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# Deadline Cloud에서 AutoDock Vina를 사용하여 가상 검사 실행
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[가상\_선별 검사\_빈](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/virtual_screening_vina) 작업 번들은 [AutoDock Vina](https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina)를 사용하여 단백질 대상에 대해 대규모 복합 라이브러리를 검사합니다. 번들은 복합 라이브러리를 청크로 분할하고 작업자 플릿에 병렬로 도킹한 다음 바인딩 선호도를 기준으로 결과를 집계하고 순위를 매깁니다.

파이프라인은 다음 4단계를 실행합니다.

1. **PrepareReceptor** - Open Babel을 사용하여 단백질 PDB를 PDBQT 형식으로 변환합니다.

1. **SplitLibrary** - SDF 복합 라이브러리를 N 청크로 분할합니다.

1. **DockCompounds** - N개의 병렬 도킹 작업(청크당 하나)을 실행합니다. 각 작업은 멱등성이며 스팟 선점에 안전합니다.

1. **ScoreAndRank** - 모든 청크 결과를 상위 히트의 순위 CSV로 집계합니다.

번들에는 Linux x86\_64 서비스 관리형 플릿(스팟 권장), `openbabel`의가 있는 conda 대기열 환경 `conda-forge`및 AutoDock Vina가 필요합니다. [Deadline Cloud용 AutoDock Vina conda 패키지 빌드](examples-conda-autodock-vina.md) Conda 레시피를 S3 채널에 빌드하거나 플릿 호스트 구성 스크립트를 통해 바이너리를 설치하여 Vina를 설치합니다.

[ChEMBL](https://www.ebi.ac.uk/chembl/)에서 약물 유사 분자를 자동으로 다운로드 및 필터링하거나 자체 SDF 파일을 제공하도록 `CompoundLibrary=chembl` (기본값)를 설정합니다.

`job_bundles` 디렉터리에서 작업을 제출합니다.

```
deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"
```

AutoDock Vina conda 패키지 빌드에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요[Deadline Cloud용 AutoDock Vina conda 패키지 빌드](examples-conda-autodock-vina.md).