翻訳は機械翻訳により提供されています。提供された翻訳内容と英語版の間で齟齬、不一致または矛盾がある場合、英語版が優先します。

# Deadline Cloud で AutoDock Vina を使用して仮想スクリーニングを実行する
<a name="examples-jb-virtual-screening"></a>

[virtual\_screening\_vina](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/virtual_screening_vina) ジョブバンドルは [AutoDock Vina](https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina) を使用して、大きな複合ライブラリをタンパク質ターゲットに対してスクリーニングします。バンドルは複合ライブラリをチャンクに分割し、ワーカーのフリート間で並列にドッキングしてから、アフィニティをバインドして結果を集約してランク付けします。

パイプラインは 4 つのステップを実行します。

1. **PrepareReceptor** — Open Babel を使用して、タンパク質 PDB を PDBQT 形式に変換します。

1. **SplitLibrary** — SDF 複合ライブラリを N チャンクに分割します。

1. **DockCompounds** — N 並列ドッキングタスクを実行します (チャンクごとに 1 つ）。各タスクはべき等であり、スポットプリエンプションに対して安全です。

1. **ScoreAndRank** — すべてのチャンク結果をランク付けされた上位ヒットの CSV に集約します。

バンドルには、Linux x86\_64 サービスマネージドフリート (スポット推奨）、 `openbabel`からの を使用する conda キュー環境`conda-forge`、AutoDock Vina が必要です。S3 チャネルに [Deadline Cloud 用の AutoDock Vina conda パッケージを構築する](examples-conda-autodock-vina.md) conda レシピを構築するか、フリートホスト設定スクリプトを使用してバイナリをインストールして、Vina をインストールします。

`CompoundLibrary=chembl` (デフォルト) を設定して[ChEMBL](https://www.ebi.ac.uk/chembl/) から薬剤のような分子を自動的にダウンロードしてフィルタリングするか、独自の SDF ファイルを指定します。

`job_bundles` ディレクトリから、ジョブを送信します。

```
deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"
```

AutoDock Vina conda パッケージの構築の詳細については、「」を参照してください[Deadline Cloud 用の AutoDock Vina conda パッケージを構築する](examples-conda-autodock-vina.md)。