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# HealthOmics ワークフローと Git ベースのリポジトリの統合
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ワークフロー (またはワークフローバージョン) を作成するときは、ワークフロー定義を指定して、ワークフロー、実行、タスクに関する情報を指定します。HealthOmics は、ワークフロー定義を .zip アーカイブ (ローカルまたは Amazon S3 バケットに保存) として、またはサポートされている Git ベースのリポジトリから取得できます。

HealthOmics と Git ベースのリポジトリを統合すると、次の機能が有効になります。
+ パブリック、プライベート、セルフマネージドインスタンスからの直接ワークフローの作成。
+ リポジトリからのワークフロー README ファイルとパラメータテンプレートの統合。
+ GitHub、GitLab、Bitbucket リポジトリのサポート。

Git ベースのリポジトリを使用することで、ワークフロー定義ファイルと入力パラメータテンプレートファイルをダウンロードし、.zip アーカイブを作成し、アーカイブを S3 にステージングする手動手順を回避できます。これにより、次のようなシナリオのワークフロー作成が簡素化されます。

1. nf-core などの一般的なオープンソースワークフローをすばやく使い始める必要があります。HealthOmics は、GitHub の nf-core リポジトリからすべてのワークフロー定義と入力パラメータテンプレートファイルを自動的に取得し、これらのファイルを使用して新しいワークフローを作成します。

1. GitHub のパブリックワークフローを使用しており、いくつかの新しい更新が利用可能になりました。GitHub で更新されたワークフロー定義をソースとして使用して、新しい HealthOmics ワークフローバージョンを簡単に作成できます。ワークフローのユーザーは、元のワークフローまたは作成した新しいワークフローバージョンを選択できます。

1. チームは、公開されていない独自のパイプラインを構築しています。プライベート git リポジトリにコードを保持し、このワークフロー定義を HealthOmics ワークフローに使用します。チームは、反復ワークフロー開発ライフサイクルの一環としてワークフロー定義を頻繁に更新します。必要に応じて、プライベートリポジトリから新しいワークフローバージョンを簡単に作成できます。

**Topics**
+ [サポートされている Git ベースのリポジトリ](#workflows-git-supported)
+ [外部コードリポジトリへの接続を設定する](#workflows-git-connections)
+ [セルフマネージドリポジトリへのアクセス](#workflows-git-self-managed)
+ [外部コードリポジトリに関連するクォータ](#workflows-git-quotas)
+ [必要な IAM 許可](#workflows-git-permissions)

## サポートされている Git ベースのリポジトリ
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HealthOmics は、次の Git ベースのプロバイダーのパブリックリポジトリとプライベートリポジトリをサポートしています。
+ GitHub 
+ GitLab 
+ Bitbucket 

HealthOmics は、次の Git ベースのプロバイダーのセルフマネージドリポジトリをサポートしています。
+ GitHubEnterpriseServer 
+ GitLabSelfManaged 

HealthOmics は、GitHub、GitLab、Bitbucket のクロスアカウント接続の使用をサポートしています。AWS Resource Access Manager を使用して共有アクセス許可を設定します。例については、*「 CodePipeline ユーザーガイド*」の[「共有接続](https://docs.aws.amazon.com/codepipeline/latest/userguide/connections-shared.html)」を参照してください。

## 外部コードリポジトリへの接続を設定する
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AWS CodeConnection を使用してワークフローを Git ベースのリポジトリに接続します。HealthOmics は、この接続を使用してソースコードリポジトリにアクセスします。

**注記**  
AWS CodeConnections サービスは、il-central-1 リージョンでは使用できません。このリージョンでは、リポジトリからワークフローまたはワークフローバージョンを作成するようにサービス us-east-1 を設定します。

### 接続を作成する
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接続を作成する前に、*「 デベロッパーコンソールツールユーザーガイド*」の[「接続の設定](https://docs.aws.amazon.com/dtconsole/latest/userguide/setting-up-connections.html)」の手順に従います。

接続を作成するには、「 *デベロッパーコンソールツールユーザーガイド*」の[「接続の作成](https://docs.aws.amazon.com/dtconsole/latest/userguide/connections-create.html)」の手順に従います。

### 接続の認可を設定する
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プロバイダーの OAuth フローを使用して接続を承認する必要があります。使用`AVAILABLE`する前に、接続ステータスが であることを確認します。

例については、ブログ記事[「How to Create an AWS HealthOmics Workflows from Content in Git](https://repost.aws/articles/ARCEN7AjhaRSmteczRoc_QsA/how-to-create-an-aws-healthomics-workflows-from-content-in-git)」を参照してください。

## セルフマネージドリポジトリへのアクセス
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GitLab セルフマネージドリポジトリへの接続を設定するには、ホストの作成時に管理者の個人用アクセストークンを使用します。後続の接続作成は、顧客のアカウントで Oauth にアクセスします。

次の例では、GitLab セルフマネージドリポジトリへの接続を設定します。

1. 管理者ユーザーの個人用アクセストークンへのアクセスを設定します。

   GitLab セルフマネージドリポジトリで PAT を設定するには、*GitLab Docs *の[「個人用アクセストークン](https://docs.gitlab.com/user/profile/personal_access_tokens/)」を参照してください。

1. ホストを作成する

   1. **CodePipeline>Settings>Connections** に移動します。

   1. **ホスト** タブを選択し、**ホストの作成** を選択します。

   1. 以下のフィールドを設定します。
      + ホストの名前を入力する
      + プロバイダータイプで、**GitLab セルフマネージド** を選択します。
      + **ホスト URL** を入力する 
      + ホストが VPC で定義されている場合は、VPC 情報を入力します。

   1. **Create Host** を選択します。これにより、ホストが PENDING 状態で作成されます。

   1. セットアップを完了するには、**ホストのセットアップ**を選択します。

   1. 管理者ユーザーの個人用アクセストークン (PAT) を入力し、**続行**を選択します。

1. 接続を作成するには

   1. **Connections タブ**で Create **Connections** を選択します。

   1. プロバイダータイプで、**GitLab セルフマネージド**を選択します。

   1. **Connection Settings>Enter Connection Name** に、以前に作成したホスト URL を入力します。

   1. GitLab セルフマネージドインスタンスに VPC 経由でのみアクセスできる場合は、VPC の詳細を設定します。

   1. **保留中の接続の更新**を選択します。モーダルウィンドウは GitLab ログインページにリダイレクトします。

   1. お客様のアカウントのユーザー名とパスワードを入力し、認可プロセスを完了します。

   1.  初めてセットアップする場合は、**AWS Connector for Gitlab セルフマネージドを承認する** を選択します。

## 外部コードリポジトリに関連するクォータ
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HealthOmics と外部コードリポジトリの統合の場合、リポジトリ、各リポジトリファイル、および各 README ファイルの最大サイズがあります。詳細については、「[HealthOmics ワークフローの固定サイズクォータ](fixed-quotas.md#fixed-quotas-workflows)」を参照してください。

## 必要な IAM 許可
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アイデンティティベースの IAM ポリシーに次のアクションを追加します。

```
   "codeconnections:CreateConnection",
   "codeconnections:GetConnection",
   "codeconnections:GetHost",
   "codeconnections:ListConnections",
   "codeconnections:UseConnection"
```