を使用したHealthOmics の例 AWS CLI

マルチパートリードセットのアップロードを停止するには

次のabort-multipart-read-set-upload例では、 HealthOmics シーケンスストアへのマルチパートリードセットのアップロードを停止します。

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

このコマンドでは何も出力されません。

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。

分析ストアデータの共有を受け入れるには

次のaccept-share例では、 HealthOmics 分析ストアデータの共有を受け入れます。

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

出力:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「クロスアカウント共有」を参照してください。

複数のリードセットを削除するには

次のbatch-delete-read-set例では、2 つのリードセットを削除します。

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

指定されたリードセットのいずれかを削除する際にエラーが発生した場合、サービスはエラーリストを返します。

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

注釈インポートジョブをキャンセルするには

次のcancel-annotation-import-job例では、ID が の注釈インポートジョブをキャンセルします04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997。

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

実行をキャンセルするには

次のcancel-run例では、ID で実行をキャンセルします1234567。

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

バリアントインポートジョブをキャンセルするには

次のcancel-variant-import-job例では、ID が のバリアントインポートジョブをキャンセルします69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e。

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

すべてのコンポーネントをアップロードしたら、マルチパートアップロードを終了します。

次のcomplete-multipart-read-set-upload例では、すべてのコンポーネントがアップロードされると、シーケンスストアへのマルチパートアップロードを終了します。

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

出力:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。

アノテーションストアの新しいバージョンを作成するには

次のcreate-annotation-store-version例では、アノテーションストアの新しいバージョンを作成します。

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

出力:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「注釈ストアの新しいバージョンの作成」を参照してください。

例 1: VCF 注釈ストアを作成するには

次のcreate-annotation-store例では、VCF 形式の注釈ストアを作成します。

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

例 2: TSV 注釈ストアを作成するには

次のcreate-annotation-store例では、TSV 形式の注釈ストアを作成します。

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json は、注釈の形式オプションを設定します。

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

マルチパートリードセットのアップロードを開始するには。

次のcreate-multipart-read-set-upload例では、マルチパートリードセットのアップロードを開始します。

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

出力:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。

リファレンスストアを作成するには

次のcreate-reference-store例では、リファレンスストア を作成しますmy-ref-store。

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

実行グループを作成するには

次のcreate-run-group例では、 という名前の実行グループを作成しますcram-converter。

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-duration 600

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

シーケンスストアを作成するには

次のcreate-sequence-store例では、シーケンスストアを作成します。

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

a HealthOmics 分析ストアの共有を作成するには

次のcreate-share例は、アカウント外のサブスクライバーが受け入れることができる a HealthOmics 分析ストアの共有を作成する方法を示しています。

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

出力:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「クロスアカウント共有」を参照してください。

バリアントストアを作成するには

次のcreate-variant-store例では、 という名前のバリアントストアを作成しますmy_var_store。

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

ワークフローを作成するには

次のcreate-workflow例では、WDL ワークフローを作成します。

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip は、ワークフロー定義を含む ZIP アーカイブです。 は、ワークフローのランタイムパラメータworkflow-params.jsonを定義します。

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

注釈ストアバージョンを削除するには

次のdelete-annotation-store-versions例では、注釈ストアバージョンを削除します。

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

出力:

{
    "errors": []
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「注釈ストアの新しいバージョンの作成」を参照してください。

注釈ストアを削除するには

次のdelete-annotation-store例では、 という名前の注釈ストアを削除しますmy_vcf_store。

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

出力:

{
    "status": "DELETING"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

リファレンスストアを削除するには

次のdelete-reference-store例では、ID が のリファレンスストアを削除します1234567890。

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスを削除するには

次のdelete-reference例では、リファレンスを削除します。

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

実行グループを削除するには

次のdelete-run-group例では、ID を持つ実行グループを削除します1234567。

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

ワークフロー実行を削除するには

次のdelete-run例では、ID で実行を削除します1234567。

aws omics delete-run \
    --id 1234567

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

シーケンスストアを削除するには

次のdelete-sequence-store例では、ID が のシーケンスストアを削除します1234567890。

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

HealthOmics 分析データの共有を削除するには

次のdelete-share例では、分析データのクロスアカウント共有を削除します。

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

出力:

{
    "status": "DELETING"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「クロスアカウント共有」を参照してください。

バリアントストアを削除するには

次のdelete-variant-store例では、 という名前のバリアントストアを削除しますmy_var_store。

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

出力:

{
    "status": "DELETING"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

ワークフローを削除するには

次のdelete-workflow例では、ID が のワークフローを削除します1234567。

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

注釈インポートジョブを表示するには

次のget-annotation-import-job例では、注釈インポートジョブの詳細を取得します。

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

注釈ストアバージョンのメタデータを取得するには

次のget-annotation-store-version例では、リクエストされたアノテーションストアバージョンのメタデータを取得します。

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

出力:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「注釈ストアの新しいバージョンの作成」を参照してください。

注釈ストアを表示するには

次のget-annotation-store例では、 という名前の注釈ストアの詳細を取得しますmy_ann_store。

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

リードセットアクティベーションジョブを表示するには

次のget-read-set-activation-job例では、リードセットアクティベーションジョブの詳細を取得します。

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットエクスポートジョブを表示するには

次のget-read-set-export-job例では、リードセットエクスポートジョブの詳細を取得します。

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットのインポートジョブを表示するには

次のget-read-set-import-job例では、リードセットのインポートジョブの詳細を取得します。

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットを表示するには

次のget-read-set-metadata例では、リードセットのファイルの詳細を取得します。

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットをダウンロードするには

次のget-read-set例では、リードセットのパート 3 を としてダウンロードします1234567890.3.bam。

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスインポートジョブを表示するには

次のget-reference-import-job例では、リファレンスインポートジョブの詳細を取得します。

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスを表示するには

次のget-reference-metadata例では、リファレンスの詳細を取得します。

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスストアを表示するには

次のget-reference-store例では、リファレンスストアの詳細を取得します。

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

ゲノムリファレンスをダウンロードするには

次のget-reference例では、ゲノムのパート 1 を としてダウンロードしますhg38.1.fa。

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

実行グループを表示するには

次のget-run-group例では、実行グループの詳細を取得します。

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

タスクを表示するには

次のget-run-task例では、ワークフロータスクの詳細を取得します。

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

出力:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

ワークフロー実行を表示するには

次のget-run例では、ワークフローの実行に関する詳細を取得します。

aws omics get-run \
    --id 1234567

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

シーケンスストアを表示するには

次のget-sequence-store例では、ID を持つシーケンスストアの詳細を取得します1234567890。

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

a HealthOmics 分析データの共有に関するメタデータを取得するには

次のget-share例では、分析データのクロスアカウント共有のメタデータを取得します。

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

出力:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「クロスアカウント共有」を参照してください。

バリアントインポートジョブを表示するには

次のget-variant-import-job例では、バリアントインポートジョブの詳細を取得します。

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

バリアントストアを表示するには

次のget-variant-store例では、バリアントストアの詳細を取得します。

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

ワークフローを表示するには

次のget-workflow例では、ID を持つワークフローの詳細を取得します1234567。

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

注釈インポートジョブのリストを取得するには

以下は、注釈インポートジョブのリストlist-annotation-import-jobsを取得します。

aws omics list-annotation-import-jobs

出力:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

注釈ストアのすべてのバージョンを一覧表示するには。

次のlist-annotation-store-versions例では、アノテーションストアに存在するすべてのバージョンを一覧表示します。

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

出力:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「注釈ストアの新しいバージョンの作成」を参照してください。

注釈ストアのリストを取得するには

次のlist-annotation-stores例では、注釈ストアのリストを取得します。

aws omics list-annotation-stores

出力:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

すべてのマルチパートリードセットのアップロードとそのステータスを一覧表示するには。

次のlist-multipart-read-set-uploads例では、すべてのマルチパートリードセットのアップロードとそのステータスを一覧表示します。

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

出力:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。

リードセットアクティベーションジョブのリストを取得するには

次のlist-read-set-activation-jobs例では、ID が のシーケンスストアのアクティベーションジョブのリストを取得します1234567890。

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

出力:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットエクスポートジョブのリストを取得するには

次のlist-read-set-export-jobs例では、ID が のシーケンスストアのエクスポートジョブのリストを取得します1234567890。

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

出力:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットインポートジョブのリストを取得するには

次のlist-read-set-import-jobs例では、ID が のシーケンスストアのインポートジョブのリストを取得します1234567890。

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

出力:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

シーケンスストアのリクエストされたマルチパートアップロードのすべてのパートを一覧表示するには。

次のlist-read-set-upload-parts例では、シーケンスストアのリクエストされたマルチパートアップロードのすべてのパートを一覧表示します。

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

出力:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。

リードセットのリストを取得するには

次のlist-read-sets例では、ID が のシーケンスストアのリードセットのリストを取得します1234567890。

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

出力:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスインポートジョブのリストを取得するには

次のlist-reference-import-jobs例では、ID が のリファレンスストアのリファレンスインポートジョブのリストを取得します1234567890。

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

出力:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスストアのリストを取得するには

次のlist-reference-stores例では、リファレンスストアのリストを取得します。

aws omics list-reference-stores

出力:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスのリストを取得するには

次のlist-references例では、ID が のリファレンスストアのゲノムリファレンスのリストを取得します1234567890。

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

出力:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

実行グループのリストを取得するには

次のlist-run-groups例では、実行グループのリストを取得します。

aws omics list-run-groups

出力:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

タスクのリストを取得するには

次のlist-run-tasks例では、ワークフロー実行のタスクのリストを取得します。

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

出力:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

ワークフロー実行のリストを取得するには

次のlist-runs例では、ワークフロー実行のリストを取得します。

aws omics list-runs

出力:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

シーケンスストアのリストを取得するには

次のlist-sequence-stores例では、シーケンスストアのリストを取得します。

aws omics list-sequence-stores

出力:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

a HealthOmics 分析データの利用可能な共有を一覧表示するには

次のlist-shares例では、リソース所有者用に作成されたすべての共有を一覧表示します。

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

出力:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「クロスアカウント共有」を参照してください。

タグのリストを取得するには

次のlist-tags-for-resource例では、ID が のワークフローのタグのリストを取得します1234567。

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

出力:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

詳細については、「Amazon Omics デベロッパーガイド」の「Amazon Omics でのリソースのタグ付け」を参照してください。

バリアントインポートジョブのリストを取得するには

次のlist-variant-import-jobs例では、バリアントインポートジョブのリストを取得します。

aws omics list-variant-import-jobs

出力:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

バリアントストアのリストを取得するには

次のlist-variant-stores例では、バリアントストアのリストを取得します。

aws omics list-variant-stores

出力:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

ワークフローのリストを取得するには

次のlist-workflows例では、ワークフローのリストを取得します。

aws omics list-workflows

出力:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

注釈をインポートするには

次のstart-annotation-import-job例では、Amazon S3 から注釈をインポートします。

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

出力:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

アーカイブされたリードセットをアクティブ化するには

次のstart-read-set-activation-job例では、2 つのリードセットをアクティブ化します。

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

出力:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットをエクスポートするには

次のstart-read-set-export-job例では、2 つのリードセットを Amazon S3 にエクスポートします。

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

出力:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットをインポートするには

次のstart-read-set-import-job例では、リードセットをインポートします。

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json は、次のコンテンツを含む JSON ドキュメントです。

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リファレンスゲノムをインポートするには

次のstart-reference-import-job例では、Amazon S3 からリファレンスゲノムをインポートします。

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

ワークフローを実行するには

次のstart-run例では、ID でワークフローを実行します1234567。

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json は、次のコンテンツを含む JSON ドキュメントです。

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

Amazon Omics からソースファイルをロードするには

サービス固有の URIs を使用して、Amazon Omics ストレージからソースファイルをロードすることもできます。次の Workflow-inputs.json ファイルの例では、リードセットおよびリファレンスゲノムソースに Amazon Omics URIs を使用します。

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

バリアントファイルをインポートするには

次のstart-variant-import-job例では、VCF 形式のバリアントファイルをインポートします。

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

出力:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

リソースにタグを付けるには

次のtag-resource例では、ID が のワークフローにdepartmentタグを追加します1234567。

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

詳細については、「Amazon Omics デベロッパーガイド」の「Amazon Omics でのリソースのタグ付け」を参照してください。

リソースからタグを削除するには

次のuntag-resource例では、ワークフローから department タグを削除します。

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

注釈ストアを更新するには

次のupdate-annotation-store例では、 という名前の注釈ストアの説明を更新しますmy_vcf_store。

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

出力:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

実行グループを更新するには

次のupdate-run-group例では、ID を使用して実行グループの設定を更新します1234567。

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

出力:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics ワークフロー」を参照してください。

バリアントストアを更新するには

次のupdate-variant-store例では、 という名前のバリアントストアの説明を更新しますmy_var_store。

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

出力:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Analytics」を参照してください。

ワークフローを更新するには

次のupdate-workflow例では、ID でワークフローの説明を更新します1234567。

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

詳細については、Amazon Omics デベロッパーガイドの「Omics Storage」を参照してください。

リードセットパートをアップロードするには。

次のupload-read-set-part例では、リードセットの指定された部分をアップロードします。

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

出力:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

詳細については、AWS HealthOmics ユーザーガイドの「シーケンスストアへの直接アップロード」を参照してください。