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# HealthOmics バリアントストアでのクエリの実行
<a name="analytics-run-queries"></a>

**重要**  
AWS HealthOmics バリアントストアと注釈ストアは、新規のお客様に公開されなくなりました。既存のお客様は、通常どおりサービスを引き続き使用できます。詳細については、「[AWS HealthOmics バリアントストアと注釈ストアの可用性の変更](variant-store-availability-change.md)」を参照してください。

Amazon Athena を使用してバリアントストアでクエリを実行できます。バリアントストアと注釈ストアのゲノム座標は、ゼロベースの半分閉じた半オープン間隔として表されることに注意してください。

## Athena コンソールを使用してシンプルなクエリを実行する
<a name="run-queries-athena-simple"></a>

次の例は、単純なクエリを実行する方法を示しています。

1. Athena クエリエディタを開く: [Athena クエリエディタ](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. **ワークグループ** で、セットアップ中に作成したワークグループを選択します。

1. **データソース**が **AwsDataCatalog** であることを確認します。

1. **データベース** で、Lake Formation のセットアップ中に作成したデータベースリソースリンクを選択します。

1. クエリ 1 タブのクエリ**エディタ**に次のクエリをコピーします。 ****

   ```
   SELECT * from omicsvariants limit 10
   ```

1. クエリを実行するには、**[実行]** を選択します。コンソールは、結果テーブルに**omicsvariants**テーブルの最初の 10 行を入力します。

## Athena コンソールを使用して複雑なクエリを実行する
<a name="run-queries-athena-complex"></a>

次の例は、複雑なクエリを実行する方法を示しています。このクエリを実行するには、注釈ストア`ClinVar`に をインポートします。

**複雑なクエリを実行する**

1. Athena クエリエディタを開く: [Athena クエリエディタ](https://console.aws.amazon.com//athena)

1. **ワークグループ** で、セットアップ中に作成したワークグループを選択します。

1. **データソース**が **AwsDataCatalog** であることを確認します。

1. **データベース** で、Lake Formation のセットアップ中に作成したデータベースリソースリンクを選択します。

1. 右上**\$1**の を選択して、クエリ **2** という名前の新しいクエリタブを作成します。

1. クエリ 2 タブのクエリ**エディタ**に次のクエリをコピーします。 ****

   ```
   SELECT variants.sampleid,
     variants.contigname,
     variants.start,
     variants."end",
     variants.referenceallele,
     variants.alternatealleles,
     variants.attributes AS variant_attributes,
     clinvar.attributes AS clinvar_attributes  
   FROM omicsvariants as variants 
   INNER JOIN omicsannotations as clinvar ON 
     variants.contigname=CONCAT('chr',clinvar.contigname) 
     AND variants.start=clinvar.start 
     AND variants."end"=clinvar."end" 
     AND variants.referenceallele=clinvar.referenceallele 
     AND variants.alternatealleles=clinvar.alternatealleles 
   WHERE clinvar.attributes['CLNSIG']='Likely_pathogenic'
   ```

1. **Run** を選択して、クエリの実行を開始します。