name my_ann_store \
--store-format VCF \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "VCF"
}
```
**例 2: TSV 注釈ストアを作成するには**
次の `create-annotation-store` の例では、TSV 形式の注釈ストアを作成します。
```
aws omics create-annotation-store \
--name tsv_ann_store \
--store-format TSV \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
--store-options file://tsv-store-options.json
```
`tsv-store-options.json` は注釈の形式オプションを設定します。
```
{
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"START": "start",
"END": "end"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
"id": "861cxmpl96b0",
"name": "tsv_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeFormat": "TSV",
"storeOptions": {
"tsvStoreOptions": {
"annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
"formatToHeader": {
"CHR": "chromosome",
"END": "end",
"START": "start"
},
"schema": [
{
"chromosome": "STRING"
},
{
"start": "LONG"
},
{
"end": "LONG"
},
{
"name": "STRING"
}
]
}
}
}
```
詳細については、「Amazon Omics Developer Guide」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-annotation-store.html)」を参照してください。
### `create-multipart-read-set-upload`
次のコード例は、`create-multipart-read-set-upload` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**マルチパート読み取りセットのアップロードを開始するには**
次の `create-multipart-read-set-upload` の例では、マルチパート読み取りセットのアップロードを開始します。
```
aws omics create-multipart-read-set-upload \
--sequence-store-id 0123456789 \
--name HG00146 \
--source-file-type FASTQ \
--subject-id mySubject\
--sample-id mySample\
--description "FASTQ for HG00146"\
--generated-from "1000 Genomes"
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
"description": "FASTQ for HG00146",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"sampleId": "mySample",
"sequenceStoreId": "0123456789",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"uploadId": "1122334455"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateMultipartReadSetUpload](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-multipart-read-set-upload.html)」を参照してください。
### `create-reference-store`
次のコード例は、`create-reference-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照ストアを作成するには**
次の `create-reference-store` の例では、参照ストア `my-ref-store` を作成します。
```
aws omics create-reference-store \
--name my-ref-store
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-reference-store.html)」を参照してください。
### `create-run-group`
次のコード例は、`create-run-group` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行グループを作成するには**
次の `create-run-group` の例では、`cram-converter` という名前の実行グループを作成します。
```
aws omics create-run-group \
--name cram-converter \
--max-cpus 20 \
--max-gpus 10 \
--max-duration 600 \
--max-runs 5
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"id": "1234567",
"tags": {}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-run-group.html)」を参照してください。
### `create-sequence-store`
次のコード例は、`create-sequence-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**シーケンスストアを作成するには**
次の `create-sequence-store` の例では、シーケンスストアを作成します。
```
aws omics create-sequence-store \
--name my-seq-store
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-sequence-store.html)」を参照してください。
### `create-share`
次のコード例は、`create-share` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**HealthOmics 分析ストアの共有を作成するには**
次の `create-share` の例は、アカウント外のサブスクライバーが受け入れることができる HealthOmics 分析ストアの共有を作成する方法を示しています。
```
aws omics create-share \
--resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
--principal-subscriber "123456789012" \
--name "my_Share-123"
```
出力:
```
{
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"status": "PENDING"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Cross-acount sharing](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-share.html)」を参照してください。
### `create-variant-store`
次のコード例は、`create-variant-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントストアを作成するには**
次の `create-variant-store` の例では、`my_var_store` という名前のバリアントストアを作成します。
```
aws omics create-variant-store \
--name my_var_store \
--reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-variant-store.html)」を参照してください。
### `create-workflow`
次のコード例は、`create-workflow` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローを作成するには**
次の `create-workflow` の例では、WDL ワークフローを作成します。
```
aws omics create-workflow \
--name cram-converter \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--parameter-template file://workflow-params.json
```
`workflow-crambam.zip` は、ワークフロー定義を含む ZIP アーカイブです。`workflow-params.json` は、ワークフローのランタイムパラメータを定義します。
```
{
"ref_fasta" : {
"description": "Reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_fasta_index" : {
"description": "Index of the reference genome fasta file",
"optional": false
},
"ref_dict" : {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
"optional": false
},
"input_cram" : {
"description": "The Cram file to convert to BAM",
"optional": false
},
"sample_name" : {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
"optional": false
}
}
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"id": "1234567",
"status": "CREATING",
"tags": {}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[CreateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/create-workflow.html)」を参照してください。
### `delete-annotation-store-versions`
次のコード例は、`delete-annotation-store-versions` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアのバージョンを削除するには**
次の `delete-annotation-store-versions` の例では、注釈ストアのバージョンを削除します。
```
aws omics delete-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store \
--versions my_version
```
出力:
```
{
"errors": []
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Creating new versions of annotation stores](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store-versions.html)」を参照してください。
### `delete-annotation-store`
次のコード例は、`delete-annotation-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアを削除するには**
次の `delete-annotation-store` の例では、`my_vcf_store` という名前の注釈ストアを削除します。
```
aws omics delete-annotation-store \
--name my_vcf_store
```
出力:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-annotation-store.html)」を参照してください。
### `delete-reference-store`
次のコード例は、`delete-reference-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照ストアを削除するには**
次の `delete-reference-store` の例では、ID `1234567890` の参照ストアを削除します。
```
aws omics delete-reference-store \
--id 1234567890
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference-store.html)」を参照してください。
### `delete-reference`
次のコード例は、`delete-reference` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照を削除するには**
次の `delete-reference` の例では、参照を削除します。
```
aws omics delete-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-reference.html)」を参照してください。
### `delete-run-group`
次のコード例は、`delete-run-group` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行グループを削除するには**
次の `delete-run-group` の例では、ID `1234567` の実行グループを削除します。
```
aws omics delete-run-group \
--id 1234567
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Deleting runs and run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run-group.html)」を参照してください。
### `delete-run`
次のコード例は、`delete-run` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローの実行を削除するには**
次の `delete-run` の例では、ID `1234567` の実行を削除します。
```
aws omics delete-run \
--id 1234567
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Deleting runs and run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/deleting-workflows-and-runs.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-run.html)」を参照してください。
### `delete-sequence-store`
次のコード例は、`delete-sequence-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**シーケンスストアを削除するには**
次の `delete-sequence-store` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアを削除します。
```
aws omics delete-sequence-store \
--id 1234567890
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-sequence-store.html)」を参照してください。
### `delete-share`
次のコード例は、`delete-share` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**HealthOmics 分析データの共有を削除するには**
次の `delete-share` の例では、分析データのクロスアカウント共有を削除します。
```
aws omics delete-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
出力:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Cross-account sharing](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-share.html)」を参照してください。
### `delete-variant-store`
次のコード例は、`delete-variant-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントストアを削除するには**
次の `delete-variant-store` の例では、`my_var_store` というバリアントストアを削除します。
```
aws omics delete-variant-store \
--name my_var_store
```
出力:
```
{
"status": "DELETING"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-variant-store.html)」を参照してください。
### `delete-workflow`
次のコード例は、`delete-workflow` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローを削除するには**
次の `delete-workflow` の例では、ID `1234567` のワークフローを削除します。
```
aws omics delete-workflow \
--id 1234567
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Delete a private workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/delete-private-workflow.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[DeleteWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/delete-workflow.html)」を参照してください。
### `get-annotation-import-job`
次のコード例は、`get-annotation-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈インポートジョブを表示するには**
次の `get-annotation-import-job` の例では、注釈インポートジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-annotation-import-job \
--job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
"destinationName": "tsv_ann_store",
"id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
"items": [
{
"jobStatus": "COMPLETED",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-import-job.html)」を参照してください。
### `get-annotation-store-version`
次のコード例は、`get-annotation-store-version` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアバージョンのメタデータを取得するには**
次の `get-annotation-store-version` の例では、リクエストされた注釈ストアバージョンのメタデータを取得します。
```
aws omics get-annotation-store-version \
--name my_annotation_store \
--version-name my_version
```
出力:
```
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Creating new versions of annotation stores](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetAnnotationStoreVersion](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store-version.html)」を参照してください。
### `get-annotation-store`
次のコード例は、`get-annotation-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアを表示するには**
次の `get-annotation-store` の例では、`my_ann_store` という名前の注釈ストアの詳細を取得します。
```
aws omics get-annotation-store \
--name my_ann_store
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {}
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-annotation-store.html)」を参照してください。
### `get-read-set-activation-job`
次のコード例は、`get-read-set-activation-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのアクティベーションジョブを表示するには**
次の `get-read-set-activation-job` の例では、読み取りセットのアクティベーションジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"readSetId": "1234567890",
"status": "FINISHED",
"statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
}
],
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job completed successfully."
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-activation-job.html)」を参照してください。
### `get-read-set-export-job`
次のコード例は、`get-read-set-export-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのエクスポートジョブを表示するには**
次の `get-read-set-export-job` の例では、読み取りセットのエクスポートジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED",
"statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-export-job.html)」を参照してください。
### `get-read-set-import-job`
次のコード例は、`get-read-set-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのインポートジョブを表示するには**
次の `get-read-set-import-job` の例では、読み取りセットのインポートジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"sources": [
{
"name": "HG00100",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "bam-sample",
"sourceFileType": "BAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "bam-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "bam-sample",
"aws:omics:subjectId": "bam-subject"
}
},
{
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sourceFileType": "FASTQ",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
"source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "fastq-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
"aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
}
},
{
"name": "HG00096",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "cram-sample",
"sourceFileType": "CRAM",
"sourceFiles": {
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
"source2": ""
},
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress.",
"subjectId": "cram-subject",
"tags": {
"aws:omics:sampleId": "cram-sample",
"aws:omics:subjectId": "cram-subject"
}
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-import-job.html)」を参照してください。
### `get-read-set-metadata`
次のコード例は、`get-read-set-metadata` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットを表示するには**
次の `get-read-set-metadata` の例では、読み取りセットのファイルの詳細を取得します。
```
aws omics get-read-set-metadata \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"files": {
"source1": {
"contentLength": 310054739,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
},
"source2": {
"contentLength": 307846621,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 3
}
},
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceInformation": {
"alignment": "UNALIGNED",
"totalBaseCount": 677717384,
"totalReadCount": 8917334
},
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReadSetMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set-metadata.html)」を参照してください。
### `get-read-set`
次のコード例は、`get-read-set` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットをダウンロードするには**
次の `get-read-set` の例では、読み取りセットのパート 3 を `1234567890.3.bam` としてダウンロードします。
```
aws omics get-read-set \
--sequence-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 3 1234567890.3.bam
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReadSet](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-read-set.html)」を参照してください。
### `get-reference-import-job`
次のコード例は、`get-reference-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照インポートジョブを表示するには**
次の `get-reference-import-job` の例では、参照インポートジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sources": [
{
"name": "assembly-38",
"sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The source job is currently in progress."
}
],
"status": "IN_PROGRESS",
"statusMessage": "The job is currently in progress."
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-import-job.html)」を参照してください。
### `get-reference-metadata`
次のコード例は、`get-reference-metadata` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照を表示するには**
次の `get-reference-metadata` の例では、参照の詳細を取得します。
```
aws omics get-reference-metadata \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"files": {
"index": {
"contentLength": 160928,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 1
},
"source": {
"contentLength": 3249912778,
"partSize": 104857600,
"totalParts": 31
}
},
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReferenceMetadata](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-metadata.html)」を参照してください。
### `get-reference-store`
次のコード例は、`get-reference-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照ストアを表示するには**
次の `get-reference-store` の例では、参照ストアの詳細を取得します。
```
aws omics get-reference-store \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-rstore-0"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReferenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference-store.html)」を参照してください。
### `get-reference`
次のコード例は、`get-reference` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ゲノム参照をダウンロードするには**
次の `get-reference` の例では、ゲノムのパート 1 を `hg38.1.fa` としてダウンロードします。
```
aws omics get-reference \
--reference-store-id 1234567890 \
--id 1234567890 \
--part-number 1 hg38.1.fa
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetReference](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-reference.html)」を参照してください。
### `get-run-group`
次のコード例は、`get-run-group` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行グループを表示するには**
次の `get-run-group` の例では、実行グループの詳細を取得します。
```
aws omics get-run-group \
--id 1234567
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-group.html)」を参照してください。
### `get-run-task`
次のコード例は、`get-run-task` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**タスクを表示するには**
次の `get-run-task` の例では、ワークフロータスクの詳細を取得します。
```
aws omics get-run-task \
--id 1234567 \
--task-id 1234567
```
出力:
```
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Task lifecycle in a HealthOmics run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetRunTask](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run-task.html)」を参照してください。
### `get-run`
次のコード例は、`get-run` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローの実行を表示するには**
次の `get-run` の例では、ワークフロー実行の詳細を取得します。
```
aws omics get-run \
--id 1234567
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
"parameters": {
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
},
"resourceDigests": {
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
"s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
},
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
"status": "STARTING",
"tags": {},
"workflowId": "1234567",
"workflowType": "PRIVATE"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-run.html)」を参照してください。
### `get-sequence-store`
次のコード例は、`get-sequence-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**シーケンスストアを表示するには**
次の `get-sequence-store` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアの詳細を取得します。
```
aws omics get-sequence-store \
--id 1234567890
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetSequenceStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-sequence-store.html)」を参照してください。
### `get-share`
次のコード例は、`get-share` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**HealthOmics 分析データの共有に関するメタデータを取得するには**
次の `get-share` の例では、分析データのクロスアカウント共有のメタデータを取得します。
```
aws omics get-share \
--share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"
```
出力:
```
{
"share": {
"shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
"name": "my_Share-123",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Cross-account sharing](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetShare](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-share.html)」を参照してください。
### `get-variant-import-job`
次のコード例は、`get-variant-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントインポートジョブを表示するには**
次の `get-variant-import-job` の例では、バリアントインポートジョブの詳細を取得します。
```
aws omics get-variant-import-job \
--job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"items": [
{
"jobStatus": "IN_PROGRESS",
"source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
}
],
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "IN_PROGRESS",
"updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-import-job.html)」を参照してください。
### `get-variant-store`
次のコード例は、`get-variant-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントストアを表示するには**
次の `get-variant-store` の例では、バリアントストアの詳細を取得します。
```
aws omics get-variant-store \
--name my_var_store
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"tags": {},
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-variant-store.html)」を参照してください。
### `get-workflow`
次のコード例は、`get-workflow` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローを表示するには**
次の `get-workflow` の例では、ID `1234567` のワークフローの詳細を取得します。
```
aws omics get-workflow \
--id 1234567
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"engine": "WDL",
"id": "1234567",
"main": "workflow-crambam.wdl",
"name": "cram-converter",
"parameterTemplate": {
"ref_dict": {
"description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
},
"ref_fasta_index": {
"description": "Index of the reference genome fasta file"
},
"ref_fasta": {
"description": "Reference genome fasta file"
},
"input_cram": {
"description": "The Cram file to convert to BAM"
},
"sample_name": {
"description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
}
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n workflow CramToBamFlow\n call CramToBamTask\n call ValidateSamFile\n task CramToBamTask\n task ValidateSamFile\n",
"tags": {},
"type": "PRIVATE"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[GetWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/get-workflow.html)」を参照してください。
### `list-annotation-import-jobs`
次のコード例は、`list-annotation-import-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈インポートジョブのリストを取得するには**
次の `list-annotation-import-jobs` は、注釈インポートジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-annotation-import-jobs
```
出力:
```
{
"annotationImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
"destinationName": "gff_ann_store",
"id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
"destinationName": "my_ann_store",
"id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "FAILED",
"updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListAnnotationImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-import-jobs.html)」を参照してください。
### `list-annotation-store-versions`
次のコード例は、`list-annotation-store-versions` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアのすべてのバージョンを一覧表示するには**
次の `list-annotation-store-versions` の例では、注釈ストアが存在するすべてのバージョンを一覧表示します。
```
aws omics list-annotation-store-versions \
--name my_annotation_store
```
出力:
```
{
"annotationStoreVersions": [
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "2a3f4a44aa7b",
"status": "CREATING",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_2",
"creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
"versionSizeBytes": 0
},
{
"storeId": "4934045d1c6d",
"id": "4934045d1c6d",
"status": "ACTIVE",
"versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
"name": "my_annotation_store",
"versionName": "my_version_1",
"creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
"updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
"statusMessage": "",
"versionSizeBytes": 0
}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Creating new versions of annotation stores](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/annotation-store-versioning.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListAnnotationStoreVersions](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-store-versions.html)」を参照してください。
### `list-annotation-stores`
次のコード例は、`list-annotation-stores` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアのリストを取得するには**
次の `list-annotation-stores` の例では、注釈ストアのリストを取得します。
```
aws omics list-annotation-stores
```
出力:
```
{
"annotationStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
"id": "0a91xmplc71f",
"name": "my_ann_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"statusMessage": "",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
"storeFormat": "VCF",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListAnnotationStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-annotation-stores.html)」を参照してください。
### `list-multipart-read-set-uploads`
次のコード例は、`list-multipart-read-set-uploads` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**すべてのマルチパート読み取りセットのアップロードとそのステータスを一覧表示するには**
次の `list-multipart-read-set-uploads` の例では、すべてのマルチパート読み取りセットのアップロードとそのステータスを一覧表示します。
```
aws omics list-multipart-read-set-uploads \
--sequence-store-id 0123456789
```
出力:
```
{
"uploads":
[
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "8749584421",
"sourceFileType": "FASTQ",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"name": "HG00146",
"description": "FASTQ for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "5290538638",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00146",
"description": "BAM for HG00146",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
},
{
"sequenceStoreId": "0123456789",
"uploadId": "4174220862",
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "mySubject",
"sampleId": "mySample",
"generatedFrom": "1000 Genomes",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
"name": "HG00147",
"description": "BAM for HG00147",
"creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListMultipartReadSetUploads](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-multipart-read-set-uploads.html)」を参照してください。
### `list-read-set-activation-jobs`
次のコード例は、`list-read-set-activation-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのアクティベーションジョブのリストを取得するには**
次の `list-read-set-activation-jobs` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアのアクティベーションジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-read-set-activation-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"activationJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReadSetActivationJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-activation-jobs.html)」を参照してください。
### `list-read-set-export-jobs`
次のコード例は、`list-read-set-export-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのエクスポートジョブのリストを取得するには**
次の `list-read-set-export-jobs` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアのエクスポートジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-read-set-export-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"exportJobs": [
{
"completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReadSetExportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-export-jobs.html)」を参照してください。
### `list-read-set-import-jobs`
次のコード例は、`list-read-set-import-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットインポートジョブのリストを取得するには**
次の `list-read-set-import-jobs` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアのインポートジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-read-set-import-jobs \
--sequence-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
"creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED"
},
{
"completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
"creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReadSetImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-import-jobs.html)」を参照してください。
### `list-read-set-upload-parts`
次のコード例は、`list-read-set-upload-parts` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**シーケンスストアのリクエストされたマルチパートアップロード内のすべてのパートを一覧表示するには**
次の `list-read-set-upload-parts` の例では、シーケンスストアのリクエストされたマルチパートアップロードのすべてのパートを一覧表示します。
```
aws omics list-read-set-upload-parts \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1
```
出力:
```
{
"parts": [
{
"partNumber": 1,
"partSize": 94371840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
{
"partNumber": 2,
"partSize": 10471840,
"file": "SOURCE1",
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
"lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReadSetUploadParts](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-set-upload-parts.html)」を参照してください。
### `list-read-sets`
次のコード例は、`list-read-sets` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのリストを取得するには**
次の `list-read-sets` の例では、ID `1234567890` のシーケンスストアの読み取りセットのリストを取得します。
```
aws omics list-read-sets \
--sequence-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"readSets": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
"fileType": "FASTQ",
"id": "1234567890",
"name": "HG00146",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"sampleId": "fastq-sample",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"subjectId": "fastq-subject"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReadSets](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-read-sets.html)」を参照してください。
### `list-reference-import-jobs`
次のコード例は、`list-reference-import-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照インポートジョブのリストを取得するには**
次の `list-reference-import-jobs` の例では、ID `1234567890` の参照ストアの参照インポートジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-reference-import-jobs \
--reference-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"importJobs": [
{
"completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
"creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "COMPLETED"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "IN_PROGRESS"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReferenceImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-import-jobs.html)」を参照してください。
### `list-reference-stores`
次のコード例は、`list-reference-stores` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照ストアのリストを取得するには**
次の `list-reference-stores` の例では、参照ストアのリストを取得します。
```
aws omics list-reference-stores
```
出力:
```
{
"referenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-ref-store"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReferenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-reference-stores.html)」を参照してください。
### `list-references`
次のコード例は、`list-references` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照のリストを取得するには**
次の `list-references` の例では、ID `1234567890` の参照ストアのゲノム参照のリストを取得します。
```
aws omics list-references \
--reference-store-id 1234567890
```
出力:
```
{
"references": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
"id": "1234567890",
"md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
"name": "assembly-38",
"referenceStoreId": "1234567890",
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListReferences](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-references.html)」を参照してください。
### `list-run-groups`
次のコード例は、`list-run-groups` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行グループのリストを取得するには**
次の `list-run-groups` の例では、実行グループのリストを取得します。
```
aws omics list-run-groups
```
出力:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 20,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating run groups](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-run-groups.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListRunGroups](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-groups.html)」を参照してください。
### `list-run-tasks`
次のコード例は、`list-run-tasks` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**タスクのリストを取得するには**
次の `list-run-tasks` の例では、ワークフロー実行のタスクのリストを取得します。
```
aws omics list-run-tasks \
--id 1234567
```
出力:
```
{
"items": [
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
"memory": 15,
"name": "CramToBamTask",
"startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
"taskId": "1234567"
},
{
"cpus": 1,
"creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
"memory": 4,
"name": "ValidateSamFile",
"startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
"taskId": "1234567"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Task lifecycle in a HealthOmics run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflow-run-tasks.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListRunTasks](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-run-tasks.html)」を参照してください。
### `list-runs`
次のコード例は、`list-runs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフロー実行のリストを取得するには**
次の `list-runs` の例では、ワークフロー実行のリストを取得します。
```
aws omics list-runs
```
出力:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
"status": "COMPLETED",
"stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"priority": 1,
"startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
"status": "FAILED",
"stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
"storageCapacity": 10,
"workflowId": "1234567"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
"id": "1234567",
"name": "cram-to-bam",
"status": "STARTING",
"workflowId": "1234567"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Run lifecycle in a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/monitoring-runs.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListRuns](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-runs.html)」を参照してください。
### `list-sequence-stores`
次のコード例は、`list-sequence-stores` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**シーケンスストアのリストを取得するには**
次の `list-sequence-stores` の例では、シーケンスストアのリストを取得します。
```
aws omics list-sequence-stores
```
出力:
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
"creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
"id": "1234567890",
"name": "my-seq-store"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListSequenceStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-sequence-stores.html)」を参照してください。
### `list-shares`
次のコード例は、`list-shares` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**HealthOmics 分析データの使用可能な共有を一覧表示するには**
次の `list-shares` の例では、リソース所有者用に作成されたすべての共有を一覧表示します。
```
aws omics list-shares \
--resource-owner SELF
```
出力:
```
{
"shares": [
{
"shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
"name": "myShare",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "PENDING"
}
{
"shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
"name": "myShare3456",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
},
{
"shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
"name": "myShare4",
"resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
"principalSubscriber": "123456789012",
"ownerId": "555555555555",
"status": "ACTIVE"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Cross-account sharing](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/cross-account-sharing.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListShares](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-shares.html)」を参照してください。
### `list-tags-for-resource`
次のコード例は、`list-tags-for-resource` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**タグのリストを取得するには**
次の `list-tags-for-resource` の例では、ID `1234567` のワークフローのタグのリストを取得します。
```
aws omics list-tags-for-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567
```
出力:
```
{
"tags": {
"department": "analytics"
}
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Amazon Omics リソースにタグを付ける](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「AWS CLI コマンドリファレンス」の「[ListTagsForResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-tags-for-resource.html)」を参照してください。
### `list-variant-import-jobs`
次のコード例は、`list-variant-import-jobs` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントインポートジョブのリストを取得するには**
次の `list-variant-import-jobs` の例では、バリアントインポートジョブのリストを取得します。
```
aws omics list-variant-import-jobs
```
出力:
```
{
"variantImportJobs": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
},
{
"creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
"destinationName": "my_var_store",
"id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"runLeftNormalization": false,
"status": "COMPLETED",
"updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListVariantImportJobs](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-import-jobs.html)」を参照してください。
### `list-variant-stores`
次のコード例は、`list-variant-stores` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントストアのリストを取得するには**
次の `list-variant-stores` の例では、バリアントストアのリストを取得します。
```
aws omics list-variant-stores
```
出力:
```
{
"variantStores": [
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "CREATING",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
},
{
"creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
"id": "8777xmpl1a24",
"name": "myvstore0",
"status": "ACTIVE",
"storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
"storeSizeBytes": 0,
"updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
}
]
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListVariantStores](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-variant-stores.html)」を参照してください。
### `list-workflows`
次のコード例は、`list-workflows` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローのリストを取得するには**
次の `list-workflows` の例では、ワークフローのリストを取得します。
```
aws omics list-workflows
```
出力:
```
{
"items": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
"digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
"id": "1234567",
"name": "my-wkflow-0",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
},
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
"creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
"digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
"id": "1234567",
"name": "cram-converter",
"status": "ACTIVE",
"type": "PRIVATE"
}
]
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating private workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows-setup.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[ListWorkflows](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/list-workflows.html)」を参照してください。
### `start-annotation-import-job`
次のコード例は、`start-annotation-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈をインポートするには**
次の `start-annotation-import-job` の例では、Amazon S3 から注釈をインポートします。
```
aws omics start-annotation-import-job \
--destination-name tsv_ann_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz
```
出力:
```
{
"jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartAnnotationImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-annotation-import-job.html)」を参照してください。
### `start-read-set-activation-job`
次のコード例は、`start-read-set-activation-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**アーカイブされた読み取りセットをアクティブ化するには**
次の `start-read-set-activation-job` の例では、2 つの読み取りセットをアクティブ化します。
```
aws omics start-read-set-activation-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartReadSetActivationJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-activation-job.html)」を参照してください。
### `start-read-set-export-job`
次のコード例は、`start-read-set-export-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットをエクスポートするには**
次の `start-read-set-export-job` の例では、2 つの読み取りセットを Amazon S3 にエクスポートします。
```
aws omics start-read-set-export-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
--destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
"destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
"id": "1234567890",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartReadSetExportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-export-job.html)」を参照してください。
### `start-read-set-import-job`
次のコード例は、`start-read-set-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットをインポートするには**
次の `start-read-set-import-job` の例では、読み取りセットをインポートします。
```
aws omics start-read-set-import-job \
--sequence-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources file://readset-sources.json
```
readset-sources.json は、次のコンテンツを含む JSON ドキュメントです。
```
[
{
"sourceFiles":
{
"source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
},
"sourceFileType": "BAM",
"subjectId": "bam-subject",
"sampleId": "bam-sample",
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
"name": "HG00100"
}
]
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
"id": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"sequenceStoreId": "1234567890",
"status": "SUBMITTED"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartReadSetImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-read-set-import-job.html)」を参照してください。
### `start-reference-import-job`
次のコード例は、`start-reference-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**参照ゲノムをインポートするには**
次の `start-reference-import-job` の例では、Amazon S3 から参照ゲノムをインポートします。
```
aws omics start-reference-import-job \
--reference-store-id 1234567890 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
"id": "1234567890",
"referenceStoreId": "1234567890",
"roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
"status": "SUBMITTED"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/sequence-stores.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartReferenceImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-reference-import-job.html)」を参照してください。
### `start-run`
次のコード例は、`start-run` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローを実行するには**
次の `start-run` の例では、ID `1234567` のワークフローを実行します。
```
aws omics start-run \
--workflow-id 1234567 \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--name 'cram-to-bam' \
--output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
--run-group-id 1234567 \
--priority 1 \
--storage-capacity 10 \
--log-level ALL \
--parameters file://workflow-inputs.json
```
workflow-inputs.json は、次のコンテンツを含む JSON ドキュメントです。
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
"ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
"id": "1234567",
"status": "PENDING",
"tags": {}
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Starting a run](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/starting-a-run.html)」を参照してください。
**Amazon Omics からソースファイルをロードするには**
サービス固有の URI を使用して、Amazon Omics Storage からソースファイルをロードすることもできます。次の workflow-inputs.json ファイルの例では、読み取りセットおよび参照ゲノムのソースに Amazon Omics URI を使用します。
```
{
"sample_name": "NA12878",
"input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
"ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
"ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
"ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}
```
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartRun](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-run.html)」を参照してください。
### `start-variant-import-job`
次のコード例は、`start-variant-import-job` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントファイルをインポートするには**
次の `start-variant-import-job` の例では、VCF 形式のバリアントファイルをインポートします。
```
aws omics start-variant-import-job \
--destination-name my_var_store \
--no-run-left-normalization \
--role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
--items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
```
出力:
```
{
"jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[StartVariantImportJob](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/start-variant-import-job.html)」を参照してください。
### `tag-resource`
次のコード例は、`tag-resource` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**リソースにタグを付けるには**
次の `tag-resource` の例では、ID `1234567` のワークフローに `department` タグを追加します。
```
aws omics tag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tags department=analytics
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Amazon Omics リソースにタグを付ける](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[TagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/tag-resource.html)」を参照してください。
### `untag-resource`
次の例では、`untag-resource` を使用する方法を説明しています。
**AWS CLI**
**リソースからタグを削除するには**
次の `untag-resource` の例では、ワークフローから `department` タグを削除します。
```
aws omics untag-resource \
--resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
--tag-keys department
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Storage](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/tagging.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UntagResource](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/untag-resource.html)」を参照してください。
### `update-annotation-store`
次のコード例は、`update-annotation-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**注釈ストアを更新するには**
次の `update-annotation-store` の例では、`my_vcf_store` という名前の注釈ストアの説明を更新します。
```
aws omics update-annotation-store \
--name my_vcf_store \
--description "VCF annotation store"
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
"description": "VCF annotation store",
"id": "bd6axmpl2444",
"name": "my_vcf_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"storeFormat": "VCF",
"updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UpdateAnnotationStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-annotation-store.html)」を参照してください。
### `update-run-group`
次のコード例は、`update-run-group` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**実行グループを更新するには**
次の `update-run-group` の例では、ID `1234567` の実行グループの設定を更新します。
```
aws omics update-run-group \
--id 1234567 \
--max-cpus 10
```
出力:
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
"creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
"id": "1234567",
"maxCpus": 10,
"maxDuration": 600,
"name": "cram-convert",
"tags": {}
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Workflows](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/workflows.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UpdateRunGroup](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-run-group.html)」を参照してください。
### `update-variant-store`
次のコード例は、`update-variant-store` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**バリアントストアを更新するには**
次の `update-variant-store` の例では、`my_var_store` という名前のバリアントストアの説明を更新します。
```
aws omics update-variant-store \
--name my_var_store \
--description "variant store"
```
出力:
```
{
"creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
"description": "variant store",
"id": "02dexmplcfdd",
"name": "my_var_store",
"reference": {
"referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
},
"status": "ACTIVE",
"updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}
```
詳細については、「*Amazon Omics Developer Guide*」の「[Omics Analytics](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/omics-analytics.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UpdateVariantStore](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-variant-store.html)」を参照してください。
### `update-workflow`
次のコード例は、`update-workflow` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**ワークフローを更新するには**
次の `update-workflow` の例では、ID `1234567` のワークフローの説明を更新します。
```
aws omics update-workflow \
--id 1234567 \
--description "copy workflow"
```
詳細については、「*AWS HealthOmics ユーザーガイド*」の「[Creating or updating a workflow](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/creating-private-workflows.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UpdateWorkflow](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/update-workflow.html)」を参照してください。
### `upload-read-set-part`
次のコード例は、`upload-read-set-part` を使用する方法を示しています。
**AWS CLI**
**読み取りセットのパートをアップロードするには**
次の `upload-read-set-part` の例では、読み取りセットの指定されたパートをアップロードします。
```
aws omics upload-read-set-part \
--sequence-store-id 0123456789 \
--upload-id 1122334455 \
--part-source SOURCE1 \
--part-number 1 \
--payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz
```
出力:
```
{
"checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}
```
詳細については、「*AWS HealthOmics User Guide*」の「[Direct upload to a sequence store](https://docs.aws.amazon.com/omics/latest/dev/synchronous-uploads.html)」を参照してください。
+ API の詳細については、「*AWS CLI コマンドリファレンス*」の「[UploadReadSetPart](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/omics/upload-read-set-part.html)」を参照してください。