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# HealthOmics 実行出力
<a name="workflows-run-outputs"></a>

WDL または CWL の実行が完了すると、出力には、実行によって生成されたすべての出力を一覧表示する出力概要ファイル (JSON 形式) が含まれます。出力概要ファイルは、次の目的で使用できます。
+ 実行によって生成された出力ファイルをプログラムで決定します。
+ 実行が予想されるすべての出力を生成したことを確認します。

**Topics**
+ [WDL の出力概要を実行する](#run-outputs-wdl)
+ [CWL の出力概要を実行する](#run-outputs-cwl)

## WDL の出力概要を実行する
<a name="run-outputs-wdl"></a>

WDL の実行が完了すると、HealthOmics は という名前の出力概要ファイルを作成します**output.json**。

ワークフローの出力ごとに、 ファイルに対応するキーと値のペアがあります。キーには、ワークフロー名と出力名が の形式で含まれます`WorkflowName.output_name`。ファイル出力の場合、値はファイルが保存されている S3 の出力場所を指す S3 URI です。Array[File] 出力の場合、値は S3 URIs。

次の例は、 という名前のワークフローの **output.json** ファイルを示しています**BWAMappingWorkflow**。

```
{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}
```

ワークフローがファイル以外のタイプ (文字列、Int、Float、Bool など) の出力を生成する場合、フィールド値は JSON プリミティブです。例:

```
{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}
```

## CWL の出力概要を実行する
<a name="run-outputs-cwl"></a>

CWL 実行が完了すると、HealthOmics は次の**outputs.json**場所に という名前の出力概要ファイルを作成します。

```
{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json
```

出力概要ファイルには出力のリストが含まれています。各出力はキーと値のペアで、キーは出力の名前です。値は、次のプロパティを含むオブジェクトです。
+  location – 出力ファイルへの完全修飾パス
+  basename – パスのファイル名部分
+  クラス – 出力のタイプ。通常は File です。
+  size – バイト単位のファイルのサイズ

次の例では、output.json ファイルに 2 つの出力ファイルのリストがあります。

```
{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}
```