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# HealthOmics シーケンスストアの作成
HealthOmics シーケンスストアは、 `FASTQ` (gzip のみ) および の非整列形式のゲノムファイルのストレージをサポートしています`uBAM`。また、 `BAM`および のアラインされた形式もサポートしています`CRAM`。
インポートされたファイルは読み取りセットとして保存されます。読み取りセットにタグを追加し、IAM ポリシーを使用して読み取りセットへのアクセスを制御できます。整列されたリードセットには、ゲノムシーケンスを整列させるために参照ゲノムが必要ですが、整列されていないリードセットではオプションです。
リードセットを保存するには、まずシーケンスストアを作成します。シーケンスストアを作成するときは、オプションの Amazon S3 バケットをフォールバックの場所および S3 アクセスログが保存される場所として指定できます。フォールバックの場所は、直接アップロード中に読み取りセットの作成に失敗したファイルを保存するために使用されます。フォールバックロケーションは、2023 年 5 月 15 日以降に作成されたシーケンスストアで利用できます。シーケンスストアを作成するときに、フォールバックの場所を指定します。
最大 5 つのリードセットタグキーを指定できます。これらのキーのいずれかに一致するタグキーを使用して読み取りセットを作成または更新すると、読み取りセットタグは対応する Amazon S3 オブジェクトに伝達されます。HealthOmics によって作成されたシステムタグは、デフォルトで伝播されます。
**Topics**
+ [コンソールを使用したシーケンスストアの作成](#console-create-sequence-store)
+ [CLI を使用したシーケンスストアの作成](#api-create-sequence-store)
+ [シーケンスストアの更新](#update-sequence-store)
+ [シーケンスストアのリードセットタグの更新](#sequence-store-manage-tags)
+ [ゲノムファイルのインポート](#import-genomic-files)
## コンソールを使用したシーケンスストアの作成
**シーケンスストアを作成するには**
1. [HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/)を開きます。
1. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。**シーケンスストア**を選択します。
1. **シーケンスストアの作成**ページで、次の情報を入力します。
+ **シーケンスストア名** - このストアの一意の名前。
+ **説明** (オプション) - このシーケンスストアの説明。
1. **S3 のフォールバックの場所には**、Amazon S3 の場所を指定します。HealthOmics はフォールバックの場所を使用して、直接アップロード中に読み取りセットの作成に失敗したファイルを保存します。HealthOmics サービスに Amazon S3 フォールバックロケーションへの書き込みアクセスを許可する必要があります。ポリシーの例については[フォールバックの場所を設定する](synchronous-uploads.md#synchronous-uploads-fallback)を参照してください。
フォールバックロケーションは、2023 年 5 月 16 日より前に作成されたシーケンスストアでは使用できません。
1. (オプション) **S3 伝達のリードセットタグキーの場合**、最大 5 つのリードセットキーを入力して、リードセットから基盤となる S3 オブジェクトに伝達できます。読み取りセットから S3 オブジェクトにタグを伝播することで、タグやエンドユーザーに基づいて S3 アクセス許可を付与し、Amazon S3 getObjectTagging API オペレーションを通じて伝播されたタグを表示できます。
1. テキストボックスに 1 つのキー値を入力します。コンソールは、次のキーを追加する新しいテキストボックスを作成します。
1. (オプション) **削除** を選択して、すべてのキーを削除します。
1. **「データ暗号化**」で、データ暗号化を が所有および管理 AWS するか、カスタマー管理の CMK を使用するかを選択します。
1. (オプション) **S3 データアクセスで**、Amazon S3 を介してシーケンスストアにアクセスするための新しいロールとポリシーを作成するかどうかを選択します。
1. (オプション) **S3 アクセスログ記録**では、Amazon S3 がアクセスログレコードを収集`Enabled`するかどうかを選択します。
**S3 のアクセスログの場所**には、ログを保存する Amazon S3 の場所を指定します。このフィールドは、S3 アクセスログ記録を有効にした場合にのみ表示されます。
1. **タグ** (オプション) - このシーケンスストアには最大 50 個のタグを指定します。これらのタグは、読み取りセットのインポート/タグ更新中に設定される読み取りセットタグとは別のものです。
ストアを作成すると、 の準備が整います[ゲノムファイルのインポート](#import-genomic-files)。
## CLI を使用したシーケンスストアの作成
次の例では、 をシーケンスストアに選択した名前`sequence store name`に置き換えます。
```
aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"
```
JSON で次のレスポンスを受け取ります。これには、新しく作成したシーケンスストアの ID 番号が含まれます。
```
{
"id": "3936421177",
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
"name": "sequence_store_example_name",
"creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
"fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}
```
以下に示すように、**list-sequence-stores** コマンドを使用して、アカウントに関連付けられているすべてのシーケンスストアを表示することもできます。
```
aws omics list-sequence-stores
```
次のレスポンスが表示されます。
```
{
"sequenceStores": [
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
"id": "3936421177",
"name": "MySequenceStore",
"creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
"updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
"fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
"status": "Active"
}
]
}
```
**get-sequence-store** を使用して、次の例に示すように ID を使用してシーケンスストアの詳細を確認できます。
```
aws omics get-sequence-store --id sequence store ID
```
次のレスポンスが表示されます。
```
{
"arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
"creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
"updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
"description": null,
"fallbackLocation": null,
"id": "2015356892",
"name": "MySequenceStore",
"s3Access": {
"s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
"s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
"accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
},
"sseConfig": {
"keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
"type": "KMS"
},
"status": "Active",
"statusMessage": null,
"setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}
```
作成後、複数のストアパラメータを更新することもできます。これは、 コンソールまたは API `updateSequenceStore`オペレーションを使用して実行できます。
## シーケンスストアの更新
シーケンスストアを更新するには、次の手順に従います。
1. [HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/)を開きます。
1. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。**シーケンスストア**を選択します。
1. 更新するシーケンスストアを選択します。
1. **詳細**パネルで、**編集**を選択します。
1. **詳細の編集**ページで、次のフィールドを更新できます。
+ **シーケンスストア名** - このストアの一意の名前。
+ **説明** - このシーケンスストアの説明。
+ **S3 のフォールバックの場所**、Amazon S3 の場所を指定します。HealthOmics はフォールバックの場所を使用して、直接アップロード中に読み取りセットの作成に失敗したファイルを保存します。
+ **S3 伝達のリードセットタグキー**は、Amazon S3 に伝達するために最大 5 つのリードセットキーを入力できます。
+ (オプション) **S3 アクセスログ記録**では、Amazon S3 がアクセスログレコードを収集`Enabled`するかどうかを選択します。
**S3 のアクセスログの場所**で、ログを保存する Amazon S3 の場所を指定します。このフィールドは、S3 アクセスログ記録を有効にした場合にのみ表示されます。
+ **タグ** (オプション) - このシーケンスストアには最大 50 個のタグを指定します。
## シーケンスストアのリードセットタグの更新
シーケンスストアの読み取りセットタグやその他のフィールドを更新するには、次の手順に従います。
1. [HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/)を開きます。
1. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。**シーケンスストア**を選択します。
1. 更新するシーケンスストアを選択します。
1. **[詳細]** タブを選択します。
1. **[編集]** を選択します。
1. 必要に応じて、新しいリードセットタグを追加するか、既存のタグを削除します。
1. 必要に応じて、名前、説明、フォールバックの場所、または S3 データアクセスを更新します。
1. **[Save changes]** (変更の保存) をクリックします。
## ゲノムファイルのインポート
ゲノムファイルをシーケンスストアにインポートするには、次の手順に従います。
**ゲノミクスファイルをインポートするには**
1. [HealthOmics コンソール](https://console.aws.amazon.com/omics/)を開きます。
1. 必要に応じて、左側のナビゲーションペイン (≡) を開きます。**シーケンスストア**を選択します。
1. **シーケンスストア**ページで、ファイルをインポートするシーケンスストアを選択します。
1. 個々のシーケンスストアページで、**ゲノムファイルのインポート**を選択します。
1. **インポートの詳細の指定**ページで、次の情報を入力します。
+ **IAM ロール** - Amazon S3 のゲノムファイルにアクセスできる IAM ロール。
+ **参照ゲノム** - このゲノムデータの参照ゲノム。
1. **インポートマニフェストを指定**ページで、次の情報**マニフェストファイル**を指定します。マニフェストファイルは、ゲノミクスデータの重要な情報を記述する JSON または YAML ファイルです。マニフェストファイルの詳細については、「」を参照してください[HealthOmics シーケンスストアへの読み取りセットのインポート](import-sequence-store.md)。
1. **インポートジョブの作成** をクリックします。