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HealthOmics のワークフローリンター

HealthOmics は、作成時に WDL ワークフローと Nextflow DSL2 ワークフローを自動的にリントします。組み込みの linters は、実行が失敗する原因となるワークフロー定義ファイルのエラーを検出します。Lint の検出結果はGetWorkflowレスポンスの statusMessageフィールドに表示されます。

WDL ワークフローの場合、lint の検出結果はブロックされています。エラーが検出された場合、ワークフローは ACTIVE に移行しません。Nextflow DSL2 ワークフローの場合、lint の検出結果はノンブロッキングです。ワークフローは検出結果に関係なく ACTIVE に移行します。

HealthOmics には、ワークフローを作成する前にローカルで実行できる外部 linter も用意されています。これらの linter には、追加の HealthOmics 固有のルールを含めることができます。

組み込み linters

HealthOmics は、 CreateWorkflowまたは を呼び出すと、組み込みの linters サーバー側で実行されますCreateWorkflowVersion。

WDL 組み込みリンティング

WDL の場合、ワークフローを作成すると HealthOmics は自動的に linter を実行します。WDL リンティングがブロックされています。linter がエラーを検出した場合、ワークフローは ACTIVE に移行しません。linter 出力は、GetWorkflowレスポンスの statusMessageフィールドにあります。次の CLI コマンドを使用して、ステータス出力を取得します (作成した WDL ワークフローのワークフロー ID を使用します）。

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage' 

Nextflow 組み込みリンティング

HealthOmics は、サポートされているすべての Nextflow DSL2 バージョン中CreateWorkflowおよび CreateWorkflowVersion で、Nextflow に組み込まれた厳密な DSL2 linter (nf-lang/v2) を自動的に実行します。

Nextflow linter はノンブロッキングモードで動作します。検出結果によってワークフローが ACTIVE になるのを防ぐことはできません。ワークフロー作成プロセスを中断することなく、いつでも結果を確認できます。

Nextflow lint 出力を取得するには

Lint の検出結果は、GetWorkflowレスポンスの statusMessageフィールドに構造化 JSON として表示されます。次の CLI コマンドを使用して、lint 出力を取得します。

aws omics get-workflow --id 1234567 --query 'statusMessage'

次の例は、Nextflow linter からの JSON 出力を示しています。

{
  "advisory": "Linting findings are from the strict Nextflow DSL2 (nf-lang/v2) linter and reflect the syntax that will be required in Nextflow 25/26 strict mode. On Nextflow 23/24 (legacy grammar) findings are advisory only.",
  "summary": {
    "errors": 2,
    "filesWithErrors": 1,
    "filesWithoutErrors": 0,
    "filesFormatted": 0,
    "warnings": 0,
    "filesWithWarnings": 0,
    "filesWithoutWarnings": 2
  },
  "errors": [
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 5,
      "message": "`for` loops are no longer supported"
    },
    {
      "filename": "nextflow-lint-legacy.nf",
      "startLine": 24,
      "startColumn": 10,
      "message": "`i` is not defined"
    }
  ],
  "warnings": []
}

Lint 出力フィールド

JSON 出力には、次のフィールドが含まれます。

推奨事項

lint の検出結果に対処するには、次のワークフローをお勧めします。

外部 linters

次の外部 linter を使用できます。

次のリストでは、組み込み linter と外部 linter の区別について説明します。