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HealthOmics ワークフローを VPC に接続する

Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC) を使用すると、定義したプライベート仮想ネットワークで AWS リソースを起動できます。VPC ネットワークモードを使用するように実行を設定することで、HealthOmics ワークフローに VPC 内のリソースへのアクセスを許可できます。VPC ネットワークを有効にすると、VPC 内のリソースにアクセスし、VPC にインターネットアクセスが設定されている場合は、パブリックインターネット経由で外部リソースに接続できます。

VPC ネットワークを使用するタイミング

実行で次の必要がある場合は、VPC ネットワークを使用します。

ネットワークモード

HealthOmics ワークフローは、2 つのネットワークモードをサポートしています。デフォルトでは、ワークフロー実行は RESTRICTED モードで動作します。ワークフロー実行を開始するときに、実行ごとに VPC ネットワークを有効にできます。

StartRun API の networkingModeパラメータを使用してワークフロー実行を開始するときに、ネットワークモードを指定します。

開始方法

このセクションでは、HealthOmics ワークフローの VPC ネットワークを初めて設定する方法について説明します。

前提条件

HealthOmics ワークフローの VPC ネットワークを設定する前に、以下があることを確認してください。

ステップ 1: VPC を作成または設定する

プライベートサブネット、セキュリティグループ、NAT ゲートウェイ (インターネットアクセスが必要な場合) を使用して VPC を作成します。step-by-step「」を参照してくださいVPC 接続ワークフローのインターネットアクセス。

ステップ 2: セキュリティグループを設定する

実行がアクセスする必要がある送信先へのアウトバウンドトラフィックを許可するセキュリティグループを作成します。最小特権の原則に従って、最小限必要なアウトバウンドトラフィックのみを許可するようにセキュリティグループを設定します。

設定例と詳細なガイダンスについては、「」の「セキュリティグループ」セクションを参照してくださいVPC 接続ワークフローのインターネットアクセス。

ステップ 3: ルートテーブルを検証する

プライベートサブネットにインターネットアクセス用の NAT ゲートウェイへのルートがあることを確認します。ルートテーブルの設定例については、「」の「ルートテーブル」セクションを参照してくださいVPC 接続ワークフローのインターネットアクセス。

ステップ 4: 設定リソースを作成する

VPC ネットワーク設定を定義する HealthOmics 設定リソースを作成します。

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

ネットワークリソースがプロビジョニングされると、設定は から CREATINGACTIVEステータスに移行します。これには最大 15 分かかります。

ステップ 5: VPC ネットワークを使用してワークフロー実行を開始する

設定が になったらACTIVE、VPC ネットワークを有効にしてワークフロー実行を開始します。

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

ステップ 6: 接続を確認する

ワークフロー実行をモニタリングして、必要な外部リソースにアクセスできることを確認します。CloudWatch Logs のワークフローログで、接続の成功または失敗のメッセージを確認します。接続のテストに関する詳細なガイダンスについては、「」を参照してくださいVPC 接続のテスト。

VPC の要件

VPC は、次の要件を満たしている必要があります。

サブネットの要件

セキュリティグループの要件

セキュリティグループは、実行のインバウンドトラフィックとアウトバウンドトラフィックを制御します。

ネットワークインターフェイス要件

HealthOmics は、VPC に Elastic Network Interface (ENIs) をプロビジョニングして、実行をネットワークに接続します。 AWS アカウントに十分な ENI 容量があることを確認します (デフォルトの制限: リージョンあたり 5,000 ENIs)。

HealthOmics によって作成された ENIs には、次のタグが付けられます。

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

設定 APIs

HealthOmics には、VPC 設定を作成、管理、削除するための APIs が用意されています。設定は、複数のワークフロー実行で再利用できます。

CreateConfiguration

VPC ネットワーク設定を使用して新しい設定リソースを作成します。詳しい手順については、「ステップ 4: 設定リソースを作成する」を参照してください。

リクエストの構文:

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

パラメータ :

レスポンス:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

設定ステータス値:

GetConfiguration

特定の設定の詳細を取得します。

リクエストの構文:

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

レスポンス:

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

アカウント内のすべての設定を一覧表示します。

リクエストの構文:

aws omics list-configurations \
  --region region

レスポンス:

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

設定を削除します。アクティブなワークフロー実行で現在使用されている設定は削除できません。

リクエストの構文:

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

VPC ネットワークを使用したワークフローの実行

VPC ネットワークを使用した実行の開始

ワークフロー実行で VPC ネットワークを使用するには、 networking-modeパラメータと を指定しますconfiguration-name。

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

パラメータ :

実行ネットワーク設定の表示

GetRun 実行のネットワーク設定を表示するには、 を使用します。

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

レスポンスには、ネットワークモード、設定の詳細、VPC 設定が含まれます。次の例は、レスポンスの VPC 関連フィールドを示しています。

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

設定のイミュータビリティ

ワークフローは、実行の開始時に存在していた設定のスナップショットを使用します。実行中の設定は、アクティブな実行に影響を与えることなく、実行中に安全に変更または削除できます。

コールキャッシュに関する考慮事項

コールキャッシュで VPC ネットワークを使用する場合は、ワークフローエンジンが適切に設定されていることを確認します。エンジンごとのコールキャッシュの詳細なガイダンスについては、「」を参照してくださいエンジン固有のキャッシュ機能。

ベストプラクティス

セキュリティ

パフォーマンス

コスト最適化

運用中

VPC ネットワーククォータ

次の表に、VPC ネットワーク設定のクォータを示します。

クォータの引き上げをリクエストするには、Service Quotas コンソールを開き、AWS サービスを選択し、AWS HealthOmics を検索し、引き上げるクォータを選択し、クォータの引き上げをリクエストを選択します。クォータ引き上げリクエストは通常 1～2 営業日以内に処理されます。